test/jalview/ws/jabaws/MinJabawsClientTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jabaws;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import java.util.ArrayList;
  26 import java.util.List;
  27
  28 import org.testng.Assert;
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 import compbio.data.msa.MsaWS;
  32 import compbio.data.msa.RegistryWS;
  33 import compbio.data.sequence.FastaSequence;
  34 import compbio.metadata.JobStatus;
  35 import compbio.ws.client.Jws2Client;
  36 import compbio.ws.client.Services;
  37
  38 public class MinJabawsClientTests
  39 {
  40
  41   /**
  42    * simple test for the benefit of JAL-1338
  43    *
  44    * @throws Exception
  45    */
  46   @SuppressWarnings("rawtypes")
  47   @Test(groups = { "Network" })
  48   public void msaTest() throws Exception
  49   {
  50     String url;
  51     RegistryWS registry = Jws2Client
  52             .connectToRegistry(url = "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws");
  53     if (registry != null)
  54     {
  55
  56       MsaWS msaservice = null;
  57       for (Services service : registry.getSupportedServices())
  58       {
  59         if (service.equals(Services.ClustalOWS))
  60         {
  61           msaservice = (MsaWS) Jws2Client.connect(url, service);
  62           if (msaservice != null)
  63           {
  64             break;
  65           }
  66         }
  67       }
  68       if (msaservice == null)
  69       {
  70         Assert.fail("couldn't find a clustalO service on the public registry");
  71       }
  72       FastaSequence fsq = new FastaSequence("seqA",
  73               "SESESESESESESESSESESSESESESESESESESESESEEEEEESSESESESESSSSESESESESESESE");
  74       List<FastaSequence> iseqs = new ArrayList<FastaSequence>();
  75       for (int i = 0; i < 9; i++)
  76       {
  77         iseqs.add(new FastaSequence(fsq.getId() + i, fsq.getSequence()
  78                 + fsq.getSequence().substring(i + 3, i + 3 + i)));
  79       }
  80
  81       String jobid = msaservice.align(iseqs);
  82       if (jobid != null)
  83       {
  84         JobStatus js = null;
  85         do
  86         {
  87           try
  88           {
  89             Thread.sleep(500);
  90           } catch (InterruptedException q)
  91           {
  92           }
  93           ;
  94           js = msaservice.getJobStatus(jobid);
  95         } while (!js.equals(JobStatus.FAILED)
  96                 && !js.equals(JobStatus.CANCELLED)
  97                 && !js.equals(JobStatus.FINISHED));
  98         assertEquals("Trial alignment failed. State was " + js.name(), js,
  99                 JobStatus.FINISHED);
 100         assertEquals(
 101                 "Mismatch in number of input and result sequences - assume alignment service wasn't interacted with correctly",
 102                 msaservice.getResult(jobid).getSequences().size(),
 103                 iseqs.size());
 104         for (FastaSequence t : msaservice.getResult(jobid).getSequences())
 105         {
 106           System.out.println(">" + t.getId());
 107           System.out.println(t.getFormattedFasta());
 108         }
 109         // .forEach(new Consumer<FastaSequence>() {
 110         // @Override
 111         // public void accept(FastaSequence t) {
 112         // System.out.println(">"+t.getId());
 113         // System.out.println(t.getFormattedFasta());
 114         // }
 115         // });
 116       }
 117
 118     }
 119   }
 120 }