test/jalview/ws/phyre2/Phyre2ClientTest.java

   1 package jalview.ws.phyre2;
   2
   3 import jalview.datamodel.Sequence;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.ext.jmol.JmolParser;
   6 import jalview.io.DataSourceType;
   7 import jalview.io.StructureFile;
   8
   9 import java.io.IOException;
  10 import java.util.Arrays;
  11 import java.util.HashMap;
  12
  13 import org.testng.Assert;
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 public class Phyre2ClientTest
  17 {
  18   private Phyre2Client phyre2Client = null;
  19
  20
  21
  22
  23   @Test(groups = { "Functional" })
  24   public void getPhyre2FastaMappingTest()
  25   {
  26     String phyre2ModelFile = "examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/c4n58A_.1.pdb";
  27     String fastaMappingFile = "examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/c4n58A_.1.fasta";
  28
  29     SequenceI testSeq = new Sequence(
  30             "FER_CAPAN",
  31             "MASVSATMISTSFMPRKPAVTSLKPIPNVGEALFGLKSANGGKVTCMASYKVKLITPDGPIEF"
  32                     + "DCPDNVYILDQAEEAGHDLPYSCRAGSCSSCAGKIAGGAVDQTDGNFLDDDQL"
  33                     + "EEGWVLTCVAYPQSDVTIETHKEAELVG", 1, 144);
  34
  35     HashMap<Integer, int[]> expectedMapping = new HashMap<Integer, int[]>();
  36     // PDB sequence starts with residue 48
  37     expectedMapping.put(48, new int[] { 48, 1 });
  38     expectedMapping.put(49, new int[] { 49, 6 });
  39     expectedMapping.put(50, new int[] { 50, 12 });
  40     expectedMapping.put(51, new int[] { 51, 24 });
  41     expectedMapping.put(52, new int[] { 52, 33 });
  42     expectedMapping.put(53, new int[] { 53, 40 });
  43     expectedMapping.put(54, new int[] { 54, 49 });
  44     expectedMapping.put(55, new int[] { 55, 57 });
  45     expectedMapping.put(56, new int[] { 56, 65 });
  46     expectedMapping.put(57, new int[] { 57, 72 });
  47     expectedMapping.put(58, new int[] { 58, 79 });
  48     expectedMapping.put(59, new int[] { 59, 87 });
  49     // residues 60, 61 absent in PDB file
  50     // residues 62, 63 also skipped in map (is this right?)
  51     expectedMapping.put(64, new int[] { 62, 91 });
  52     expectedMapping.put(65, new int[] { 63, 100 });
  53     expectedMapping.put(66, new int[] { 64, 111 });
  54     expectedMapping.put(67, new int[] { 65, 119 });
  55     expectedMapping.put(68, new int[] { 66, 125 });
  56     expectedMapping.put(69, new int[] { 67, 132 });
  57     expectedMapping.put(70, new int[] { 68, 140 });
  58     expectedMapping.put(71, new int[] { 69, 148 });
  59     expectedMapping.put(72, new int[] { 70, 155 });
  60     expectedMapping.put(73, new int[] { 71, 167 });
  61     expectedMapping.put(74, new int[] { 72, 175 });
  62     expectedMapping.put(75, new int[] { 73, 183 });
  63     expectedMapping.put(76, new int[] { 74, 191 });
  64     expectedMapping.put(77, new int[] { 75, 200 });
  65     expectedMapping.put(78, new int[] { 76, 205 });
  66     expectedMapping.put(79, new int[] { 77, 214 });
  67     expectedMapping.put(80, new int[] { 78, 223 });
  68     expectedMapping.put(81, new int[] { 79, 228 });
  69     expectedMapping.put(82, new int[] { 80, 232 });
  70     expectedMapping.put(83, new int[] { 81, 242 });
  71     expectedMapping.put(84, new int[] { 82, 250 });
  72     expectedMapping.put(85, new int[] { 83, 258 });
  73     expectedMapping.put(86, new int[] { 84, 265 });
  74     expectedMapping.put(87, new int[] { 85, 277 });
  75     expectedMapping.put(88, new int[] { 86, 283 });
  76     expectedMapping.put(89, new int[] { 87, 289 });
  77     expectedMapping.put(90, new int[] { 88, 300 });
  78     expectedMapping.put(91, new int[] { 89, 305 });
  79     expectedMapping.put(92, new int[] { 90, 309 });
  80     expectedMapping.put(93, new int[] { 91, 315 });
  81     expectedMapping.put(94, new int[] { 92, 321 });
  82     expectedMapping.put(95, new int[] { 93, 327 });
  83     expectedMapping.put(96, new int[] { 94, 333 });
  84     expectedMapping.put(97, new int[] { 95, 339 });
  85     expectedMapping.put(98, new int[] { 96, 344 });
  86     expectedMapping.put(99, new int[] { 97, 348 });
  87     expectedMapping.put(100, new int[] { 98, 357 });
  88     expectedMapping.put(101, new int[] { 99, 365 });
  89     expectedMapping.put(102, new int[] { 100, 370 });
  90     expectedMapping.put(103, new int[] { 101, 374 });
  91     expectedMapping.put(104, new int[] { 102, 378 });
  92     expectedMapping.put(105, new int[] { 103, 383 });
  93     expectedMapping.put(106, new int[] { 104, 390 });
  94     expectedMapping.put(107, new int[] { 105, 398 });
  95     expectedMapping.put(108, new int[] { 106, 407 });
  96     expectedMapping.put(109, new int[] { 107, 414 });
  97     expectedMapping.put(110, new int[] { 108, 422 });
  98     expectedMapping.put(111, new int[] { 109, 426 });
  99     expectedMapping.put(112, new int[] { 110, 434 });
 100     expectedMapping.put(113, new int[] { 111, 445 });
 101     expectedMapping.put(114, new int[] { 112, 453 });
 102     expectedMapping.put(115, new int[] { 113, 461 });
 103     // residue 116 absent in PDB file
 104     expectedMapping.put(117, new int[] { 114, 469 });
 105     expectedMapping.put(118, new int[] { 115, 477 });
 106     // residue 119 gets removed as mapped to 116 - is this right?
 107     expectedMapping.put(120, new int[] { 117, 486 });
 108     expectedMapping.put(121, new int[] { 118, 495 });
 109     expectedMapping.put(122, new int[] { 119, 504 });
 110     expectedMapping.put(123, new int[] { 120, 508 });
 111     expectedMapping.put(124, new int[] { 121, 522 });
 112     expectedMapping.put(125, new int[] { 122, 529 });
 113     expectedMapping.put(126, new int[] { 123, 537 });
 114     expectedMapping.put(127, new int[] { 124, 544 });
 115     expectedMapping.put(128, new int[] { 125, 550 });
 116     expectedMapping.put(129, new int[] { 126, 557 });
 117     expectedMapping.put(130, new int[] { 127, 562 });
 118     expectedMapping.put(131, new int[] { 128, 574 });
 119     expectedMapping.put(132, new int[] { 129, 581 });
 120     expectedMapping.put(133, new int[] { 130, 590 });
 121     expectedMapping.put(134, new int[] { 131, 596 });
 122     expectedMapping.put(135, new int[] { 132, 604 });
 123     expectedMapping.put(136, new int[] { 133, 611 });
 124     expectedMapping.put(137, new int[] { 134, 618 });
 125     expectedMapping.put(138, new int[] { 135, 626 });
 126     expectedMapping.put(139, new int[] { 136, 635 });
 127     expectedMapping.put(140, new int[] { 137, 642 });
 128     expectedMapping.put(141, new int[] { 138, 652 });
 129     expectedMapping.put(142, new int[] { 139, 661 });
 130     expectedMapping.put(143, new int[] { 140, 670 });
 131     // residue 144 absent in PDB file
 132
 133     StructureFile structureFile;
 134     try
 135     {
 136       structureFile = new JmolParser(phyre2ModelFile, DataSourceType.FILE);
 137       phyre2Client = new Phyre2Client(structureFile);
 138       phyre2Client.setFastaMappingFile(fastaMappingFile);
 139     } catch (IOException e1)
 140     {
 141       e1.printStackTrace();
 142     }
 143     Assert.assertNotNull(phyre2Client);
 144     Assert.assertNotNull(testSeq);
 145     Assert.assertNotNull(expectedMapping);
 146     try
 147     {
 148       HashMap<Integer, int[]> actualMapping = phyre2Client
 149               .getPhyre2FastaMapping(testSeq, null);
 150
 151       Assert.assertEquals(testSeq.getStart(), 1);
 152       Assert.assertEquals(testSeq.getEnd(), 144);
 153       testMappings(actualMapping, expectedMapping);
 154     } catch (Exception e)
 155     {
 156       e.printStackTrace();
 157       Assert.fail("Exception thrown while performing Phyre2 model mapping...");
 158     }
 159   }
 160
 161   @Test(groups = { "Functional" })
 162   public void getPhyre2FastaMappingTest2()
 163   {
 164     String phyre2ModelFile = "examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/d1a70a_.pdb";
 165     String fastaMappingFile = "examples/testdata/phyre2results/56da5616b4559c93/d1a70a_.fasta";
 166
 167     SequenceI testSeq = new Sequence(
 168             "FER_CAPAN",
 169             "APPPCFSSPLRLRVAVAKPLAAPMRRQLLRAQATYNVKLITPEGEVELQVPDDVYILDFAEEEGIDLPFSCRAGSCSSCAGKVVSGSVDQSDQSFLNDNQVADGWVLTCAAYPTSDVVIETHKEDDL",
 170             13, 139);
 171
 172     HashMap<Integer, int[]> expectedMapping = new HashMap<Integer, int[]>();
 173     // PDB sequence starts with residue 33
 174     expectedMapping.put(45, new int[] { 33, 1 });
 175     expectedMapping.put(46, new int[] { 34, 6 });
 176     expectedMapping.put(47, new int[] { 35, 13 });
 177     expectedMapping.put(48, new int[] { 36, 25 });
 178     expectedMapping.put(49, new int[] { 37, 33 });
 179     expectedMapping.put(50, new int[] { 38, 40 });
 180     expectedMapping.put(51, new int[] { 39, 49 });
 181     expectedMapping.put(52, new int[] { 40, 57 });
 182     expectedMapping.put(53, new int[] { 41, 65 });
 183     expectedMapping.put(54, new int[] { 42, 72 });
 184     expectedMapping.put(55, new int[] { 43, 79 });
 185     expectedMapping.put(56, new int[] { 44, 88 });
 186     expectedMapping.put(57, new int[] { 45, 92 });
 187     expectedMapping.put(58, new int[] { 46, 101 });
 188     expectedMapping.put(59, new int[] { 47, 108 });
 189     expectedMapping.put(60, new int[] { 48, 117 });
 190     expectedMapping.put(61, new int[] { 49, 125 });
 191     expectedMapping.put(62, new int[] { 50, 134 });
 192     expectedMapping.put(63, new int[] { 51, 141 });
 193     expectedMapping.put(64, new int[] { 52, 148 });
 194     expectedMapping.put(65, new int[] { 53, 156 });
 195     expectedMapping.put(66, new int[] { 54, 164 });
 196     expectedMapping.put(67, new int[] { 55, 171 });
 197     expectedMapping.put(68, new int[] { 56, 183 });
 198     expectedMapping.put(69, new int[] { 57, 191 });
 199     expectedMapping.put(70, new int[] { 58, 199 });
 200     expectedMapping.put(71, new int[] { 59, 207 });
 201     expectedMapping.put(72, new int[] { 60, 218 });
 202     expectedMapping.put(73, new int[] { 61, 223 });
 203     expectedMapping.put(74, new int[] { 62, 232 });
 204     expectedMapping.put(75, new int[] { 63, 241 });
 205     expectedMapping.put(76, new int[] { 64, 250 });
 206     expectedMapping.put(77, new int[] { 65, 254 });
 207     expectedMapping.put(78, new int[] { 66, 262 });
 208     expectedMapping.put(79, new int[] { 67, 270 });
 209     expectedMapping.put(80, new int[] { 68, 278 });
 210     expectedMapping.put(81, new int[] { 69, 285 });
 211     expectedMapping.put(82, new int[] { 70, 296 });
 212     expectedMapping.put(83, new int[] { 71, 302 });
 213     expectedMapping.put(84, new int[] { 72, 308 });
 214     expectedMapping.put(85, new int[] { 73, 319 });
 215     expectedMapping.put(86, new int[] { 74, 324 });
 216     expectedMapping.put(87, new int[] { 75, 328 });
 217     expectedMapping.put(88, new int[] { 76, 334 });
 218     expectedMapping.put(89, new int[] { 77, 340 });
 219     expectedMapping.put(90, new int[] { 78, 346 });
 220     expectedMapping.put(91, new int[] { 79, 352 });
 221     expectedMapping.put(92, new int[] { 80, 358 });
 222     expectedMapping.put(93, new int[] { 81, 363 });
 223     expectedMapping.put(94, new int[] { 82, 367 });
 224     expectedMapping.put(95, new int[] { 83, 376 });
 225     expectedMapping.put(96, new int[] { 84, 383 });
 226     expectedMapping.put(97, new int[] { 85, 390 });
 227     expectedMapping.put(98, new int[] { 86, 396 });
 228     expectedMapping.put(99, new int[] { 87, 400 });
 229     expectedMapping.put(100, new int[] { 88, 406 });
 230     expectedMapping.put(101, new int[] { 89, 413 });
 231     expectedMapping.put(102, new int[] { 90, 421 });
 232     expectedMapping.put(103, new int[] { 91, 430 });
 233     expectedMapping.put(104, new int[] { 92, 436 });
 234     expectedMapping.put(105, new int[] { 93, 444 });
 235     expectedMapping.put(106, new int[] { 94, 453 });
 236     expectedMapping.put(107, new int[] { 95, 459 });
 237     expectedMapping.put(108, new int[] { 96, 470 });
 238     expectedMapping.put(109, new int[] { 97, 478 });
 239     expectedMapping.put(110, new int[] { 98, 486 });
 240     expectedMapping.put(111, new int[] { 99, 494 });
 241     expectedMapping.put(112, new int[] { 100, 502 });
 242     expectedMapping.put(113, new int[] { 101, 511 });
 243     expectedMapping.put(114, new int[] { 102, 518 });
 244     expectedMapping.put(115, new int[] { 103, 523 });
 245     expectedMapping.put(116, new int[] { 104, 531 });
 246     expectedMapping.put(117, new int[] { 105, 535 });
 247     expectedMapping.put(118, new int[] { 106, 549 });
 248     expectedMapping.put(119, new int[] { 107, 556 });
 249     expectedMapping.put(120, new int[] { 108, 564 });
 250     expectedMapping.put(121, new int[] { 109, 571 });
 251     expectedMapping.put(122, new int[] { 110, 577 });
 252     expectedMapping.put(123, new int[] { 111, 582 });
 253     expectedMapping.put(124, new int[] { 112, 587 });
 254     expectedMapping.put(125, new int[] { 113, 599 });
 255     expectedMapping.put(126, new int[] { 114, 606 });
 256     expectedMapping.put(127, new int[] { 115, 613 });
 257     expectedMapping.put(128, new int[] { 116, 619 });
 258     expectedMapping.put(129, new int[] { 117, 627 });
 259     expectedMapping.put(130, new int[] { 118, 634 });
 260     expectedMapping.put(131, new int[] { 119, 641 });
 261     expectedMapping.put(132, new int[] { 120, 649 });
 262     expectedMapping.put(133, new int[] { 121, 658 });
 263     expectedMapping.put(134, new int[] { 122, 665 });
 264     expectedMapping.put(135, new int[] { 123, 675 });
 265     expectedMapping.put(136, new int[] { 124, 684 });
 266     expectedMapping.put(137, new int[] { 125, 693 });
 267     expectedMapping.put(138, new int[] { 126, 701 });
 268     expectedMapping.put(139, new int[] { 127, 709 });
 269
 270     StructureFile structureFile;
 271     try
 272     {
 273       structureFile = new JmolParser(phyre2ModelFile, DataSourceType.FILE);
 274       phyre2Client = new Phyre2Client(structureFile);
 275       phyre2Client.setFastaMappingFile(fastaMappingFile);
 276     } catch (IOException e1)
 277     {
 278       e1.printStackTrace();
 279     }
 280     Assert.assertNotNull(phyre2Client);
 281     Assert.assertNotNull(testSeq);
 282     Assert.assertNotNull(expectedMapping);
 283     try
 284     {
 285       HashMap<Integer, int[]> actualMapping = phyre2Client
 286               .getPhyre2FastaMapping(testSeq, null);
 287
 288       Assert.assertEquals(testSeq.getStart(), 13);
 289       Assert.assertEquals(testSeq.getEnd(), 139);
 290       Assert.assertEquals(actualMapping, expectedMapping);
 291       testMappings(actualMapping, expectedMapping);
 292     } catch (Exception e)
 293     {
 294       e.printStackTrace();
 295       Assert.fail("Exception thrown while performing Phyre2 model mapping...");
 296     }
 297   }
 298
 299   public void testMappings(HashMap<Integer, int[]> actualMapping,
 300           HashMap<Integer, int[]> expectedMapping)
 301   {
 302     System.out.println("Expected Mapping size: " + expectedMapping.size());
 303     System.out.println("Actual   Mapping size: " + actualMapping.size());
 304     // Test size
 305     Assert.assertEquals(actualMapping.size(), expectedMapping.size());
 306     // Test key set
 307     Assert.assertEquals(actualMapping.keySet(), expectedMapping.keySet());
 308     // Test entry set
 309     for (int key : expectedMapping.keySet())
 310     {
 311       System.out.println(key + " ---> [" + expectedMapping.get(key)[0]
 312               + ", " + expectedMapping.get(key)[1] + "] = ["
 313               + actualMapping.get(key)[0] + ", "
 314               + actualMapping.get(key)[1] + "]");
 315       Assert.assertTrue(Arrays.equals(expectedMapping.get(key),
 316               actualMapping.get(key)));
 317     }
 318   }
 319
 320
 321 }