test/jalview/ws/sifts/SiftsClientTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.sifts;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import jalview.api.DBRefEntryI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  29 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.gui.JvOptionPane;
  33 import jalview.io.DataSourceType;
  34 import jalview.structure.StructureMapping;
  35 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.Entity;
  36
  37 import java.io.File;
  38 import java.io.IOException;
  39 import java.util.ArrayList;
  40 import java.util.HashMap;
  41 import java.util.Iterator;
  42 import java.util.Map;
  43
  44 import org.testng.Assert;
  45 import org.testng.FileAssert;
  46 import org.testng.annotations.AfterTest;
  47 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  48 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  49 import org.testng.annotations.Test;
  50
  51 import mc_view.Atom;
  52 import mc_view.PDBfile;
  53
  54 public class SiftsClientTest
  55 {
  56
  57   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  58   public void setUpJvOptionPane()
  59   {
  60     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  61     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  62   }
  63
  64   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
  65           .getProperty("user.home") + File.separatorChar
  66           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
  67
  68   private String testPDBId = "1a70";
  69
  70   private SiftsClient siftsClient = null;
  71
  72   SequenceI testSeq = new Sequence("P00221",
  73           "MAAT..TTTMMG..MATTFVPKPQAPPMMAALPSNTGR..SLFGLKT.GSR..GGRMTMA"
  74                   + "AYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDD"
  75                   + "QSFLDDDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA.",
  76           1, 147);
  77
  78   int u = SiftsClient.UNASSIGNED;
  79
  80   HashMap<Integer, int[]> expectedMapping = new HashMap<Integer, int[]>();
  81
  82   @BeforeTest(alwaysRun = true)
  83   public void populateExpectedMapping() throws SiftsException
  84   {
  85     expectedMapping.put(51, new int[] { 1, 2, 1 });
  86     expectedMapping.put(52, new int[] { 2, 7, 2 });
  87     expectedMapping.put(53, new int[] { 3, 12, 3 });
  88     expectedMapping.put(54, new int[] { 4, 24, 4 });
  89     expectedMapping.put(55, new int[] { 5, 33, 5 });
  90     expectedMapping.put(56, new int[] { 6, 40, 6 });
  91     expectedMapping.put(57, new int[] { 7, 47, 7 });
  92     expectedMapping.put(58, new int[] { 8, 55, 8 });
  93     expectedMapping.put(59, new int[] { 9, 62, 9 });
  94     expectedMapping.put(60, new int[] { 10, 69, 10 });
  95     expectedMapping.put(61, new int[] { 11, 76, 11 });
  96     expectedMapping.put(62, new int[] { 12, 83, 12 });
  97     expectedMapping.put(63, new int[] { 13, 87, 13 });
  98     expectedMapping.put(64, new int[] { 14, 95, 14 });
  99     expectedMapping.put(65, new int[] { 15, 102, 15 });
 100     expectedMapping.put(66, new int[] { 16, 111, 16 });
 101     expectedMapping.put(67, new int[] { 17, 122, 17 });
 102     expectedMapping.put(68, new int[] { 18, 131, 18 });
 103     expectedMapping.put(69, new int[] { 19, 137, 19 });
 104     expectedMapping.put(70, new int[] { 20, 144, 20 });
 105     expectedMapping.put(71, new int[] { 21, 152, 21 });
 106     expectedMapping.put(72, new int[] { 22, 160, 22 });
 107     expectedMapping.put(73, new int[] { 23, 167, 23 });
 108     expectedMapping.put(74, new int[] { 24, 179, 24 });
 109     expectedMapping.put(75, new int[] { 25, 187, 25 });
 110     expectedMapping.put(76, new int[] { 26, 195, 26 });
 111     expectedMapping.put(77, new int[] { 27, 203, 27 });
 112     expectedMapping.put(78, new int[] { 28, 208, 28 });
 113     expectedMapping.put(79, new int[] { 29, 213, 29 });
 114     expectedMapping.put(80, new int[] { 30, 222, 30 });
 115     expectedMapping.put(81, new int[] { 31, 231, 31 });
 116     expectedMapping.put(82, new int[] { 32, 240, 32 });
 117     expectedMapping.put(83, new int[] { 33, 244, 33 });
 118     expectedMapping.put(84, new int[] { 34, 252, 34 });
 119     expectedMapping.put(85, new int[] { 35, 260, 35 });
 120     expectedMapping.put(86, new int[] { 36, 268, 36 });
 121     expectedMapping.put(87, new int[] { 37, 275, 37 });
 122     expectedMapping.put(88, new int[] { 38, 287, 38 });
 123     expectedMapping.put(89, new int[] { 39, 293, 39 });
 124     expectedMapping.put(90, new int[] { 40, 299, 40 });
 125     expectedMapping.put(91, new int[] { 41, 310, 41 });
 126     expectedMapping.put(92, new int[] { 42, 315, 42 });
 127     expectedMapping.put(93, new int[] { 43, 319, 43 });
 128     expectedMapping.put(94, new int[] { 44, 325, 44 });
 129     expectedMapping.put(95, new int[] { 45, 331, 45 });
 130     expectedMapping.put(96, new int[] { 46, 337, 46 });
 131     expectedMapping.put(97, new int[] { 47, 343, 47 });
 132     expectedMapping.put(98, new int[] { 48, 349, 48 });
 133     expectedMapping.put(99, new int[] { 49, 354, 49 });
 134     expectedMapping.put(100, new int[] { 50, 358, 50 });
 135     expectedMapping.put(101, new int[] { 51, 367, 51 });
 136     expectedMapping.put(102, new int[] { 52, 375, 52 });
 137     expectedMapping.put(103, new int[] { 53, 384, 53 });
 138     expectedMapping.put(104, new int[] { 54, 391, 54 });
 139     expectedMapping.put(105, new int[] { 55, 395, 55 });
 140     expectedMapping.put(106, new int[] { 56, 401, 56 });
 141     expectedMapping.put(107, new int[] { 57, 409, 57 });
 142     expectedMapping.put(108, new int[] { 58, 417, 58 });
 143     expectedMapping.put(109, new int[] { 59, 426, 59 });
 144     expectedMapping.put(110, new int[] { 60, 434, 60 });
 145     expectedMapping.put(111, new int[] { 61, 442, 61 });
 146     expectedMapping.put(112, new int[] { 62, 451, 62 });
 147     expectedMapping.put(113, new int[] { 63, 457, 63 });
 148     expectedMapping.put(114, new int[] { 64, 468, 64 });
 149     expectedMapping.put(115, new int[] { 65, 476, 65 });
 150     expectedMapping.put(116, new int[] { 66, 484, 66 });
 151     expectedMapping.put(117, new int[] { 67, 492, 67 });
 152     expectedMapping.put(118, new int[] { 68, 500, 68 });
 153     expectedMapping.put(119, new int[] { 69, 509, 69 });
 154     expectedMapping.put(120, new int[] { 70, 517, 70 });
 155     expectedMapping.put(121, new int[] { 71, 525, 71 });
 156     expectedMapping.put(122, new int[] { 72, 534, 72 });
 157     expectedMapping.put(123, new int[] { 73, 538, 73 });
 158     expectedMapping.put(124, new int[] { 74, 552, 74 });
 159     expectedMapping.put(125, new int[] { 75, 559, 75 });
 160     expectedMapping.put(126, new int[] { 76, 567, 76 });
 161     expectedMapping.put(127, new int[] { 77, 574, 77 });
 162     expectedMapping.put(128, new int[] { 78, 580, 78 });
 163     expectedMapping.put(129, new int[] { 79, 585, 79 });
 164     expectedMapping.put(130, new int[] { 80, 590, 80 });
 165     expectedMapping.put(131, new int[] { 81, 602, 81 });
 166     expectedMapping.put(132, new int[] { 82, 609, 82 });
 167     expectedMapping.put(133, new int[] { 83, 616, 83 });
 168     expectedMapping.put(134, new int[] { 84, 622, 84 });
 169     expectedMapping.put(135, new int[] { 85, 630, 85 });
 170     expectedMapping.put(136, new int[] { 86, 637, 86 });
 171     expectedMapping.put(137, new int[] { 87, 644, 87 });
 172     expectedMapping.put(138, new int[] { 88, 652, 88 });
 173     expectedMapping.put(139, new int[] { 89, 661, 89 });
 174     expectedMapping.put(140, new int[] { 90, 668, 90 });
 175     expectedMapping.put(141, new int[] { 91, 678, 91 });
 176     expectedMapping.put(142, new int[] { 92, 687, 92 });
 177     expectedMapping.put(143, new int[] { 93, 696, 93 });
 178     expectedMapping.put(144, new int[] { 94, 705, 94 });
 179     expectedMapping.put(145, new int[] { 95, 714, 95 });
 180     expectedMapping.put(146, new int[] { 96, 722, 96 });
 181     expectedMapping.put(147, new int[] { 97, 729, 97 });
 182   }
 183
 184   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 185   public void setUpSiftsClient() throws SiftsException, IOException
 186   {
 187     // read test props before manipulating config
 188     Cache.loadProperties("test/jalview/io/testProps.jvprops");
 189     // SIFTs entries are updated weekly - so use saved SIFTs file to enforce
 190     // test reproducibility
 191     new SiftsSettings();
 192     SiftsSettings.setSiftDownloadDirectory(jalview.bin.Cache
 193             .getDefault("sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR));
 194     SiftsSettings.setMapWithSifts(true);
 195     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 196     SiftsSettings.setFailSafePIDThreshold("70");
 197     PDBfile pdbFile;
 198     pdbFile = new PDBfile(false, false, false,
 199             "test/jalview/io/" + testPDBId + ".pdb", DataSourceType.FILE);
 200     siftsClient = new SiftsClient(pdbFile);
 201   }
 202
 203   @AfterTest(alwaysRun = true)
 204   public void cleanUpSiftsClient()
 205   {
 206     siftsClient = null;
 207   }
 208
 209   @Test(groups= {"Functional"})
 210   public void testSIFTsDownloadURL() {
 211     String expectedUrl = "https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/msd/sifts/split_xml/xy/1xyz.sifts.xml.gz";
 212     Assert.assertEquals(SiftsClient.getDownloadUrlFor("1xyz.sifts.xml.gz"), expectedUrl);
 213   }
 214
 215   @Test(groups = { "Network" })
 216   public void getSIFTsFileTest() throws SiftsException, IOException
 217   {
 218     File siftsFile;
 219     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 220     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 221     long t1 = siftsFile.lastModified();
 222
 223     // re-read file should be returned from cache
 224     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 225     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 226     long t2 = siftsFile.lastModified();
 227     assertEquals(t1, t2);
 228
 229     /*
 230      * force fetch by having 0 expiry of cache
 231      * also wait one second, because file timestamp does not
 232      * give millisecond resolution :-(
 233      */
 234     synchronized (this)
 235     {
 236       try
 237       {
 238         wait(1000);
 239       } catch (InterruptedException e)
 240       {
 241       }
 242     }
 243     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("0");
 244     siftsFile = SiftsClient.getSiftsFile(testPDBId);
 245     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 246     long t3 = siftsFile.lastModified();
 247     assertTrue(t3 > t2, "file timestamp unchanged at " + t3);
 248
 249     SiftsSettings.setCacheThresholdInDays("2");
 250   }
 251
 252   @Test(groups = { "Network" })
 253   public void downloadSiftsFileTest() throws SiftsException, IOException
 254   {
 255     // Assert that file isn't yet downloaded - if already downloaded, assert it
 256     // is deleted
 257     Assert.assertTrue(SiftsClient.deleteSiftsFileByPDBId(testPDBId));
 258     File siftsFile;
 259     siftsFile = SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 260     FileAssert.assertFile(siftsFile);
 261     SiftsClient.downloadSiftsFile(testPDBId);
 262   }
 263
 264   @Test(groups = { "Network" })
 265   public void getAllMappingAccessionTest()
 266   {
 267     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 268     Assert.assertNotNull(siftsClient.getAllMappingAccession());
 269     Assert.assertTrue(siftsClient.getAllMappingAccession().size() > 1);
 270   }
 271
 272   @Test(groups = { "Network" })
 273   public void getGreedyMappingTest()
 274   {
 275     Assert.assertNotNull(siftsClient);
 276     Assert.assertNotNull(testSeq);
 277     Assert.assertNotNull(expectedMapping);
 278
 279     // TODO delete when auto-fetching of DBRefEntry is implemented
 280     DBRefEntry dbRef = new DBRefEntry("uniprot", "", "P00221");
 281     testSeq.addDBRef(dbRef);
 282     // testSeq.setSourceDBRef(dbRef);
 283
 284     try
 285     {
 286       HashMap<Integer, int[]> actualMapping = siftsClient
 287               .getGreedyMapping("A", testSeq, null);
 288       Assert.assertEquals(testSeq.getStart(), 1);
 289       Assert.assertEquals(testSeq.getEnd(), 147);
 290       // Can't do Assert.assertEquals(actualMapping, expectedMapping);
 291       // because this fails in our version of TestNG
 292       Assert.assertEquals(actualMapping.size(), expectedMapping.size());
 293       Iterator<Map.Entry<Integer, int[]>> it = expectedMapping.entrySet()
 294               .iterator();
 295       while (it.hasNext())
 296       {
 297         Map.Entry<Integer, int[]> pair = it.next();
 298         Assert.assertTrue(actualMapping.containsKey(pair.getKey()));
 299         Assert.assertEquals(actualMapping.get(pair.getKey()),
 300                 pair.getValue());
 301       }
 302
 303     } catch (Exception e)
 304     {
 305       e.printStackTrace();
 306       Assert.fail("Exception thrown while generating mapping...");
 307     }
 308   }
 309
 310   @Test(groups = { "Network" })
 311   private void getAtomIndexTest()
 312   {
 313     ArrayList<Atom> atoms = new ArrayList<Atom>();
 314     Atom atom = new Atom(u, u, u);
 315     atom.resNumber = 43;
 316     atom.atomIndex = 7;
 317     atoms.add(atom);
 318     int actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(1, atoms);
 319     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, siftsClient.UNASSIGNED);
 320     actualAtomIndex = siftsClient.getAtomIndex(43, atoms);
 321     Assert.assertEquals(actualAtomIndex, 7);
 322   }
 323
 324   @Test(
 325     groups =
 326     { "Network" },
 327     expectedExceptions = IllegalArgumentException.class)
 328   private void getAtomIndexNullTest()
 329   {
 330     siftsClient.getAtomIndex(1, null);
 331   }
 332
 333   @Test(groups = { "Network" })
 334   private void padWithGapsTest()
 335   {
 336
 337   }
 338
 339   @Test(groups = { "Network" }, expectedExceptions = SiftsException.class)
 340   private void populateAtomPositionsNullTest1()
 341           throws IllegalArgumentException, SiftsException
 342   {
 343     siftsClient.populateAtomPositions(null, null);
 344   }
 345
 346   @Test(groups = { "Network" }, expectedExceptions = SiftsException.class)
 347   private void populateAtomPositionsNullTest2()
 348           throws IllegalArgumentException, SiftsException
 349   {
 350     siftsClient.populateAtomPositions("A", null);
 351   }
 352
 353   @Test(groups = { "Network" })
 354   public void getValidSourceDBRefTest() throws SiftsException
 355   {
 356     DBRefEntryI actualValidSrcDBRef = siftsClient
 357             .getValidSourceDBRef(testSeq);
 358     DBRefEntryI expectedDBRef = new DBRefEntry();
 359     expectedDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 360     expectedDBRef.setAccessionId("P00221");
 361     expectedDBRef.setVersion("");
 362     Assert.assertEquals(actualValidSrcDBRef, expectedDBRef);
 363   }
 364
 365   @Test(groups = { "Network" }, expectedExceptions = SiftsException.class)
 366   public void getValidSourceDBRefExceptionTest() throws SiftsException
 367   {
 368     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 369     siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 370   }
 371
 372   @Test(groups = { "Network" }, expectedExceptions = SiftsException.class)
 373   public void getValidSourceDBRefExceptionXTest() throws SiftsException
 374   {
 375     SequenceI invalidTestSeq = new Sequence("testSeq", "ABCDEFGH");
 376     DBRefEntry invalidDBRef = new DBRefEntry();
 377     invalidDBRef.setAccessionId("BLAR");
 378     invalidTestSeq.addDBRef(invalidDBRef);
 379     siftsClient.getValidSourceDBRef(invalidTestSeq);
 380   }
 381
 382   @Test(groups = { "Network" })
 383   public void isValidDBRefEntryTest()
 384   {
 385     DBRefEntryI validDBRef = new DBRefEntry();
 386     validDBRef.setSource(DBRefSource.UNIPROT);
 387     validDBRef.setAccessionId("P00221");
 388     validDBRef.setVersion("");
 389     Assert.assertTrue(siftsClient.isValidDBRefEntry(validDBRef));
 390   }
 391
 392   @Test(groups = { "Network" })
 393   public void getSiftsStructureMappingTest() throws SiftsException
 394   {
 395     Assert.assertTrue(SiftsSettings.isMapWithSifts());
 396     StructureMapping strucMapping = siftsClient
 397             .getSiftsStructureMapping(testSeq, testPDBId, "A");
 398     String expectedMappingOutput = "\nSequence ⟷ Structure mapping details\n"
 399             + "Method: SIFTS\n\n" + "P00221 :  51 - 147 Maps to \n"
 400             + "1A70|A :  1 - 97\n\n"
 401             + "P00221 AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n"
 402             + "       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||\n"
 403             + "1A70|A AAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPYSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLD\n\n"
 404
 405             + "P00221 DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA\n"
 406             + "       |||||||||||||||||||||||||| |||||\n"
 407             + "1A70|A DDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKKEELTA\n\n" +
 408
 409             "Length of alignment = 97\n" + "Percentage ID = 98.97\n";
 410
 411     Assert.assertEquals(strucMapping.getMappingDetailsOutput(),
 412             expectedMappingOutput);
 413
 414     // Can't do Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping(), expectedMapping);
 415     // because this fails in our version of TestNG
 416     Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping().size(),
 417             expectedMapping.size());
 418     Iterator<Map.Entry<Integer, int[]>> it = expectedMapping.entrySet()
 419             .iterator();
 420     while (it.hasNext())
 421     {
 422       Map.Entry<Integer, int[]> pair = it.next();
 423       Assert.assertTrue(
 424               strucMapping.getMapping().containsKey(pair.getKey()));
 425       Assert.assertEquals(strucMapping.getMapping().get(pair.getKey()),
 426               pair.getValue());
 427     }
 428   }
 429
 430   @Test(groups = { "Network" })
 431   public void getEntityCountTest()
 432   {
 433     int actualEntityCount = siftsClient.getEntityCount();
 434     System.out.println("actual entity count : " + actualEntityCount);
 435     Assert.assertEquals(actualEntityCount, 1);
 436   }
 437
 438   @Test(groups = { "Network" })
 439   public void getDbAccessionIdTest()
 440   {
 441     String actualDbAccId = siftsClient.getDbAccessionId();
 442     System.out.println("Actual Db Accession Id: " + actualDbAccId);
 443     Assert.assertEquals(actualDbAccId, "1a70");
 444   }
 445
 446   @Test(groups = { "Network" })
 447   public void getDbCoordSysTest()
 448   {
 449     String actualDbCoordSys = siftsClient.getDbCoordSys();
 450     System.out.println("Actual DbCoordSys: " + actualDbCoordSys);
 451     Assert.assertEquals(actualDbCoordSys, "PDBe");
 452   }
 453
 454   @Test(groups = { "Network" })
 455   public void getDbSourceTest()
 456   {
 457     String actualDbSource = siftsClient.getDbSource();
 458     System.out.println("Actual DbSource: " + actualDbSource);
 459     Assert.assertEquals(actualDbSource, "PDBe");
 460   }
 461
 462   @Test(groups = { "Network" })
 463   public void getDbVersionTest()
 464   {
 465     String actualDbVersion = siftsClient.getDbVersion();
 466     System.out.println("Actual DbVersion: " + actualDbVersion);
 467     Assert.assertEquals(actualDbVersion, "2.0");
 468   }
 469
 470   @Test(groups = { "Network" })
 471   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest1()
 472           throws IOException, SiftsException
 473   {
 474     SiftsClient siftsClientX = null;
 475     PDBfile pdbFile;
 476     pdbFile = new PDBfile(false, false, false,
 477             "test/jalview/io/2nq2" + ".pdb", DataSourceType.FILE);
 478     siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 479     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 480     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 481     Entity entityB = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("B");
 482     Assert.assertEquals(entityB.getEntityId(), "C");
 483     Entity entityC = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("C");
 484     Assert.assertEquals(entityC.getEntityId(), "B");
 485     Entity entityD = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("D");
 486     Assert.assertEquals(entityD.getEntityId(), "D");
 487
 488   }
 489
 490   @Test(groups = { "Network" })
 491   public void getEntityByMostOptimalMatchedIdTest2()
 492           throws IOException, SiftsException
 493   {
 494     // This test is for a SIFTS file in which entity A should map to chain P for
 495     // the given PDB Id. All the other chains shouldn't be mapped as there are
 496     // no SIFTS entity records for them.
 497     SiftsClient siftsClientX = null;
 498     PDBfile pdbFile;
 499     pdbFile = new PDBfile(false, false, false, "test/jalview/io/3ucu.cif",
 500             DataSourceType.FILE);
 501     siftsClientX = new SiftsClient(pdbFile);
 502     Entity entityA = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("P");
 503     Entity entityP = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("A");
 504     Entity entityR = siftsClientX.getEntityByMostOptimalMatchedId("R");
 505     Assert.assertEquals(entityA.getEntityId(), "A");
 506     Assert.assertNotEquals(entityR, "A");
 507     Assert.assertNotEquals(entityP, "A");
 508     Assert.assertNotEquals(entityR, "R");
 509     Assert.assertNotEquals(entityP, "P");
 510     Assert.assertNull(entityR);
 511     Assert.assertNull(entityP);
 512
 513   }
 514
 515   @Test(groups = { "Network" })
 516   public void getLeadingIntegerFromString()
 517   {
 518     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("1234abcd", -1),
 519             1234);
 520     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("1234", -1),
 521             1234);
 522     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("abcd", -1), -1);
 523     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("abcd1234", -1),
 524             -1);
 525     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("None", -1), -1);
 526     Assert.assertEquals(SiftsClient.getLeadingIntegerValue("Null", -1), -1);
 527   }
 528 }