test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java

   1 package jalview.ws.jabaws;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4
   5 import java.util.ArrayList;
   6 import java.util.Arrays;
   7 import java.util.List;
   8 import java.util.Vector;
   9
  10 import jalview.api.AlignCalcManagerI;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  13 import jalview.datamodel.Annotation;
  14 import jalview.io.AnnotationFile;
  15 import jalview.io.FormatAdapter;
  16 import jalview.io.StockholmFileTest;
  17 import jalview.ws.jws2.AADisorderClient;
  18 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  19 import jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient;
  20 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  21
  22 import org.junit.AfterClass;
  23 import org.junit.BeforeClass;
  24 import org.junit.Test;
  25
  26 public class RNAStructExportImport
  27 {
  28   public static String testseqs = "examples/unfolded_RF00031.aln";
  29
  30   public static Jws2Discoverer disc;
  31
  32   public static Jws2Instance rnaalifoldws;
  33
  34   jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient alifoldClient;
  35
  36   public static jalview.gui.AlignFrame af = null;
  37
  38   @BeforeClass
  39   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  40   {
  41
  42
  43         System.out.println("test1");
  44
  45     jalview.bin.Cache.initLogger();
  46     disc = JalviewJabawsTestUtils.getJabawsDiscoverer();
  47
  48     System.out.println("test2");
  49
  50     for (Jws2Instance svc : disc.getServices())
  51     {
  52
  53         System.out.println("Service type: " + svc.serviceType);
  54
  55       if (svc.getServiceTypeURI().toLowerCase().contains("rnaalifoldws"))
  56       {
  57         rnaalifoldws = svc;
  58       }
  59     }
  60
  61     System.out.println("State of rnaalifoldws: " + rnaalifoldws);
  62
  63     if (rnaalifoldws == null) System.exit(0);
  64
  65     System.out.println("test3");
  66
  67     jalview.io.FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  68
  69     // Following this method a long way we find some (probably important!)
  70     //  code that I have just commented out!
  71     af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(testseqs, jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  72
  73     assertNotNull("Couldn't load test data ('" + testseqs + "')", af);
  74
  75     System.out.println("test5");
  76
  77   }
  78
  79   @AfterClass
  80   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  81   {
  82     if (af != null)
  83     {
  84       af.setVisible(false);
  85       af.dispose();
  86     }
  87   }
  88
  89   /**
  90    * test for patches to JAL-1294
  91    */
  92   @Test
  93   public void testRNAStructExport()
  94   {
  95     alifoldClient = new RNAalifoldClient(rnaalifoldws, af, null, null);
  96
  97     System.out.println("Service action text:\n" + alifoldClient.getServiceActionText());
  98
  99
 100     System.out.println("START FOLDING");
 101     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(alifoldClient);
 102
 103
 104     do
 105     {
 106       try
 107       {
 108         Thread.sleep(50);
 109       } catch (InterruptedException x)
 110       {
 111       }
 112       ;
 113     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 114
 115     System.out.println("END FOLDING");
 116
 117     // ALL FOR TESTING
 118     AlignCalcManagerI test = af.getViewport().getCalcManager();
 119     RNAalifoldClient testWorker = ((RNAalifoldClient)test.getRegisteredWorkersOfClass(RNAalifoldClient.class).get(0));
 120     testWorker.updateResultAnnotation(true);
 121     System.out.println("Annotation from RNAalifoldclient");
 122     for (Annotation ann : testWorker.ourAnnots.get(0).annotations) {
 123         System.out.print(ann.toString()+"|");
 124     }
 125     System.out.println();
 126
 127
 128     // Why are the AlignViewport.alignment and the RNAalifoldClient alignment
 129     //  Annotations different
 130     AlignmentI orig_alig = af.getViewport().getAlignment();
 131
 132     System.out.println("orig_alig has class: " + orig_alig.getClass());
 133
 134     // some time before here but after the RNAalifoldClient Update method
 135     //  the alignment annotation is replaced....
 136
 137     System.out.println("orig_alig annotation:\n");
 138     for (AlignmentAnnotation an : orig_alig.getAlignmentAnnotation()) {
 139         for (Annotation ann : an.annotations) {
 140                 System.out.print(ann.toString()+"|");
 141         }
 142         System.out.println();
 143     }
 144
 145
 146     testAnnotationFileIO("Testing RNAalifold Annotation IO", orig_alig);
 147
 148   }
 149
 150   public static void testAnnotationFileIO(String testname, AlignmentI al)
 151   {
 152     try
 153     {
 154       String aligfileout = new FormatAdapter().formatSequences("CLUSTAL",
 155               al.getSequencesArray());
 156
 157       // test
 158 //      System.out.println("aligfileout:\n" + aligfileout);
 159
 160       String anfileout = new AnnotationFile().printAnnotations(
 161               al.getAlignmentAnnotation(), al.getGroups(),
 162               al.getProperties());
 163       assertTrue(
 164               "Test "
 165                       + testname
 166                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",
 167               anfileout != null);
 168       assertTrue(
 169               "Test "
 170                       + testname
 171                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",
 172               anfileout.length() > "JALVIEW_ANNOTATION".length());
 173
 174       System.out.println("Output annotation file:\n" + anfileout
 175               + "\n<<EOF\n");
 176
 177       AlignmentI al_new = new FormatAdapter().readFile(aligfileout,
 178               FormatAdapter.PASTE, "CLUSTAL");
 179       assertTrue(
 180               "Test "
 181                       + testname
 182                       + "\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",
 183               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout,
 184                       FormatAdapter.PASTE));
 185
 186       // test for consistency in io
 187       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new);
 188       return;
 189     } catch (Exception e)
 190     {
 191       e.printStackTrace();
 192     }
 193     fail("Test "
 194             + testname
 195             + "\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test.");
 196   }
 197
 198 }