test/jalview/ws/seqfetcher/DbRefFetcherTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.seqfetcher;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertEquals;
  24 import static org.junit.Assert.assertNotNull;
  25 import static org.junit.Assert.assertTrue;
  26 import jalview.analysis.CrossRef;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  29 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  30 import jalview.util.DBRefUtils;
  31 import jalview.ws.SequenceFetcher;
  32
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35
  36 import org.junit.AfterClass;
  37 import org.junit.BeforeClass;
  38 import org.junit.Test;
  39
  40 /**
  41  * @author jimp
  42  *
  43  */
  44 public class DbRefFetcherTest
  45 {
  46
  47   /**
  48    * @throws java.lang.Exception
  49    */
  50   @BeforeClass
  51   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  52   {
  53     jalview.bin.Cache.initLogger();
  54   }
  55
  56   /**
  57    * @throws java.lang.Exception
  58    */
  59   @AfterClass
  60   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  61   {
  62   }
  63
  64   @Test
  65   public void testStandardProtDbs()
  66   {
  67     String[] defdb = DBRefSource.PROTEINDBS;
  68     List<DbSourceProxy> srces = new ArrayList<DbSourceProxy>();
  69     for (String ddb : defdb)
  70     {
  71       SequenceFetcher sfetcher = new SequenceFetcher();
  72       List<DbSourceProxy> srcesfordb = sfetcher.getSourceProxy(ddb);
  73
  74       if (srcesfordb != null)
  75       {
  76         srces.addAll(srcesfordb);
  77       }
  78     }
  79     DbSourceProxy uniprot = null;
  80     int i = 0;
  81     // append the selected sequence sources to the default dbs
  82     for (DbSourceProxy s : srces)
  83     {
  84       if (s.getDbSource().equalsIgnoreCase(DBRefSource.UNIPROT))
  85       {
  86         i++;
  87       }
  88
  89       if (s instanceof jalview.ws.dbsources.Uniprot)
  90       {
  91         uniprot = s;
  92         break;
  93       }
  94     }
  95
  96     assertTrue("Failed to find Uniprot source as first source amongst "
  97             + srces.size() + " sources (source was at position " + i + ")",
  98             uniprot != null && i < 2);
  99   }
 100
 101   @Test
 102   public void testEmblUniprotProductRecovery() throws Exception
 103   {
 104     String retrievalId = "CAA23748"; // "V00488";
 105     DbSourceProxy embl = new SequenceFetcher().getSourceProxy(DBRefSource.EMBL).get(0);
 106     assertNotNull("Couldn't find the EMBL retrieval client", embl);
 107     verifyProteinNucleotideXref(retrievalId, embl);
 108   }
 109
 110   @Test
 111   public void testEmblCDSUniprotProductRecovery() throws Exception
 112   {
 113     String retrievalId = "AAH29712";
 114     DbSourceProxy embl = new SequenceFetcher().getSourceProxy(
 115             DBRefSource.EMBLCDS).get(0);
 116     assertNotNull("Couldn't find the EMBL retrieval client", embl);
 117     verifyProteinNucleotideXref(retrievalId, embl);
 118   }
 119
 120   private void verifyProteinNucleotideXref(String retrievalId,
 121           DbSourceProxy embl) throws Exception
 122   {
 123     AlignmentI alsq = embl.getSequenceRecords(retrievalId);
 124     assertNotNull("Couldn't find the EMBL record " + retrievalId, alsq);
 125     assertEquals("Didn't retrieve right number of records", 1, alsq.getHeight());
 126     DBRefEntry[] dr = DBRefUtils.selectRefs(alsq.getSequenceAt(0).getDBRef(), DBRefSource.PROTEINSEQ);
 127     assertNotNull(dr);
 128     assertEquals("Expected a single Uniprot cross reference", 1, dr.length);
 129     assertEquals("Expected cross refernce map to be one amino acid", dr[0]
 130             .getMap().getMappedWidth(), 1);
 131     assertEquals("Expected local refernce map to be 3 nucleotides", dr[0]
 132             .getMap().getWidth(), 3);
 133     AlignmentI sprods = CrossRef.findXrefSequences(alsq.getSequencesArray(), true, dr[0].getSource(), alsq.getDataset());
 134     assertNotNull(
 135             "Couldn't recover cross reference sequence from dataset. Was it ever added ?",
 136             sprods);
 137
 138
 139   }
 140 }