test/jalview/ws/rest/ShmmrRSBSService.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24
  25 import java.io.BufferedReader;
  26 import java.io.IOException;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Hashtable;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  34 import jalview.gui.AlignFrame;
  35 import jalview.io.FileParse;
  36 import jalview.ws.rest.InputType;
  37 import jalview.ws.rest.params.SeqGroupIndexVector;
  38
  39 import org.junit.AfterClass;
  40 import org.junit.BeforeClass;
  41 import org.junit.Test;
  42
  43 /**
  44  * @author jimp
  45  *
  46  */
  47 public class ShmmrRSBSService
  48 {
  49
  50   @Test
  51   public void testSeparatorListToArrayForRestServiceDescriptions()
  52   {
  53     assertTrue(
  54             "separatorListToArray is faulty.",
  55             RestServiceDescription.separatorListToArray(
  56                     "foo=',',min='foo',max='1,2,3',fa=','", ",").length == 4);
  57     assertTrue("separatorListToArray is faulty.",
  58             RestServiceDescription.separatorListToArray(
  59                     "minsize='2', sep=','", ",").length != 2); // probably should come as 2
  60   }
  61
  62   @Test
  63   public void testShmmrService()
  64   {
  65
  66     assertTrue(
  67             "Test Rsd Exchange using using default Shmmr service failed.",
  68             testRsdExchange("Test using default Shmmr service",
  69                     RestClient.makeShmmrRestClient().service));
  70   }
  71   @Test
  72   public void testShmmrServiceDataprep() throws Exception
  73   {
  74     RestClient _rc = RestClient.makeShmmrRestClient();
  75     assertNotNull(_rc);
  76     AlignFrame alf = new jalview.io.FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded("examples/testdata/smad.fa", jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  77     assertNotNull("Couldn't find test data.",alf);
  78     alf.loadJalviewDataFile("examples/testdata/smad_groups.jva",
  79             jalview.io.FormatAdapter.FILE, null, null);
  80     assertTrue("Couldn't load the test data's annotation file (should be 5 groups but found "+alf.getViewport().getAlignment().getGroups().size()+").", alf.getViewport().getAlignment().getGroups().size()==5);
  81
  82     RestClient rc = new RestClient(_rc.service, alf, true);
  83
  84
  85
  86     assertNotNull("Couldn't creat RestClient job.",rc);
  87     jalview.bin.Cache.initLogger();
  88     RestJob rjb = new RestJob(0, new RestJobThread(rc),rc.av.getAlignment(),null);
  89     rjb.setAlignmentForInputs(rc.service.getInputParams().values(), rc.av.getAlignment());
  90     for (Map.Entry<String,InputType> e:rc.service.getInputParams().entrySet()) {
  91       System.out.println("For Input '"+e.getKey()+":\n"+e.getValue().formatForInput(rjb).getContentLength());
  92     }
  93   }
  94
  95   private static boolean testRsdExchange(String desc, String servicestring)
  96   {
  97     try
  98     {
  99       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
 100               servicestring);
 101       if (!newService.isValid())
 102       {
 103         throw new Error("Failed to create service from '" + servicestring
 104                 + "'.\n" + newService.getInvalidMessage());
 105       }
 106       return testRsdExchange(desc, newService);
 107     } catch (Throwable x)
 108     {
 109       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 110               + servicestring);
 111       x.printStackTrace();
 112       return false;
 113     }
 114   }
 115
 116   private static boolean testRsdExchange(String desc,
 117           RestServiceDescription service)
 118   {
 119     try
 120     {
 121       String fromservicetostring = service.toString();
 122       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
 123               fromservicetostring);
 124       if (!newService.isValid())
 125       {
 126         throw new Error("Failed to create service from '"
 127                 + fromservicetostring + "'.\n"
 128                 + newService.getInvalidMessage());
 129       }
 130
 131       if (!service.equals(newService))
 132       {
 133         System.err.println("Failed for service (" + desc + ").");
 134         System.err.println("Original service and parsed service differ.");
 135         System.err.println("Original: " + fromservicetostring);
 136         System.err.println("Parsed  : " + newService.toString());
 137         return false;
 138       }
 139     } catch (Throwable x)
 140     {
 141       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 142               + service.toString());
 143       x.printStackTrace();
 144       return false;
 145     }
 146     return true;
 147   }
 148
 149 }