test/jalview/ws/sifts/SiftsClientTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.sifts;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26
  27 import java.io.File;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.HashMap;
  31 import java.util.Iterator;
  32 import java.util.Map;
  33
  34 import org.testng.Assert;
  35 import org.testng.FileAssert;
  36 import org.testng.annotations.AfterTest;
  37 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  38 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  39 import org.testng.annotations.Test;
  40
  41 import jalview.api.DBRefEntryI;
  42 import jalview.bin.Cache;
  43 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  44 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  45 import jalview.datamodel.Sequence;
  46 import jalview.datamodel.SequenceI;
  47 import jalview.gui.JvOptionPane;
  48 import jalview.io.DataSourceType;
  49 import jalview.structure.StructureMapping;
  50 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.Entity;
  51 import mc_view.Atom;
  52 import mc_view.PDBfile;
  53
  54 @Test(enabled=false)
  55 public class SiftsClientTest
  56 {
  57
  58   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  59   public void setUpJvOptionPane()
  60   {
  61     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  62     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  63   }
  64
  65   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
  66           .getProperty("user.home")
  67           + File.separatorChar
  68           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
  69
  70   // FIXME 1a70 has no sifts mapping any more !!! all tests fail
  71   private String testPDBId = "1a70";
  72
  73   private SiftsClient siftsClient = null;
  74
  75   SequenceI testSeq = new Sequence(
  76           "P00221",
  77           "MAAT..TTTMMG..MATTFVPKPQAPPMMAALPSNTGR..SLFGLKT.GSR..GGRMTMA"
  78                   + "AYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDD"
  79                   + "QSFLDDDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA.", 1, 147);
  80
  81   int u = SiftsClient.UNASSIGNED;
  82
  83   HashMap<Integer, int[]> expectedMapping = new HashMap<Integer, int[]>();
  84
  85   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  86   public void populateExpectedMapping() throws SiftsException
  87   {
  88     expectedMapping.put(51, new int[] { 1, 2, 1 });
  89     expectedMapping.put(52, new int[] { 2, 7, 2 });
  90     expectedMapping.put(53, new int[] { 3, 12, 3 });
  91     expectedMapping.put(54, new int[] { 4, 24, 4 });
  92     expectedMapping.put(55, new int[] { 5, 33, 5 });
  93     expectedMapping.put(56, new int[] { 6, 40, 6 });
  94     expectedMapping.put(57, new int[] { 7, 47, 7 });
  95     expectedMapping.put(58, new int[] { 8, 55, 8 });
  96     expectedMapping.put(59, new int[] { 9, 62, 9 });
  97     expectedMapping.put(60, new int[] { 10, 69, 10 });
  98     expectedMapping.put(61, new int[] { 11, 76, 11 });
  99     expectedMapping.put(62, new int[] { 12, 83, 12 });
 100     expectedMapping.put(63, new int[] { 13, 87, 13 });
 101     expectedMapping.put(64, new int[] { 14, 95, 14 });
 102     expectedMapping.put(65, new int[] { 15, 102, 15 });
 103     expectedMapping.put(66, new int[] { 16, 111, 16 });
 104     expectedMapping.put(67, new int[] { 17, 122, 17 });
 105     expectedMapping.put(68, new int[] { 18, 131, 18 });
 106     expectedMapping.put(69, new int[] { 19, 137, 19 });
 107     expectedMapping.put(70, new int[] { 20, 144, 20 });
 108     expectedMapping.put(71, new int[] { 21, 152, 21 });
 109     expectedMapping.put(72, new int[] { 22, 160, 22 });
 110     expectedMapping.put(73, new int[] { 23, 167, 23 });
 111     expectedMapping.put(74, new int[] { 24, 179, 24 });
 112     expectedMapping.put(75, new int[] { 25, 187, 25 });
 113     expectedMapping.put(76, new int[] { 26, 195, 26 });
 114     expectedMapping.put(77, new int[] { 27, 203, 27 });
 115     expectedMapping.put(78, new int[] { 28, 208, 28 });
 116     expectedMapping.put(79, new int[] { 29, 213, 29 });
 117     expectedMapping.put(80, new int[] { 30, 222, 30 });
 118     expectedMapping.put(81, new int[] { 31, 231, 31 });
 119     expectedMapping.put(82, new int[] { 32, 240, 32 });
 120     expectedMapping.put(83, new int[] { 33, 244, 33 });
 121     expectedMapping.put(84, new int[] { 34, 252, 34 });
 122     expectedMapping.put(85, new int[] { 35, 260, 35 });
 123     expectedMapping.put(86, new int[] { 36, 268, 36 });
 124     expectedMapping.put(87, new int[] { 37, 275, 37 });
 125     expectedMapping.put(88, new int[] { 38, 287, 38 });
 126     expectedMapping.put(89, new int[] { 39, 293, 39 });
 127     expectedMapping.put(90, new int[] { 40, 299, 40 });
 128     expectedMapping.put(91, new int[] { 41, 310, 41 });
 129     expectedMapping.put(92, new int[] { 42, 315, 42 });
 130     expectedMapping.put(93, new int[] { 43, 319, 43 });
 131     expectedMapping.put(94, new int[] { 44, 325, 44 });
 132     expectedMapping.put(95, new int[] { 45, 331, 45 });
 133     expectedMapping.put(96, new int[] { 46, 337, 46 });
 134     expectedMapping.put(97, new int[] { 47, 343, 47 });
 135     expectedMapping.put(98, new int[] { 48, 349, 48 });
 136     expectedMapping.put(99, new int[] { 49, 354, 49 });
 137     expectedMapping.put(100, new int[] { 50, 358, 50 });
 138     expectedMapping.put(101, new int[] { 51, 367, 51 });
 139     expectedMapping.put(102, new int[] { 52, 375, 52 });
 140     expectedMapping.put(103, new int[] { 53, 384, 53 });
 141     expectedMapping.put(104, new int[] { 54, 391, 54 });
 142     expectedMapping.put(105, new int[] { 55, 395, 55 });
 143     expectedMapping.put(106, new int[] { 56, 401, 56 });
 144     expectedMapping.put(107, new int[] { 57, 409, 57 });
 145     expectedMapping.put(108, new int[] { 58, 417, 58 });
 146     expectedMapping.put(109, new int[] { 59, 426, 59 });
 147     expectedMapping.put(110, new int[] { 60, 434, 60 });
 148     expectedMapping.put(111, new int[] { 61, 442, 61 });
 149     expectedMapping.put(112, new int[] { 62, 451, 62 });
 150     expectedMapping.put(113, new int[] { 63, 457, 63 });
 151     expectedMapping.put(114, new int[] { 64, 468, 64 });
 152     expectedMapping.put(115, new int[] { 65, 476, 65 });
 153     expectedMapping.put(116, new int[] { 66, 484, 66 });
 154     expectedMapping.put(117, new int[] { 67, 492, 67 });
 155     expectedMapping.put(118, new int[] { 68, 500, 68 });
 156     expectedMapping.put(119, new int[] { 69, 509, 69 });
 157     expectedMapping.put(120, new int[] { 70, 517, 70 });
 158     expectedMapping.put(121, new int[] { 71, 525, 71 });
 159     expectedMapping.put(122, new int[] { 72, 534, 72 });
 160     expectedMapping.put(123, new int[] { 73, 538, 73 });
 161     expectedMapping.put(124, new int[] { 74, 552, 74 });
 162     expectedMapping.put(125, new int[] { 75, 559, 75 });
 163     expectedMapping.put(126, new int[] { 76, 567, 76 });
 164     expectedMapping.put(127, new int[] { 77, 574, 77 });
 165     expectedMapping.put(128, new int[] { 78, 580, 78 });
 166     expectedMapping.put(129, new int[] { 79, 585, 79 });
 167     expectedMapping.put(130, new int[] { 80, 590, 80 });
 168     expectedMapping.put(131, new int[] { 81, 602, 81 });
 169     expectedMapping.put(132, new int[] { 82, 609, 82 });
 170     expectedMapping.put(133, new int[] { 83, 616, 83 });
 171     expectedMapping.put(134, new int[] { 84, 622, 84 });
 172     expectedMapping.put(135, new int[] { 85, 630, 85 });
 173     expectedMapping.put(136, new int[] { 86, 637, 86 });
 174     expectedMapping.put(137, new int[] { 87, 644, 87 });
 175     expectedMapping.put(138, new int[] { 88, 652, 88 });
 176     expectedMapping.put(139, new int[] { 89, 661, 89 });
 177     expectedMapping.put(140, new int[] { 90, 668, 90 });
 178     expectedMapping.put(141, new int[] { 91, 678, 91 });
 179     expectedMapping.put(142, new int[] { 92, 687, 92 });
 180     expectedMapping.put(143, new int[] { 93, 696, 93 });
 181     expectedMapping.put(144, new int[] { 94, 705, 94 });
 182     expectedMapping.put(145, new int[] { 95, 714, 95 });
 183     expectedMapping.put(146, new int[] { 96, 722, 96 });
 184     expectedMapping.put(147, new int[] { 97, 729, 97 });
 185   }
 186
 187   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 188   public void setUpSiftsClient() throws SiftsException, IOException
 189   {
 190     // read test props before manipulating config
 191     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 192     // SIFTs entries are updated weekly - so use saved SIFTs file to enforce
 193     // test reproducibility
 194     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache.getDefault(
 195             "sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 196     SiftsSettings.setMapWithSifts(true);
 197     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 198     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold("70");
 199     PDBfile pdbFile;
 200     pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/"
 201             + testPDBId + ".pdb", DataSourceType.FILE);
 202     try {
 203       siftsClient = new SiftsClient(pdbFile);
 204     }
 205     catch (Exception x)
 206     {
 207       System.err.println("SiftsClientTest setupSiftsClient failed.");
 208     }
 209   }
 210
 211   @AfterTest(alwaysRun = true)
 212   public void cleanUpSiftsClient()
 213   {
 214     siftsClient = null;
 215   }
 216
 217   @Test(groups = { "Network" })
 218   public void getSIFTsFileTest() throws SiftsException, IOException
 219   {
 220     File siftsFile;
 221     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 222     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 223     long t1 = siftsFile.lastModified();
 224
 225     // re-read file should be returned from cache
 226     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 227     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 228     long t2 = siftsFile.lastModified();
 229     assertEquals(t1, t2);
 230
 231     /*
 232      * force fetch by having 0 expiry of cache
 233      * also wait one second, because file timestamp does not
 234      * give millisecond resolution :-(
 235      */
 236     synchronized (this)
 237     {
 238       try
 239       {
 240         wait(1000);
 241       } catch (InterruptedException e)
 242       {
 243       }
 244     }
 245     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("0");
 246     siftsFile = SiftsClient.getSiftsFile(testPDBId);
 247     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 248     long t3 = siftsFile.lastModified();
 249     assertTrue(t3 > t2, "file timestamp unchanged at " + t3);
 250
 251     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 252   }
 253
 254   @Test(groups = { "Network" })
 255   public void downloadSiftsFileTest() throws SiftsException, IOException
 256   {
 257     // Assert that file isn't yet downloaded - if already downloaded, assert it
 258     // is deleted
 259     Assert.assertTrue(SiftsClient.deleteSiftsFileByPDBId(testPDBId));
 260     File siftsFile;
 261     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 262     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 263     SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 264   }
 265
 266   @Test(groups = { "Network" })
 267   public void getAllMappingAccessionTest()
 268   {
 269     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 270     Assert.assertNotNull(siftsClient.getAllMappingAccession());
 271     Assert.assertTrue(siftsClient.getAllMappingAccession().size() > 1);
 272   }
 273
 274   @Test(groups = { "Network" })
 275   public void getGreedyMappingTest()
 276   {
 277     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 278     Assert.assertNotNull(testSeq);
 279     Assert.assertNotNull(expectedMapping);
 280
 281     // TODO delete when auto-fetching of DBRefEntry is implemented
 282     DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry("uniprot", "", "P00221");
 283     testSeq.addDBRef(dbRef);
 284     // testSeq.setSourceDBRef(dbRef);
 285
 286     try
 287     {
 288       HashMap<Integer, int[]> actualMapping = siftsClient.getGreedyMapping(
 289               "A", testSeq, null);
 290       Assert.assertEquals(testSeq.getStart(), 1);
 291       Assert.assertEquals(testSeq.getEnd(), 147);
 292       // Can't do Assert.assertEquals(actualMapping, expectedMapping);
 293       // because this fails in our version of TestNG
 294       Assert.assertEquals(actualMapping.size(), expectedMapping.size());
 295       Iterator<Map.Entry<Integer, int[]>> it = expectedMapping.entrySet()
 296               .iterator();
 297       while (it.hasNext())
 298       {
 299         Map.Entry<Integer, int[]> pair = it.next();
 300         Assert.assertTrue(actualMapping.containsKey(pair.getKey()));
 301         Assert.assertEquals(actualMapping.get(pair.getKey()),
 302                 pair.getValue());
 303       }
 304
 305     } catch (Exception e)
 306     {
 307       e.printStackTrace();
 308       Assert.fail("Exception thrown while generating mapping...");
 309     }
 310   }
 311
 312   @Test(groups = { "Network" })
 313   private void getAtomIndexTest()
 314   {
 315     ArrayList<Atom> atoms = new ArrayList<Atom>();
 316     Atom atom = new Atom(u, u, u);
 317     atom.resNumber = 43;
 318     atom.atomIndex = 7;
 319     atoms.add(atom);
 320     int actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(1, atoms);
 321     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, SiftsClient.UNASSIGNED);
 322     actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(43, atoms);
 323     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, 7);
 324   }
 325
 326   @Test(
 327     groups = { "Network" },
 328     expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
 329   private void getAtomIndexNullTest()
 330   {
 331     siftsClient.getAtomIndex(1, null);
 332   }
 333
 334   @Test(groups = { "Network" })
 335   private void padWithGapsTest()
 336   {
 337
 338   }
 339
 340   @Test(
 341 groups = { "Network" },
 342     expectedExceptions = SiftsException.class)
 343   private void populateAtomPositionsNullTest1()
 344           throws IllegalArgumentException, SiftsException
 345   {
 346     siftsClient.populateAtomPositions(null, null);
 347   }
 348
 349   @Test(
 350 groups = { "Network" },
 351     expectedExceptions = SiftsException.class)
 352   private void populateAtomPositionsNullTest2()
 353           throws IllegalArgumentException, SiftsException
 354   {
 355     siftsClient.populateAtomPositions("A", null);
 356   }
 357
 358   @Test(groups = { "Network" })
 359   public void getValidSourceDBRefTest() throws SiftsException
 360   {
 361     DBRefEntryI actualValidSrcDBRef = siftsClient
 362             .getValidSourceDBRef(testSeq);
 363     DBRefEntryI expectedDBRef = new DBRefEntry();
 364     expectedDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 365     expectedDBRef.setAccessionId("P00221");
 366     expectedDBRef.setVersion("");
 367     Assert.assertEquals(actualValidSrcDBRef, expectedDBRef);
 368   }
 369
 370   @Test(
 371 groups = { "Network" },
 372     expectedExceptions = SiftsException.class)
 373   public void getValidSourceDBRefExceptionTest() throws SiftsException
 374   {
 375     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 376     siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 377   }
 378
 379   @Test(
 380 groups = { "Network" },
 381     expectedExceptions = SiftsException.class)
 382   public void getValidSourceDBRefExceptionXTest() throws SiftsException
 383   {
 384     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 385     DBRefEntry invalidDBRef = new DBRefEntry();
 386     invalidDBRef.setAccessionId("BLAR");
 387     invalidTestSeq.addDBRef(invalidDBRef);
 388     siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 389   }
 390
 391   @Test(groups = { "Network" })
 392   public void isValidDBRefEntryTest()
 393   {
 394     DBRefEntryI validDBRef = new DBRefEntry();
 395     validDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 396     validDBRef.setAccessionId("P00221");
 397     validDBRef.setVersion("");
 398     Assert.assertTrue(siftsClient.isValidDBRefEntry(validDBRef));
 399   }
 400
 401   @Test(groups = { "Network" })
 402   public void getSiftsStructureMappingTest() throws SiftsException
 403   {
 404     Assert.assertTrue(SiftsSettings.isMapWithSifts());
 405     StructureMapping strucMapping = siftsClient.getSiftsStructureMapping(
 406             testSeq, testPDBId, "A");
 407     String expectedMappingOutput = "\nSequence ⟷ Structure mapping details\n"
 408             + "Method: SIFTS\n\n"
 409             + "P00221 :  51 - 147 Maps to \n"
 410             + "1A70|A :  1 - 97\n\n"
 411             + "P00221 AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n"
 412             + "       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||\n"
 413             + "1A70|A AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n\n"
 414
 415             + "P00221 DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA\n"
 416             + "       |||||||||||||||||||||||||| |||||\n"
 417             + "1A70|A DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKKEELTA\n\n" +
 418
 419             "Length of alignment = 97\n" + "Percentage ID = 98.97\n";
 420
 421     Assert.assertEquals(strucMapping.getMappingDetailsOutput(),
 422             expectedMappingOutput);
 423
 424     // Can't do Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping(), expectedMapping);
 425     // because this fails in our version of TestNG
 426     Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping().size(),
 427             expectedMapping.size());
 428     Iterator<Map.Entry<Integer, int[]>> it = expectedMapping.entrySet()
 429             .iterator();
 430     while (it.hasNext())
 431     {
 432       Map.Entry<Integer, int[]> pair = it.next();
 433       Assert.assertTrue(strucMapping.getMapping()
 434               .containsKey(pair.getKey()));
 435       Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping().get(pair.getKey()),
 436               pair.getValue());
 437     }
 438   }
 439
 440   @Test(groups = { "Network" })
 441   public void getEntityCountTest()
 442   {
 443     int actualEntityCount = siftsClient.getEntityCount();
 444     System.out.println("actual entity count : " + actualEntityCount);
 445     Assert.assertEquals(actualEntityCount, 1);
 446   }
 447
 448   @Test(groups = { "Network" })
 449   public void getDbAccessionIdTest()
 450   {
 451     String actualDbAccId = siftsClient.getDbAccessionId();
 452     System.out.println("Actual Db Accession Id: " + actualDbAccId);
 453     Assert.assertEquals(actualDbAccId, "1a70");
 454   }
 455
 456   @Test(groups = { "Network" })
 457   public void getDbCoordSysTest()
 458   {
 459     String actualDbCoordSys = siftsClient.getDbCoordSys();
 460     System.out.println("Actual DbCoordSys: " + actualDbCoordSys);
 461     Assert.assertEquals(actualDbCoordSys, "PDBe");
 462   }
 463
 464   @Test(groups = { "Network" })
 465   public void getDbSourceTest()
 466   {
 467     String actualDbSource = siftsClient.getDbSource();
 468     System.out.println("Actual DbSource: " + actualDbSource);
 469     Assert.assertEquals(actualDbSource, "PDBe");
 470   }
 471
 472   @Test(groups = { "Network" })
 473   public void getDbVersionTest()
 474   {
 475     String actualDbVersion = siftsClient.getDbVersion();
 476     System.out.println("Actual DbVersion: " + actualDbVersion);
 477     Assert.assertEquals(actualDbVersion, "2.0");
 478   }
 479
 480   @Test(groups = { "Network" })
 481   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest1() throws IOException,
 482           SiftsException
 483   {
 484     SiftsClient siftsClientX = null;
 485     PDBfile pdbFile;
 486     pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/2nq2"
 487             + ".pdb", DataSourceType.FILE);
 488     siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 489     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 490     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 491     Entity entityB = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("B");
 492     Assert.assertEquals(entityB.getEntityId(), "C");
 493     Entity entityC = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("C");
 494     Assert.assertEquals(entityC.getEntityId(), "B");
 495     Entity entityD = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("D");
 496     Assert.assertEquals(entityD.getEntityId(), "D");
 497
 498   }
 499
 500   @Test(groups = { "Network" })
 501   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest2() throws IOException,
 502           SiftsException
 503   {
 504     // This test is for a SIFTS file in which entity A should map to chain P for
 505     // the given PDB Id. All the other chains shouldn't be mapped as there are
 506     // no SIFTS entity records for them.
 507     SiftsClient siftsClientX = null;
 508     PDBfile pdbFile;
 509     pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/3ucu.cif",
 510             DataSourceType.FILE);
 511     siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 512     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("P");
 513     Entity entityP = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 514     Entity entityR = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("R");
 515     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 516     Assert.assertNotEquals(entityR, "A");
 517     Assert.assertNotEquals(entityP, "A");
 518     Assert.assertNotEquals(entityR, "R");
 519     Assert.assertNotEquals(entityP, "P");
 520     Assert.assertNull(entityR);
 521     Assert.assertNull(entityP);
 522
 523   }
 524 }