test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.jabaws;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.bin.Cache;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.gui.Jalview2XML;
  30 import jalview.gui.JvOptionPane;
  31 import jalview.io.AnnotationFile;
  32 import jalview.io.DataSourceType;
  33 import jalview.io.FileFormat;
  34 import jalview.io.FormatAdapter;
  35 import jalview.io.StockholmFileTest;
  36 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  37 import jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient;
  38 import jalview.ws.jws2.SequenceAnnotationWSClient;
  39 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  40 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  41
  42 import java.awt.Component;
  43 import java.io.File;
  44 import java.util.ArrayList;
  45 import java.util.List;
  46
  47 import javax.swing.JMenu;
  48 import javax.swing.JMenuItem;
  49
  50 import org.testng.Assert;
  51 import org.testng.annotations.AfterClass;
  52 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  53 import org.testng.annotations.Test;
  54
  55 import compbio.metadata.Argument;
  56 import compbio.metadata.WrongParameterException;
  57
  58 /*
  59  * All methods in this class are set to the Network group because setUpBeforeClass will fail
  60  * if there is no network.
  61  */
  62 @Test(singleThreaded = true)
  63 public class RNAStructExportImport
  64 {
  65
  66   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  67   public void setUpJvOptionPane()
  68   {
  69     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  70     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  71   }
  72
  73   private static final String JAR_FILE_NAME = "testRnalifold_param.jar";
  74
  75   public static String testseqs = "examples/RF00031_folded.stk";
  76
  77   public static Jws2Discoverer disc;
  78
  79   public static Jws2Instance rnaalifoldws;
  80
  81   jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient alifoldClient;
  82
  83   public static jalview.gui.AlignFrame af = null;
  84
  85   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  86   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  87   {
  88     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
  89     Cache.initLogger();
  90     disc = JalviewJabawsTestUtils.getJabawsDiscoverer(false);
  91
  92     while (disc.isRunning())
  93     {
  94       // don't get services until discoverer has finished
  95       Thread.sleep(100);
  96     }
  97
  98     for (Jws2Instance svc : disc.getServices())
  99     {
 100
 101       if (svc.getServiceTypeURI().toLowerCase().contains("rnaalifoldws"))
 102       {
 103         rnaalifoldws = svc;
 104       }
 105     }
 106
 107     System.out.println("State of rnaalifoldws: " + rnaalifoldws);
 108
 109     if (rnaalifoldws == null)
 110     {
 111       Assert.fail("no web service");
 112     }
 113
 114     jalview.io.FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
 115
 116     af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(testseqs, jalview.io.DataSourceType.FILE);
 117
 118     assertNotNull("Couldn't load test data ('" + testseqs + "')", af);
 119
 120     // remove any existing annotation
 121     List<AlignmentAnnotation> aal = new ArrayList<AlignmentAnnotation>();
 122     for (AlignmentAnnotation rna : af.getViewport().getAlignment()
 123             .getAlignmentAnnotation())
 124     {
 125       if (rna.isRNA())
 126       {
 127         aal.add(rna);
 128       }
 129     }
 130     for (AlignmentAnnotation rna : aal)
 131     {
 132       af.getViewport().getAlignment().deleteAnnotation(rna);
 133     }
 134     af.getViewport().alignmentChanged(af.alignPanel); // why is af.alignPanel
 135                                                       // public?
 136   }
 137
 138   @AfterClass(alwaysRun = true)
 139   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
 140   {
 141     if (af != null)
 142     {
 143       af.setVisible(false);
 144       af.dispose();
 145       File f = new File(JAR_FILE_NAME);
 146       if (f.exists())
 147       {
 148         f.delete();
 149       }
 150     }
 151   }
 152
 153   @Test(groups = { "Network" })
 154   public void testRNAAliFoldValidStructure()
 155   {
 156
 157     alifoldClient = new RNAalifoldClient(rnaalifoldws, af, null, null);
 158
 159     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(alifoldClient);
 160
 161     do
 162     {
 163       try
 164       {
 165         Thread.sleep(50);
 166       } catch (InterruptedException x)
 167       {
 168       }
 169     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 170
 171     AlignmentI orig_alig = af.getViewport().getAlignment();
 172     for (AlignmentAnnotation aa : orig_alig.getAlignmentAnnotation())
 173     {
 174       if (alifoldClient.involves(aa))
 175       {
 176         if (aa.isRNA())
 177         {
 178           assertTrue(
 179                   "Did not create valid structure from RNAALiFold prediction",
 180                   aa.isValidStruc());
 181         }
 182       }
 183     }
 184   }
 185
 186   @Test(groups = { "Network" })
 187   public void testRNAStructExport()
 188   {
 189
 190     alifoldClient = new RNAalifoldClient(rnaalifoldws, af, null, null);
 191
 192     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(alifoldClient);
 193
 194     do
 195     {
 196       try
 197       {
 198         Thread.sleep(50);
 199       } catch (InterruptedException x)
 200       {
 201       }
 202     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 203
 204     AlignmentI orig_alig = af.getViewport().getAlignment();
 205
 206     verifyAnnotationFileIO("Testing RNAalifold Annotation IO", orig_alig);
 207
 208   }
 209
 210   static void verifyAnnotationFileIO(String testname, AlignmentI al)
 211   {
 212     try
 213     {
 214       // what format would be appropriate for RNAalifold annotations?
 215       String aligfileout = FileFormat.Pfam.getWriter(null).print(
 216               al.getSequencesArray(), true);
 217
 218       String anfileout = new AnnotationFile()
 219               .printAnnotationsForAlignment(al);
 220       assertNotNull(
 221               "Test "
 222                       + testname
 223                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",
 224               anfileout);
 225       assertTrue(
 226               "Test "
 227                       + testname
 228                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",
 229               anfileout.length() > "JALVIEW_ANNOTATION".length());
 230
 231       System.out.println("Output annotation file:\n" + anfileout
 232               + "\n<<EOF\n");
 233
 234       // again what format would be appropriate?
 235       AlignmentI al_new = new FormatAdapter().readFile(aligfileout,
 236               DataSourceType.PASTE, FileFormat.Pfam);
 237       assertTrue(
 238               "Test "
 239                       + testname
 240                       + "\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",
 241               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout,
 242                       DataSourceType.PASTE));
 243
 244       // test for consistency in io
 245       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new, false, false,
 246               false);
 247       return;
 248     } catch (Exception e)
 249     {
 250       e.printStackTrace();
 251     }
 252     Assert.fail("Test "
 253             + testname
 254             + "\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test.");
 255   }
 256
 257   @Test(groups = { "Network" })
 258   public void testRnaalifoldSettingsRecovery()
 259   {
 260     List<Argument> opts = new ArrayList<Argument>();
 261     for (Argument rg : (List<Argument>) rnaalifoldws.getRunnerConfig()
 262             .getArguments())
 263     {
 264       if (rg.getDescription().contains("emperature"))
 265       {
 266         try
 267         {
 268           rg.setValue("292");
 269         } catch (WrongParameterException q)
 270         {
 271           Assert.fail("Couldn't set the temperature parameter "
 272                   + q.getStackTrace());
 273         }
 274         opts.add(rg);
 275       }
 276       if (rg.getDescription().contains("max"))
 277       {
 278         opts.add(rg);
 279       }
 280     }
 281     alifoldClient = new RNAalifoldClient(rnaalifoldws, af, null, opts);
 282
 283     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(alifoldClient);
 284
 285     do
 286     {
 287       try
 288       {
 289         Thread.sleep(50);
 290       } catch (InterruptedException x)
 291       {
 292       }
 293       ;
 294     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 295     AutoCalcSetting oldacs = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(
 296             alifoldClient.getCalcId());
 297     String oldsettings = oldacs.getWsParamFile();
 298     // write out parameters
 299     jalview.gui.AlignFrame nalf = null;
 300     assertTrue("Couldn't write out the Jar file",
 301             new Jalview2XML(false).saveAlignment(af, JAR_FILE_NAME,
 302                     "trial parameter writeout"));
 303     assertTrue("Couldn't read back the Jar file", (nalf = new Jalview2XML(
 304             false).loadJalviewAlign(JAR_FILE_NAME)) != null);
 305     if (nalf != null)
 306     {
 307       AutoCalcSetting acs = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(
 308               alifoldClient.getCalcId());
 309       assertTrue("Calc ID settings not recovered from viewport stash",
 310               acs.equals(oldacs));
 311       assertTrue(
 312               "Serialised Calc ID settings not identical to those recovered from viewport stash",
 313               acs.getWsParamFile().equals(oldsettings));
 314       JMenu nmenu = new JMenu();
 315       new SequenceAnnotationWSClient().attachWSMenuEntry(nmenu,
 316               rnaalifoldws, af);
 317       assertTrue("Couldn't get menu entry for service",
 318               nmenu.getItemCount() > 0);
 319       for (Component itm : nmenu.getMenuComponents())
 320       {
 321         if (itm instanceof JMenuItem)
 322         {
 323           JMenuItem i = (JMenuItem) itm;
 324           if (i.getText().equals(
 325                   rnaalifoldws.getAlignAnalysisUI().getAAconToggle()))
 326           {
 327             i.doClick();
 328             break;
 329           }
 330         }
 331       }
 332       while (af.getViewport().isCalcInProgress())
 333       {
 334         try
 335         {
 336           Thread.sleep(200);
 337         } catch (Exception x)
 338         {
 339         }
 340         ;
 341       }
 342       AutoCalcSetting acs2 = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(
 343               alifoldClient.getCalcId());
 344       assertTrue(
 345               "Calc ID settings after recalculation has not been recovered.",
 346               acs2.getWsParamFile().equals(oldsettings));
 347     }
 348   }
 349 }