test/jalview/ws/sifts/SiftsClientTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.sifts;
  22
  23 import jalview.api.DBRefEntryI;
  24 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  25 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  29 import jalview.structure.StructureMapping;
  30 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.Entity;
  31
  32 import java.io.File;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.HashMap;
  36
  37 import org.testng.Assert;
  38 import org.testng.FileAssert;
  39 import org.testng.annotations.AfterTest;
  40 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  41 import org.testng.annotations.Test;
  42
  43 import MCview.Atom;
  44 import MCview.PDBfile;
  45
  46 public class SiftsClientTest
  47 {
  48
  49   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
  50           .getProperty("user.home")
  51           + File.separatorChar
  52           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
  53
  54   private String testPDBId = "1a70";
  55
  56   private SiftsClient siftsClient = null;
  57
  58   SequenceI testSeq = new Sequence(
  59           "P00221",
  60           "MAAT..TTTMMG..MATTFVPKPQAPPMMAALPSNTGR..SLFGLKT.GSR..GGRMTMA"
  61                   + "AYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDD"
  62                   + "QSFLDDDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA.", 1, 147);
  63
  64   int u = SiftsClient.UNASSIGNED;
  65
  66   HashMap<Integer, int[]> expectedMapping = new HashMap<Integer, int[]>();
  67
  68   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  69   public void populateExpectedMapping() throws SiftsException
  70    {
  71     expectedMapping.put(51, new int[] { 1, 2 });
  72     expectedMapping.put(52, new int[] { 2, 7 });
  73     expectedMapping.put(53, new int[] { 3, 12 });
  74     expectedMapping.put(54, new int[] { 4, 24 });
  75     expectedMapping.put(55, new int[] { 5, 33 });
  76     expectedMapping.put(56, new int[] { 6, 40 });
  77     expectedMapping.put(57, new int[] { 7, 47 });
  78     expectedMapping.put(58, new int[] { 8, 55 });
  79     expectedMapping.put(59, new int[] { 9, 62 });
  80     expectedMapping.put(60, new int[] { 10, 69 });
  81     expectedMapping.put(61, new int[] { 11, 76 });
  82     expectedMapping.put(62, new int[] { 12, 83 });
  83     expectedMapping.put(63, new int[] { 13, 87 });
  84     expectedMapping.put(64, new int[] { 14, 95 });
  85     expectedMapping.put(65, new int[] { 15, 102 });
  86     expectedMapping.put(66, new int[] { 16, 111 });
  87     expectedMapping.put(67, new int[] { 17, 122 });
  88     expectedMapping.put(68, new int[] { 18, 131 });
  89     expectedMapping.put(69, new int[] { 19, 137 });
  90     expectedMapping.put(70, new int[] { 20, 144 });
  91     expectedMapping.put(71, new int[] { 21, 152 });
  92     expectedMapping.put(72, new int[] { 22, 160 });
  93     expectedMapping.put(73, new int[] { 23, 167 });
  94     expectedMapping.put(74, new int[] { 24, 179 });
  95     expectedMapping.put(75, new int[] { 25, 187 });
  96     expectedMapping.put(76, new int[] { 26, 195 });
  97     expectedMapping.put(77, new int[] { 27, 203 });
  98     expectedMapping.put(78, new int[] { 28, 208 });
  99     expectedMapping.put(79, new int[] { 29, 213 });
 100     expectedMapping.put(80, new int[] { 30, 222 });
 101     expectedMapping.put(81, new int[] { 31, 231 });
 102     expectedMapping.put(82, new int[] { 32, 240 });
 103     expectedMapping.put(83, new int[] { 33, 244 });
 104     expectedMapping.put(84, new int[] { 34, 252 });
 105     expectedMapping.put(85, new int[] { 35, 260 });
 106     expectedMapping.put(86, new int[] { 36, 268 });
 107     expectedMapping.put(87, new int[] { 37, 275 });
 108     expectedMapping.put(88, new int[] { 38, 287 });
 109     expectedMapping.put(89, new int[] { 39, 293 });
 110     expectedMapping.put(90, new int[] { 40, 299 });
 111     expectedMapping.put(91, new int[] { 41, 310 });
 112     expectedMapping.put(92, new int[] { 42, 315 });
 113     expectedMapping.put(93, new int[] { 43, 319 });
 114     expectedMapping.put(94, new int[] { 44, 325 });
 115     expectedMapping.put(95, new int[] { 45, 331 });
 116     expectedMapping.put(96, new int[] { 46, 337 });
 117     expectedMapping.put(97, new int[] { 47, 343 });
 118     expectedMapping.put(98, new int[] { 48, 349 });
 119     expectedMapping.put(99, new int[] { 49, 354 });
 120     expectedMapping.put(100, new int[] { 50, 358 });
 121     expectedMapping.put(101, new int[] { 51, 367 });
 122     expectedMapping.put(102, new int[] { 52, 375 });
 123     expectedMapping.put(103, new int[] { 53, 384 });
 124     expectedMapping.put(104, new int[] { 54, 391 });
 125     expectedMapping.put(105, new int[] { 55, 395 });
 126     expectedMapping.put(106, new int[] { 56, 401 });
 127     expectedMapping.put(107, new int[] { 57, 409 });
 128     expectedMapping.put(108, new int[] { 58, 417 });
 129     expectedMapping.put(109, new int[] { 59, 426 });
 130     expectedMapping.put(110, new int[] { 60, 434 });
 131     expectedMapping.put(111, new int[] { 61, 442 });
 132     expectedMapping.put(112, new int[] { 62, 451 });
 133     expectedMapping.put(113, new int[] { 63, 457 });
 134     expectedMapping.put(114, new int[] { 64, 468 });
 135     expectedMapping.put(115, new int[] { 65, 476 });
 136     expectedMapping.put(116, new int[] { 66, 484 });
 137     expectedMapping.put(117, new int[] { 67, 492 });
 138     expectedMapping.put(118, new int[] { 68, 500 });
 139     expectedMapping.put(119, new int[] { 69, 509 });
 140     expectedMapping.put(120, new int[] { 70, 517 });
 141     expectedMapping.put(121, new int[] { 71, 525 });
 142     expectedMapping.put(122, new int[] { 72, 534 });
 143     expectedMapping.put(123, new int[] { 73, 538 });
 144     expectedMapping.put(124, new int[] { 74, 552 });
 145     expectedMapping.put(125, new int[] { 75, 559 });
 146     expectedMapping.put(126, new int[] { 76, 567 });
 147     expectedMapping.put(127, new int[] { 77, 574 });
 148     expectedMapping.put(128, new int[] { 78, 580 });
 149     expectedMapping.put(129, new int[] { 79, 585 });
 150     expectedMapping.put(130, new int[] { 80, 590 });
 151     expectedMapping.put(131, new int[] { 81, 602 });
 152     expectedMapping.put(132, new int[] { 82, 609 });
 153     expectedMapping.put(133, new int[] { 83, 616 });
 154     expectedMapping.put(134, new int[] { 84, 622 });
 155     expectedMapping.put(135, new int[] { 85, 630 });
 156     expectedMapping.put(136, new int[] { 86, 637 });
 157     expectedMapping.put(137, new int[] { 87, 644 });
 158     expectedMapping.put(138, new int[] { 88, 652 });
 159     expectedMapping.put(139, new int[] { 89, 661 });
 160     expectedMapping.put(140, new int[] { 90, 668 });
 161     expectedMapping.put(141, new int[] { 91, 678 });
 162     expectedMapping.put(142, new int[] { 92, 687 });
 163     expectedMapping.put(143, new int[] { 93, 696 });
 164     expectedMapping.put(144, new int[] { 94, 705 });
 165     expectedMapping.put(145, new int[] { 95, 714 });
 166     expectedMapping.put(146, new int[] { 96, 722 });
 167     expectedMapping.put(147, new int[] { 97, 729 });
 168    }
 169
 170   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 171   public void setUpSiftsClient() throws SiftsException
 172   {
 173     // SIFTs entries are updated weekly - so use saved SIFTs file to enforce
 174     // test reproducibility
 175     new SiftsSettings();
 176     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache.getDefault(
 177             "sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 178     SiftsSettings.setMapWithSifts(true);
 179     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 180     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold("70");
 181     PDBfile pdbFile;
 182     try
 183     {
 184       pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/"
 185               + testPDBId + ".pdb", AppletFormatAdapter.FILE);
 186       siftsClient = new SiftsClient(pdbFile);
 187     } catch (Exception e)
 188     {
 189       e.printStackTrace();
 190     }
 191   }
 192
 193   @AfterTest(alwaysRun = true)
 194   public void cleanUpSiftsClient()
 195   {
 196     siftsClient = null;
 197   }
 198
 199   @Test(groups = { "Functional" })
 200   public void getSIFTsFileTest() throws SiftsException
 201   {
 202     File siftsFile;
 203     try
 204     {
 205       siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 206       FileAssert.assertFile(siftsFile);
 207       // test for SIFTs file caching
 208       SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("0");
 209       siftsFile = SiftsClient.getSiftsFile(testPDBId);
 210       FileAssert.assertFile(siftsFile);
 211       SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 212     } catch (IOException e)
 213     {
 214       e.printStackTrace();
 215     }
 216   }
 217
 218   @Test(groups = { "Functional" })
 219   public void downloadSiftsFileTest() throws SiftsException
 220   {
 221     // Assert that file isn't yet downloaded - if already downloaded, assert it
 222     // is deleted
 223     Assert.assertTrue(SiftsClient.deleteSiftsFileByPDBId(testPDBId));
 224     File siftsFile;
 225     try
 226     {
 227       siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 228       FileAssert.assertFile(siftsFile);
 229       SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 230     } catch (IOException e)
 231     {
 232       e.printStackTrace();
 233     }
 234   }
 235
 236
 237   @Test(groups = { "Functional" })
 238   public void getAllMappingAccessionTest()
 239   {
 240     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 241     Assert.assertNotNull(siftsClient.getAllMappingAccession());
 242     Assert.assertTrue(siftsClient.getAllMappingAccession().size() > 1);
 243   }
 244
 245   @Test(groups = { "Functional" })
 246   public void getGreedyMappingTest()
 247   {
 248     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 249     Assert.assertNotNull(testSeq);
 250     Assert.assertNotNull(expectedMapping);
 251
 252     // TODO delete when auto-fetching of DBRefEntry is implemented
 253     DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry("uniprot", "", "P00221");
 254     testSeq.addDBRef(dbRef);
 255     // testSeq.setSourceDBRef(dbRef);
 256
 257     try
 258     {
 259       HashMap<Integer, int[]> actualMapping = siftsClient.getGreedyMapping(
 260               "A", testSeq,
 261               null);
 262       Assert.assertEquals(testSeq.getStart(), 1);
 263       Assert.assertEquals(testSeq.getEnd(), 147);
 264       Assert.assertEquals(actualMapping, expectedMapping);
 265     } catch (Exception e)
 266     {
 267       e.printStackTrace();
 268       Assert.fail("Exception thrown while generating mapping...");
 269     }
 270   }
 271
 272   @Test(groups = { "Functional" })
 273   private void getAtomIndexTest()
 274   {
 275     ArrayList<Atom> atoms = new ArrayList<Atom>();
 276     Atom atom = new Atom(u, u, u);
 277     atom.resNumber = 43;
 278     atom.atomIndex = 7;
 279     atoms.add(atom);
 280     int actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(1, atoms);
 281     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, -1);
 282     actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(43, atoms);
 283     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, 7);
 284   }
 285
 286   @Test(
 287     groups = { "Functional" },
 288     expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
 289   private void getAtomIndexNullTest()
 290   {
 291     siftsClient.getAtomIndex(1, null);
 292   }
 293
 294   @Test(groups = { "Functional" })
 295   private void padWithGapsTest()
 296   {
 297
 298   }
 299
 300   @Test(
 301     groups = { "Functional" },
 302     expectedExceptions = SiftsException.class)
 303   private void populateAtomPositionsNullTest1()
 304           throws IllegalArgumentException, SiftsException
 305   {
 306       siftsClient.populateAtomPositions(null, null);
 307   }
 308
 309   @Test(
 310     groups = { "Functional" },
 311     expectedExceptions = SiftsException.class)
 312   private void populateAtomPositionsNullTest2()
 313           throws IllegalArgumentException, SiftsException
 314   {
 315     siftsClient.populateAtomPositions("A", null);
 316   }
 317
 318   @Test(groups = { "Functional" })
 319   public void getValidSourceDBRefTest()
 320   {
 321     try
 322     {
 323       DBRefEntryI actualValidSrcDBRef = siftsClient
 324               .getValidSourceDBRef(testSeq);
 325       DBRefEntryI expectedDBRef = new DBRefEntry();
 326       expectedDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 327       expectedDBRef.setAccessionId("P00221");
 328       expectedDBRef.setVersion("");
 329       Assert.assertEquals(actualValidSrcDBRef, expectedDBRef);
 330     } catch (Exception e)
 331     {
 332     }
 333   }
 334
 335   @Test(
 336     groups = { "Functional" },
 337     expectedExceptions = SiftsException.class)
 338   public void getValidSourceDBRefExceptionTest() throws SiftsException
 339   {
 340       SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 341     try
 342     {
 343       siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 344     } catch (SiftsException e)
 345     {
 346       throw new SiftsException(e.getMessage());
 347     }
 348   }
 349
 350   @Test(
 351     groups = { "Functional" },
 352     expectedExceptions = SiftsException.class)
 353   public void getValidSourceDBRefExceptionXTest() throws SiftsException
 354   {
 355     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 356     DBRefEntry invalidDBRef = new DBRefEntry();
 357     invalidDBRef.setAccessionId("BLAR");
 358     invalidTestSeq.addDBRef(invalidDBRef);
 359     try
 360     {
 361       siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 362     } catch (SiftsException e)
 363     {
 364       throw new SiftsException(e.getMessage());
 365     }
 366
 367   }
 368
 369   @Test(groups = { "Functional" })
 370   public void isValidDBRefEntryTest()
 371   {
 372     DBRefEntryI validDBRef = new DBRefEntry();
 373     validDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 374     validDBRef.setAccessionId("P00221");
 375     validDBRef.setVersion("");
 376     Assert.assertTrue(siftsClient.isValidDBRefEntry(validDBRef));
 377   }
 378
 379   @Test(groups = { "Functional" })
 380   public void getSiftsStructureMappingTest()
 381   {
 382     try
 383     {
 384       Assert.assertTrue(SiftsSettings.isMapWithSifts());
 385       StructureMapping strucMapping = siftsClient.getSiftsStructureMapping(
 386               testSeq, testPDBId, "A");
 387       String expectedMappingOutput = "\nSequence ⟷ Structure mapping details\n"
 388               + "Method: SIFTS\n\n"
 389               + "P00221 :  1 - 97 Maps to \n"
 390               + "1A70|A :  51 - 147\n\n"
 391               + "P00221 AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n"
 392               + "       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||\n"
 393               + "1A70|A AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n\n"
 394
 395               + "P00221 DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA\n"
 396               + "       |||||||||||||||||||||||||| |||||\n"
 397               + "1A70|A DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKKEELTA\n\n" +
 398
 399               "Length of alignment = 97\n" + "Percentage ID = 98.97\n";
 400
 401       Assert.assertEquals(strucMapping.getMappingDetailsOutput(),
 402               expectedMappingOutput);
 403       Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping(), expectedMapping);
 404     } catch (SiftsException e)
 405     {
 406       e.printStackTrace();
 407     }
 408   }
 409
 410   @Test(groups = { "Functional" })
 411   public void getEntityCountTest()
 412   {
 413     int actualEntityCount = siftsClient.getEntityCount();
 414     System.out.println("actual entity count : " + actualEntityCount);
 415     Assert.assertEquals(actualEntityCount, 1);
 416   }
 417
 418   @Test(groups = { "Functional" })
 419   public void getDbAccessionIdTest()
 420   {
 421     String actualDbAccId = siftsClient.getDbAccessionId();
 422     System.out.println("Actual Db Accession Id: " + actualDbAccId);
 423     Assert.assertEquals(actualDbAccId, "1a70");
 424   }
 425
 426   @Test(groups = { "Functional" })
 427   public void getDbCoordSysTest()
 428   {
 429     String actualDbCoordSys = siftsClient.getDbCoordSys();
 430     System.out.println("Actual DbCoordSys: " + actualDbCoordSys);
 431     Assert.assertEquals(actualDbCoordSys, "PDBe");
 432   }
 433
 434   @Test(groups = { "Functional" })
 435   public void getDbSourceTest()
 436   {
 437     String actualDbSource = siftsClient.getDbSource();
 438     System.out.println("Actual DbSource: " + actualDbSource);
 439     Assert.assertEquals(actualDbSource, "PDBe");
 440   }
 441
 442   @Test(groups = { "Functional" })
 443   public void getDbVersionTest()
 444   {
 445     String actualDbVersion = siftsClient.getDbVersion();
 446     System.out.println("Actual DbVersion: " + actualDbVersion);
 447     Assert.assertEquals(actualDbVersion, "2.0");
 448   }
 449
 450   @Test(groups = { "Functional" })
 451   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest()
 452   {
 453     SiftsClient siftsClientX = null;
 454     PDBfile pdbFile;
 455     try
 456     {
 457       pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/2nq2"
 458               + ".pdb", AppletFormatAdapter.FILE);
 459       siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 460     } catch (Exception e)
 461     {
 462       e.printStackTrace();
 463     }
 464     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 465     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 466     Entity entityB = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("B");
 467     Assert.assertEquals(entityB.getEntityId(), "C");
 468     Entity entityC = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("C");
 469     Assert.assertEquals(entityC.getEntityId(), "B");
 470     Entity entityD = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("D");
 471     Assert.assertEquals(entityD.getEntityId(), "D");
 472
 473   }
 474 }