test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java

   1 package jalview.ws.jabaws;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4
   5 import java.awt.Component;
   6 import java.util.ArrayList;
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.List;
   9 import java.util.Vector;
  10
  11 import javax.swing.JMenu;
  12 import javax.swing.JMenuItem;
  13
  14 import jalview.api.AlignCalcManagerI;
  15 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  16 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  17 import jalview.datamodel.Annotation;
  18 import jalview.gui.Jalview2XML;
  19 import jalview.io.AnnotationFile;
  20 import jalview.io.FormatAdapter;
  21 import jalview.io.StockholmFileTest;
  22 import jalview.ws.jws2.AADisorderClient;
  23 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  24 import jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient;
  25 import jalview.ws.jws2.SequenceAnnotationWSClient;
  26 import jalview.ws.jws2.dm.JabaOption;
  27 import jalview.ws.jws2.jabaws2.Jws2Instance;
  28 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  29
  30 import org.junit.AfterClass;
  31 import org.junit.BeforeClass;
  32 import org.junit.Test;
  33
  34 import compbio.metadata.WrongParameterException;
  35
  36 public class RNAStructExportImport
  37 {
  38   public static String testseqs = "examples/unfolded_RF00031.aln";
  39
  40   public static Jws2Discoverer disc;
  41
  42   public static Jws2Instance rnaalifoldws;
  43
  44   jalview.ws.jws2.RNAalifoldClient alifoldClient;
  45
  46   public static jalview.gui.AlignFrame af = null;
  47
  48   @BeforeClass
  49   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  50   {
  51
  52     jalview.bin.Cache.initLogger();
  53     disc = JalviewJabawsTestUtils.getJabawsDiscoverer();
  54
  55     for (Jws2Instance svc : disc.getServices())
  56     {
  57
  58       if (svc.getServiceTypeURI().toLowerCase().contains("rnaalifoldws"))
  59       {
  60         rnaalifoldws = svc;
  61       }
  62     }
  63
  64     System.out.println("State of rnaalifoldws: " + rnaalifoldws);
  65
  66     if (rnaalifoldws == null)
  67       System.exit(0);
  68
  69     jalview.io.FileLoader fl = new jalview.io.FileLoader(false);
  70
  71     af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(testseqs, jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  72
  73     assertNotNull("Couldn't load test data ('" + testseqs + "')", af);
  74
  75   }
  76
  77   @AfterClass
  78   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  79   {
  80     if (af != null)
  81     {
  82       af.setVisible(false);
  83       af.dispose();
  84     }
  85   }
  86
  87   @Test
  88   public void testRNAStructExport()
  89   {
  90
  91     alifoldClient = new RNAalifoldClient(rnaalifoldws, af, null, null);
  92
  93     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(alifoldClient);
  94
  95     do
  96     {
  97       try
  98       {
  99         Thread.sleep(50);
 100       } catch (InterruptedException x)
 101       {
 102       }
 103       ;
 104     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 105
 106     AlignmentI orig_alig = af.getViewport().getAlignment();
 107
 108     testAnnotationFileIO("Testing RNAalifold Annotation IO", orig_alig);
 109
 110   }
 111
 112   public static void testAnnotationFileIO(String testname, AlignmentI al)
 113   {
 114     try
 115     {
 116       // what format would be appropriate for RNAalifold annotations?
 117       String aligfileout = new FormatAdapter().formatSequences("PFAM",
 118               al.getSequencesArray());
 119
 120       String anfileout = new AnnotationFile().printAnnotations(
 121               al.getAlignmentAnnotation(), al.getGroups(),
 122               al.getProperties());
 123       assertTrue(
 124               "Test "
 125                       + testname
 126                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Null string",
 127               anfileout != null);
 128       assertTrue(
 129               "Test "
 130                       + testname
 131                       + "\nAlignment annotation file was not regenerated. Empty string",
 132               anfileout.length() > "JALVIEW_ANNOTATION".length());
 133
 134       System.out.println("Output annotation file:\n" + anfileout
 135               + "\n<<EOF\n");
 136
 137       // again what format would be appropriate?
 138       AlignmentI al_new = new FormatAdapter().readFile(aligfileout,
 139               FormatAdapter.PASTE, "PFAM");
 140       assertTrue(
 141               "Test "
 142                       + testname
 143                       + "\nregenerated annotation file did not annotate alignment.",
 144               new AnnotationFile().readAnnotationFile(al_new, anfileout,
 145                       FormatAdapter.PASTE));
 146
 147       // test for consistency in io
 148       StockholmFileTest.testAlignmentEquivalence(al, al_new);
 149       return;
 150     } catch (Exception e)
 151     {
 152       e.printStackTrace();
 153     }
 154     fail("Test "
 155             + testname
 156             + "\nCouldn't complete Annotation file roundtrip input/output/input test.");
 157   }
 158
 159   @Test
 160   public void testRnaalifoldSettingsRecovery()
 161   {
 162     List<compbio.metadata.Argument> opts = new ArrayList<compbio.metadata.Argument>();
 163     for (compbio.metadata.Argument rg : (List<compbio.metadata.Argument>) rnaalifoldws
 164             .getRunnerConfig().getArguments())
 165     {
 166       if (rg.getDescription().contains("emperature"))
 167       {
 168         try
 169         {
 170           rg.setValue("292");
 171         } catch (WrongParameterException q)
 172         {
 173           fail("Couldn't set the temperature parameter "
 174                   + q.getStackTrace());
 175         }
 176         opts.add(rg);
 177       }
 178       if (rg.getDescription().contains("max"))
 179       {
 180         opts.add(rg);
 181       }
 182     }
 183     alifoldClient = new RNAalifoldClient(rnaalifoldws, af, null, opts);
 184
 185     af.getViewport().getCalcManager().startWorker(alifoldClient);
 186
 187     do
 188     {
 189       try
 190       {
 191         Thread.sleep(50);
 192       } catch (InterruptedException x)
 193       {
 194       }
 195       ;
 196     } while (af.getViewport().getCalcManager().isWorking());
 197     AutoCalcSetting oldacs = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(alifoldClient.getCalcId());
 198     String oldsettings = oldacs.getWsParamFile();
 199     // write out parameters
 200     jalview.gui.AlignFrame nalf=null;
 201     assertTrue("Couldn't write out the Jar file",new Jalview2XML(false).SaveAlignment(af, "testRnalifold_param.jar","trial parameter writeout"));
 202     assertTrue("Couldn't read back the Jar file",(nalf = new Jalview2XML(false).LoadJalviewAlign("testRnalifold_param.jar"))!=null);
 203     if (nalf!=null)
 204     {
 205       AutoCalcSetting acs = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(alifoldClient.getCalcId());
 206       assertTrue("Calc ID settings not recovered from viewport stash", acs.equals(oldacs));
 207       assertTrue("Serialised Calc ID settings not identical to those recovered from viewport stash", acs.getWsParamFile().equals(oldsettings));
 208       JMenu nmenu=new JMenu();
 209       new SequenceAnnotationWSClient().attachWSMenuEntry(nmenu, rnaalifoldws, af);
 210       assertTrue("Couldn't get menu entry for service",nmenu.getItemCount()>0);
 211       for (Component itm: nmenu.getMenuComponents())
 212       {
 213         if (itm instanceof JMenuItem)
 214         {
 215           JMenuItem i = (JMenuItem) itm;
 216           if (i.getText().equals(rnaalifoldws.getAlignAnalysisUI().getAAconToggle()))
 217                   {
 218             i.doClick();
 219             break;
 220                   }
 221         }
 222       }
 223       while (af.getViewport().isCalcInProgress())
 224       {
 225         try { Thread.sleep(200);
 226         } catch (Exception x) {};
 227       }
 228       AutoCalcSetting acs2 = af.getViewport().getCalcIdSettingsFor(alifoldClient.getCalcId());
 229       assertTrue("Calc ID settings after recalculation has not been recovered.", acs2.getWsParamFile().equals(oldsettings));
 230     }
 231   }
 232 }