test/jalview/ws/phyre2/Phyre2ClientTest.java

   1 package jalview.ws.phyre2;
   2
   3 import jalview.datamodel.Sequence;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ext.jmol.JmolParser;
   6 import jalview.io.DataSourceType;
   7 import jalview.io.StructureFile;
   8
   9 import java.io.IOException;
  10 import java.util.Arrays;
  11 import java.util.HashMap;
  12
  13 import org.testng.Assert;
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 public class Phyre2ClientTest
  17 {
  18   private Phyre2Client phyre2Client = null;
  19
  20
  21
  22
  23   @Test(groups = { "Functional" })
  24   public void getPhyre2FastaMappingTest()
  25   {
  26     String phyre2ModelFile = "examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/c4n58A_.1.pdb";
  27     String fastaMappingFile = "examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/c4n58A_.1.fasta";
  28
  29     SequenceI testSeq = new Sequence(
  30             "FER_CAPAN",
  31             "MASVSATMISTSFMPRKPAVTSLKPIPNVGEALFGLKSANGGKVTCMASYKVKLITPDGPIEF"
  32                     + "DCPDNVYILDQAEEAGHDLPYSCRAGSCSSCAGKIAGGAVDQTDGNFLDDDQL"
  33                     + "EEGWVLTCVAYPQSDVTIETHKEAELVG", 1, 144);
  34
  35     HashMap<Integer, int[]> expectedMapping = new HashMap<Integer, int[]>();
  36
  37     expectedMapping.put(1, new int[] { -1, -1 });
  38     expectedMapping.put(2, new int[] { -1, -1 });
  39     expectedMapping.put(3, new int[] { -1, -1 });
  40     expectedMapping.put(4, new int[] { -1, -1 });
  41     expectedMapping.put(5, new int[] { -1, -1 });
  42     expectedMapping.put(6, new int[] { -1, -1 });
  43     expectedMapping.put(7, new int[] { -1, -1 });
  44     expectedMapping.put(8, new int[] { -1, -1 });
  45     expectedMapping.put(9, new int[] { -1, -1 });
  46     expectedMapping.put(10, new int[] { -1, -1 });
  47     expectedMapping.put(11, new int[] { -1, -1 });
  48     expectedMapping.put(12, new int[] { -1, -1 });
  49     expectedMapping.put(13, new int[] { -1, -1 });
  50     expectedMapping.put(14, new int[] { -1, -1 });
  51     expectedMapping.put(15, new int[] { -1, -1 });
  52     expectedMapping.put(16, new int[] { -1, -1 });
  53     expectedMapping.put(17, new int[] { -1, -1 });
  54     expectedMapping.put(18, new int[] { -1, -1 });
  55     expectedMapping.put(19, new int[] { -1, -1 });
  56     expectedMapping.put(20, new int[] { -1, -1 });
  57     expectedMapping.put(21, new int[] { -1, -1 });
  58     expectedMapping.put(22, new int[] { -1, -1 });
  59     expectedMapping.put(23, new int[] { -1, -1 });
  60     expectedMapping.put(24, new int[] { -1, -1 });
  61     expectedMapping.put(25, new int[] { -1, -1 });
  62     expectedMapping.put(26, new int[] { -1, -1 });
  63     expectedMapping.put(27, new int[] { -1, -1 });
  64     expectedMapping.put(28, new int[] { -1, -1 });
  65     expectedMapping.put(29, new int[] { -1, -1 });
  66     expectedMapping.put(30, new int[] { -1, -1 });
  67     expectedMapping.put(31, new int[] { -1, -1 });
  68     expectedMapping.put(32, new int[] { -1, -1 });
  69     expectedMapping.put(33, new int[] { -1, -1 });
  70     expectedMapping.put(34, new int[] { -1, -1 });
  71     expectedMapping.put(35, new int[] { -1, -1 });
  72     expectedMapping.put(36, new int[] { -1, -1 });
  73     expectedMapping.put(37, new int[] { -1, -1 });
  74     expectedMapping.put(38, new int[] { -1, -1 });
  75     expectedMapping.put(39, new int[] { -1, -1 });
  76     expectedMapping.put(40, new int[] { -1, -1 });
  77     expectedMapping.put(41, new int[] { -1, -1 });
  78     expectedMapping.put(42, new int[] { -1, -1 });
  79     expectedMapping.put(43, new int[] { -1, -1 });
  80     expectedMapping.put(44, new int[] { -1, -1 });
  81     expectedMapping.put(45, new int[] { -1, -1 });
  82     expectedMapping.put(46, new int[] { -1, -1 });
  83     expectedMapping.put(47, new int[] { -1, -1 });
  84     // forty eight gaps in PDB sequence
  85     expectedMapping.put(48, new int[] { 48, 1 });
  86     expectedMapping.put(49, new int[] { 49, 6 });
  87     expectedMapping.put(50, new int[] { 50, 12 });
  88     expectedMapping.put(51, new int[] { 51, 24 });
  89     expectedMapping.put(52, new int[] { 52, 33 });
  90     expectedMapping.put(53, new int[] { 53, 40 });
  91     expectedMapping.put(54, new int[] { 54, 49 });
  92     expectedMapping.put(55, new int[] { 55, 57 });
  93     expectedMapping.put(56, new int[] { 56, 65 });
  94     expectedMapping.put(57, new int[] { 57, 72 });
  95     expectedMapping.put(58, new int[] { 58, 79 });
  96     expectedMapping.put(59, new int[] { 59, 87 });
  97     expectedMapping.put(60, new int[] { -1, -1 });
  98     expectedMapping.put(61, new int[] { -1, -1 });
  99     // two gaps in PDB sequence
 100     expectedMapping.put(62, new int[] { 60, -1 });
 101     expectedMapping.put(63, new int[] { 61, -1 });
 102     expectedMapping.put(64, new int[] { 62, 91 });
 103     expectedMapping.put(65, new int[] { 63, 100 });
 104     expectedMapping.put(66, new int[] { 64, 111 });
 105     expectedMapping.put(67, new int[] { 65, 119 });
 106     expectedMapping.put(68, new int[] { 66, 125 });
 107     expectedMapping.put(69, new int[] { 67, 132 });
 108     expectedMapping.put(70, new int[] { 68, 140 });
 109     expectedMapping.put(71, new int[] { 69, 148 });
 110     expectedMapping.put(72, new int[] { 70, 155 });
 111     expectedMapping.put(73, new int[] { 71, 167 });
 112     expectedMapping.put(74, new int[] { 72, 175 });
 113     expectedMapping.put(75, new int[] { 73, 183 });
 114     expectedMapping.put(76, new int[] { 74, 191 });
 115     expectedMapping.put(77, new int[] { 75, 200 });
 116     expectedMapping.put(78, new int[] { 76, 205 });
 117     expectedMapping.put(79, new int[] { 77, 214 });
 118     expectedMapping.put(80, new int[] { 78, 223 });
 119     expectedMapping.put(81, new int[] { 79, 228 });
 120     expectedMapping.put(82, new int[] { 80, 232 });
 121     expectedMapping.put(83, new int[] { 81, 242 });
 122     expectedMapping.put(84, new int[] { 82, 250 });
 123     expectedMapping.put(85, new int[] { 83, 258 });
 124     expectedMapping.put(86, new int[] { 84, 265 });
 125     expectedMapping.put(87, new int[] { 85, 277 });
 126     expectedMapping.put(88, new int[] { 86, 283 });
 127     expectedMapping.put(89, new int[] { 87, 289 });
 128     expectedMapping.put(90, new int[] { 88, 300 });
 129     expectedMapping.put(91, new int[] { 89, 305 });
 130     expectedMapping.put(92, new int[] { 90, 309 });
 131     expectedMapping.put(93, new int[] { 91, 315 });
 132     expectedMapping.put(94, new int[] { 92, 321 });
 133     expectedMapping.put(95, new int[] { 93, 327 });
 134     expectedMapping.put(96, new int[] { 94, 333 });
 135     expectedMapping.put(97, new int[] { 95, 339 });
 136     expectedMapping.put(98, new int[] { 96, 344 });
 137     expectedMapping.put(99, new int[] { 97, 348 });
 138     expectedMapping.put(100, new int[] { 98, 357 });
 139     expectedMapping.put(101, new int[] { 99, 365 });
 140     expectedMapping.put(102, new int[] { 100, 370 });
 141     expectedMapping.put(103, new int[] { 101, 374 });
 142     expectedMapping.put(104, new int[] { 102, 378 });
 143     expectedMapping.put(105, new int[] { 103, 383 });
 144     expectedMapping.put(106, new int[] { 104, 390 });
 145     expectedMapping.put(107, new int[] { 105, 398 });
 146     expectedMapping.put(108, new int[] { 106, 407 });
 147     expectedMapping.put(109, new int[] { 107, 414 });
 148     expectedMapping.put(110, new int[] { 108, 422 });
 149     expectedMapping.put(111, new int[] { 109, 426 });
 150     expectedMapping.put(112, new int[] { 110, 434 });
 151     expectedMapping.put(113, new int[] { 111, 445 });
 152     expectedMapping.put(114, new int[] { 112, 453 });
 153     expectedMapping.put(115, new int[] { 113, 461 });
 154     // one gap in PDB sequence
 155     expectedMapping.put(116, new int[] { -1, -1 });
 156     expectedMapping.put(117, new int[] { 114, 469 });
 157     expectedMapping.put(118, new int[] { 115, 477 });
 158     expectedMapping.put(119, new int[] { 116, -1 });
 159     expectedMapping.put(120, new int[] { 117, 486 });
 160     expectedMapping.put(121, new int[] { 118, 495 });
 161     expectedMapping.put(122, new int[] { 119, 504 });
 162     expectedMapping.put(123, new int[] { 120, 508 });
 163     expectedMapping.put(124, new int[] { 121, 522 });
 164     expectedMapping.put(125, new int[] { 122, 529 });
 165     expectedMapping.put(126, new int[] { 123, 537 });
 166     expectedMapping.put(127, new int[] { 124, 544 });
 167     expectedMapping.put(128, new int[] { 125, 550 });
 168     expectedMapping.put(129, new int[] { 126, 557 });
 169     expectedMapping.put(130, new int[] { 127, 562 });
 170     expectedMapping.put(131, new int[] { 128, 574 });
 171     expectedMapping.put(132, new int[] { 129, 581 });
 172     expectedMapping.put(133, new int[] { 130, 590 });
 173     expectedMapping.put(134, new int[] { 131, 596 });
 174     expectedMapping.put(135, new int[] { 132, 604 });
 175     expectedMapping.put(136, new int[] { 133, 611 });
 176     expectedMapping.put(137, new int[] { 134, 618 });
 177     expectedMapping.put(138, new int[] { 135, 626 });
 178     expectedMapping.put(139, new int[] { 136, 635 });
 179     expectedMapping.put(140, new int[] { 137, 642 });
 180     expectedMapping.put(141, new int[] { 138, 652 });
 181     expectedMapping.put(142, new int[] { 139, 661 });
 182     expectedMapping.put(143, new int[] { 140, 670 });
 183     expectedMapping.put(144, new int[] { -1, -1 });
 184
 185     StructureFile structureFile;
 186     try
 187     {
 188       structureFile = new JmolParser(phyre2ModelFile, DataSourceType.FILE);
 189       phyre2Client = new Phyre2Client(structureFile);
 190       phyre2Client.setFastaMappingFile(fastaMappingFile);
 191     } catch (IOException e1)
 192     {
 193       e1.printStackTrace();
 194     }
 195     Assert.assertNotNull(phyre2Client);
 196     Assert.assertNotNull(testSeq);
 197     Assert.assertNotNull(expectedMapping);
 198     try
 199     {
 200       HashMap<Integer, int[]> actualMapping = phyre2Client
 201               .getPhyre2FastaMapping(testSeq, null);
 202
 203       Assert.assertEquals(testSeq.getStart(), 1);
 204       Assert.assertEquals(testSeq.getEnd(), 144);
 205       testMappings(actualMapping, expectedMapping);
 206     } catch (Exception e)
 207     {
 208       e.printStackTrace();
 209       Assert.fail("Exception thrown while performing Phyre2 model mapping...");
 210     }
 211   }
 212
 213   @Test(groups = { "Functional" })
 214   public void getPhyre2FastaMappingTest2()
 215   {
 216     String phyre2ModelFile = "examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/d1a70a_.pdb";
 217     String fastaMappingFile = "examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/d1a70a_.fasta";
 218
 219     SequenceI testSeq = new Sequence(
 220             "FER_CAPAN",
 221             "APPPCFSSPLRLRVAVAKPLAAPMRRQLLRAQATYNVKLITPEGEVELQVPDDVYILDFAEEEGIDLPFSCRAGSCSSCAGKVVSGSVDQSDQSFLNDNQVADGWVLTCAAYPTSDVVIETHKEDDL",
 222             13, 139);
 223
 224     HashMap<Integer, int[]> expectedMapping = new HashMap<Integer, int[]>();
 225
 226     expectedMapping.put(13, new int[] { -1, -1 });
 227     expectedMapping.put(14, new int[] { -1, -1 });
 228     expectedMapping.put(15, new int[] { -1, -1 });
 229     expectedMapping.put(16, new int[] { -1, -1 });
 230     expectedMapping.put(17, new int[] { -1, -1 });
 231     expectedMapping.put(18, new int[] { -1, -1 });
 232     expectedMapping.put(19, new int[] { -1, -1 });
 233     expectedMapping.put(20, new int[] { -1, -1 });
 234     expectedMapping.put(21, new int[] { -1, -1 });
 235     expectedMapping.put(22, new int[] { -1, -1 });
 236     expectedMapping.put(23, new int[] { -1, -1 });
 237     expectedMapping.put(24, new int[] { -1, -1 });
 238     expectedMapping.put(25, new int[] { -1, -1 });
 239     expectedMapping.put(26, new int[] { -1, -1 });
 240     expectedMapping.put(27, new int[] { -1, -1 });
 241     expectedMapping.put(28, new int[] { -1, -1 });
 242     expectedMapping.put(29, new int[] { -1, -1 });
 243     expectedMapping.put(30, new int[] { -1, -1 });
 244     expectedMapping.put(31, new int[] { -1, -1 });
 245     expectedMapping.put(32, new int[] { -1, -1 });
 246     expectedMapping.put(33, new int[] { -1, -1 });
 247     expectedMapping.put(34, new int[] { -1, -1 });
 248     expectedMapping.put(35, new int[] { -1, -1 });
 249     expectedMapping.put(36, new int[] { -1, -1 });
 250     expectedMapping.put(37, new int[] { -1, -1 });
 251     expectedMapping.put(38, new int[] { -1, -1 });
 252     expectedMapping.put(39, new int[] { -1, -1 });
 253     expectedMapping.put(40, new int[] { -1, -1 });
 254     expectedMapping.put(41, new int[] { -1, -1 });
 255     expectedMapping.put(42, new int[] { -1, -1 });
 256     expectedMapping.put(43, new int[] { -1, -1 });
 257     expectedMapping.put(44, new int[] { -1, -1 });
 258     // thirty two gaps in PDB sequence
 259     expectedMapping.put(45, new int[] { 33, 1 });
 260     expectedMapping.put(46, new int[] { 34, 6 });
 261     expectedMapping.put(47, new int[] { 35, 13 });
 262     expectedMapping.put(48, new int[] { 36, 25 });
 263     expectedMapping.put(49, new int[] { 37, 33 });
 264     expectedMapping.put(50, new int[] { 38, 40 });
 265     expectedMapping.put(51, new int[] { 39, 49 });
 266     expectedMapping.put(52, new int[] { 40, 57 });
 267     expectedMapping.put(53, new int[] { 41, 65 });
 268     expectedMapping.put(54, new int[] { 42, 72 });
 269     expectedMapping.put(55, new int[] { 43, 79 });
 270     expectedMapping.put(56, new int[] { 44, 88 });
 271     expectedMapping.put(57, new int[] { 45, 92 });
 272     expectedMapping.put(58, new int[] { 46, 101 });
 273     expectedMapping.put(59, new int[] { 47, 108 });
 274     expectedMapping.put(60, new int[] { 48, 117 });
 275     expectedMapping.put(61, new int[] { 49, 125 });
 276     expectedMapping.put(62, new int[] { 50, 134 });
 277     expectedMapping.put(63, new int[] { 51, 141 });
 278     expectedMapping.put(64, new int[] { 52, 148 });
 279     expectedMapping.put(65, new int[] { 53, 156 });
 280     expectedMapping.put(66, new int[] { 54, 164 });
 281     expectedMapping.put(67, new int[] { 55, 171 });
 282     expectedMapping.put(68, new int[] { 56, 183 });
 283     expectedMapping.put(69, new int[] { 57, 191 });
 284     expectedMapping.put(70, new int[] { 58, 199 });
 285     expectedMapping.put(71, new int[] { 59, 207 });
 286     expectedMapping.put(72, new int[] { 60, 218 });
 287     expectedMapping.put(73, new int[] { 61, 223 });
 288     expectedMapping.put(74, new int[] { 62, 232 });
 289     expectedMapping.put(75, new int[] { 63, 241 });
 290     expectedMapping.put(76, new int[] { 64, 250 });
 291     expectedMapping.put(77, new int[] { 65, 254 });
 292     expectedMapping.put(78, new int[] { 66, 262 });
 293     expectedMapping.put(79, new int[] { 67, 270 });
 294     expectedMapping.put(80, new int[] { 68, 278 });
 295     expectedMapping.put(81, new int[] { 69, 285 });
 296     expectedMapping.put(82, new int[] { 70, 296 });
 297     expectedMapping.put(83, new int[] { 71, 302 });
 298     expectedMapping.put(84, new int[] { 72, 308 });
 299     expectedMapping.put(85, new int[] { 73, 319 });
 300     expectedMapping.put(86, new int[] { 74, 324 });
 301     expectedMapping.put(87, new int[] { 75, 328 });
 302     expectedMapping.put(88, new int[] { 76, 334 });
 303     expectedMapping.put(89, new int[] { 77, 340 });
 304     expectedMapping.put(90, new int[] { 78, 346 });
 305     expectedMapping.put(91, new int[] { 79, 352 });
 306     expectedMapping.put(92, new int[] { 80, 358 });
 307     expectedMapping.put(93, new int[] { 81, 363 });
 308     expectedMapping.put(94, new int[] { 82, 367 });
 309     expectedMapping.put(95, new int[] { 83, 376 });
 310     expectedMapping.put(96, new int[] { 84, 383 });
 311     expectedMapping.put(97, new int[] { 85, 390 });
 312     expectedMapping.put(98, new int[] { 86, 396 });
 313     expectedMapping.put(99, new int[] { 87, 400 });
 314     expectedMapping.put(100, new int[] { 88, 406 });
 315     expectedMapping.put(101, new int[] { 89, 413 });
 316     expectedMapping.put(102, new int[] { 90, 421 });
 317     expectedMapping.put(103, new int[] { 91, 430 });
 318     expectedMapping.put(104, new int[] { 92, 436 });
 319     expectedMapping.put(105, new int[] { 93, 444 });
 320     expectedMapping.put(106, new int[] { 94, 453 });
 321     expectedMapping.put(107, new int[] { 95, 459 });
 322     expectedMapping.put(108, new int[] { 96, 470 });
 323     expectedMapping.put(109, new int[] { 97, 478 });
 324     expectedMapping.put(110, new int[] { 98, 486 });
 325     expectedMapping.put(111, new int[] { 99, 494 });
 326     expectedMapping.put(112, new int[] { 100, 502 });
 327     expectedMapping.put(113, new int[] { 101, 511 });
 328     expectedMapping.put(114, new int[] { 102, 518 });
 329     expectedMapping.put(115, new int[] { 103, 523 });
 330     expectedMapping.put(116, new int[] { 104, 531 });
 331     expectedMapping.put(117, new int[] { 105, 535 });
 332     expectedMapping.put(118, new int[] { 106, 549 });
 333     expectedMapping.put(119, new int[] { 107, 556 });
 334     expectedMapping.put(120, new int[] { 108, 564 });
 335     expectedMapping.put(121, new int[] { 109, 571 });
 336     expectedMapping.put(122, new int[] { 110, 577 });
 337     expectedMapping.put(123, new int[] { 111, 582 });
 338     expectedMapping.put(124, new int[] { 112, 587 });
 339     expectedMapping.put(125, new int[] { 113, 599 });
 340     expectedMapping.put(126, new int[] { 114, 606 });
 341     expectedMapping.put(127, new int[] { 115, 613 });
 342     expectedMapping.put(128, new int[] { 116, 619 });
 343     expectedMapping.put(129, new int[] { 117, 627 });
 344     expectedMapping.put(130, new int[] { 118, 634 });
 345     expectedMapping.put(131, new int[] { 119, 641 });
 346     expectedMapping.put(132, new int[] { 120, 649 });
 347     expectedMapping.put(133, new int[] { 121, 658 });
 348     expectedMapping.put(134, new int[] { 122, 665 });
 349     expectedMapping.put(135, new int[] { 123, 675 });
 350     expectedMapping.put(136, new int[] { 124, 684 });
 351     expectedMapping.put(137, new int[] { 125, 693 });
 352     expectedMapping.put(138, new int[] { 126, 701 });
 353     expectedMapping.put(139, new int[] { 127, 709 });
 354
 355     StructureFile structureFile;
 356     try
 357     {
 358       structureFile = new JmolParser(phyre2ModelFile, DataSourceType.FILE);
 359       phyre2Client = new Phyre2Client(structureFile);
 360       phyre2Client.setFastaMappingFile(fastaMappingFile);
 361     } catch (IOException e1)
 362     {
 363       e1.printStackTrace();
 364     }
 365     Assert.assertNotNull(phyre2Client);
 366     Assert.assertNotNull(testSeq);
 367     Assert.assertNotNull(expectedMapping);
 368     try
 369     {
 370       HashMap<Integer, int[]> actualMapping = phyre2Client
 371               .getPhyre2FastaMapping(testSeq, null);
 372
 373       Assert.assertEquals(testSeq.getStart(), 13);
 374       Assert.assertEquals(testSeq.getEnd(), 139);
 375       testMappings(actualMapping, expectedMapping);
 376     } catch (Exception e)
 377     {
 378       e.printStackTrace();
 379       Assert.fail("Exception thrown while performing Phyre2 model mapping...");
 380     }
 381   }
 382
 383   public void testMappings(HashMap<Integer, int[]> actualMapping,
 384           HashMap<Integer, int[]> expectedMapping)
 385   {
 386     System.out.println("Expected Mapping size: " + expectedMapping.size());
 387     System.out.println("Actual   Mapping size: " + actualMapping.size());
 388     // Test size
 389     Assert.assertEquals(actualMapping.size(), expectedMapping.size());
 390     // Test key set
 391     Assert.assertEquals(actualMapping.keySet(), expectedMapping.keySet());
 392     // Test entry set
 393     for (int key : expectedMapping.keySet())
 394     {
 395       System.out.println(key + " ---> [" + expectedMapping.get(key)[0]
 396               + ", " + expectedMapping.get(key)[1] + "] = ["
 397               + actualMapping.get(key)[0] + ", "
 398               + actualMapping.get(key)[1] + "]");
 399       Assert.assertTrue(Arrays.equals(expectedMapping.get(key),
 400               actualMapping.get(key)));
 401     }
 402   }
 403
 404
 405 }