test/jalview/ws/jabaws/MinJabawsClientTests.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jabaws;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import jalview.gui.JvOptionPane;
  26
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.List;
  29
  30 import org.testng.Assert;
  31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  32 import org.testng.annotations.Test;
  33
  34 import compbio.data.msa.MsaWS;
  35 import compbio.data.msa.RegistryWS;
  36 import compbio.data.sequence.FastaSequence;
  37 import compbio.metadata.JobStatus;
  38 import compbio.ws.client.Jws2Client;
  39 import compbio.ws.client.Services;
  40
  41 public class MinJabawsClientTests
  42 {
  43
  44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  45   public void setUpJvOptionPane()
  46   {
  47     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  48     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  49   }
  50
  51   /**
  52    * simple test for the benefit of JAL-1338
  53    *
  54    * @throws Exception
  55    */
  56   @SuppressWarnings("rawtypes")
  57   @Test(groups = { "Network" })
  58   public void msaTest() throws Exception
  59   {
  60     String url;
  61     RegistryWS registry = Jws2Client
  62             .connectToRegistry(url = "http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws");
  63     if (registry != null)
  64     {
  65
  66       MsaWS msaservice = null;
  67       for (Services service : registry.getSupportedServices())
  68       {
  69         if (service.equals(Services.ClustalOWS))
  70         {
  71           msaservice = (MsaWS) Jws2Client.connect(url, service);
  72           if (msaservice != null)
  73           {
  74             break;
  75           }
  76         }
  77       }
  78       if (msaservice == null)
  79       {
  80         Assert.fail("couldn't find a clustalO service on the public registry");
  81       }
  82       FastaSequence fsq = new FastaSequence("seqA",
  83               "SESESESESESESESSESESSESESESESESESESESESEEEEEESSESESESESSSSESESESESESESE");
  84       List<FastaSequence> iseqs = new ArrayList<FastaSequence>();
  85       for (int i = 0; i < 9; i++)
  86       {
  87         iseqs.add(new FastaSequence(fsq.getId() + i, fsq.getSequence()
  88                 + fsq.getSequence().substring(i + 3, i + 3 + i)));
  89       }
  90
  91       String jobid = msaservice.align(iseqs);
  92       if (jobid != null)
  93       {
  94         JobStatus js = null;
  95         do
  96         {
  97           try
  98           {
  99             Thread.sleep(500);
 100           } catch (InterruptedException q)
 101           {
 102           }
 103           ;
 104           js = msaservice.getJobStatus(jobid);
 105         } while (!js.equals(JobStatus.FAILED)
 106                 && !js.equals(JobStatus.CANCELLED)
 107                 && !js.equals(JobStatus.FINISHED));
 108         assertEquals("Trial alignment failed. State was " + js.name(), js,
 109                 JobStatus.FINISHED);
 110         assertEquals(
 111                 "Mismatch in number of input and result sequences - assume alignment service wasn't interacted with correctly",
 112                 msaservice.getResult(jobid).getSequences().size(),
 113                 iseqs.size());
 114         for (FastaSequence t : msaservice.getResult(jobid).getSequences())
 115         {
 116           System.out.println(">" + t.getId());
 117           System.out.println(t.getFormattedFasta());
 118         }
 119         // .forEach(new Consumer<FastaSequence>() {
 120         // @Override
 121         // public void accept(FastaSequence t) {
 122         // System.out.println(">"+t.getId());
 123         // System.out.println(t.getFormattedFasta());
 124         // }
 125         // });
 126       }
 127
 128     }
 129   }
 130 }