test/mc_view/AtomTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package mc_view;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import jalview.gui.JvOptionPane;
  26
  27 import org.testng.Assert;
  28 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 public class AtomTest
  32 {
  33
  34   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  35   public void setUpJvOptionPane()
  36   {
  37     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  38     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  39   }
  40
  41   /**
  42    * Test the constructor that parses a PDB file format ATOM line. Fields are in
  43    * fixed column positions
  44    */
  45   @Test(groups = { "Functional" })
  46   public void testStringConstructor()
  47   {
  48     Atom a = new Atom(
  49             "ATOM    349  NE2 GLN A  48      22.290   8.595  17.680  1.00 14.30           N");
  50     assertEquals(349, a.atomIndex);
  51     assertEquals("NE", a.name);
  52     assertEquals("GLN", a.resName);
  53     assertEquals("A", a.chain);
  54     assertEquals(48, a.resNumber);
  55     assertEquals("48", a.resNumIns);
  56     assertEquals(' ', a.insCode);
  57     assertEquals(22.290, a.x, 0.00001);
  58     assertEquals(8.595, a.y, 0.00001);
  59     assertEquals(17.680, a.z, 0.00001);
  60     assertEquals(1f, a.occupancy, 0.00001);
  61     assertEquals(14.3, a.tfactor, 0.00001);
  62   }
  63
  64   /**
  65    * Test the case where occupancy and temp factor are blank - should default to
  66    * 1
  67    */
  68   @Test(groups = { "Functional" })
  69   public void testStringConstructor_blankOccupancyTempFactor()
  70   {
  71     Atom a = new Atom(
  72             "ATOM    349  NE2 GLN A  48      22.290   8.595  17.680                       N");
  73     assertEquals(1f, a.occupancy, 0.00001);
  74     assertEquals(1f, a.tfactor, 0.00001);
  75   }
  76
  77   /**
  78    * Parsing non-numeric data as Atom throws an exception
  79    */
  80   @Test(groups = { "Functional" })
  81   public void testStringConstructor_malformed()
  82   {
  83     try
  84     {
  85       new Atom(
  86               "ATOM    34N  NE2 GLN A  48      22.290   8.595  17.680  1.00 14.30           N");
  87       Assert.fail("Expected exception");
  88     } catch (NumberFormatException e)
  89     {
  90       // expected
  91     }
  92   }
  93 }