utils/InstallAnywhere/README_IA

   1 Jalview Readme
   2 --------------
   3
   4
   5 ##################
   6
   7 To run application:
   8
   9 java -classpath "JALVIEW_HOME/lib/*" -jar JALVIEW_HOME/jalview.jar [-help ... ]
  10
  11 Replace JALVIEW_HOME with the full path to Jalview Installation Directory.
  12 Use -help to see the available command line arguments.
  13
  14 For best results use a Sun java run time environment (not the gcj gnu java, sorry!).
  15
  16 If you want to use the java runtime bundled with Jalview, then launch jalview like this:
  17
  18 in Windows:
  19 JAVA_HOME=JALVIEW_HOME/jre JALVIEW_HOME/jre/bin/java -classpath "JALVIEW_HOME/lib/*;JALVIEW_HOME/jalview.jar" jalview.bin.Jalview
  20
  21 in Linux:
  22 JAVA_HOME=JALVIEW_HOME/jre JALVIEW_HOME/jre/bin/java -classpath "JALVIEW_HOME/lib/*:JALVIEW_HOME/jalview.jar" jalview.bin.Jalview
  23
  24 in macOS:
  25 JAVA_HOME=JALVIEW_HOME/jre/Contents/Home JALVIEW_HOME/jre/Contents/Home/bin/java -classpath "JALVIEW_HOME/lib/*:JALVIEW_HOME/jalview.jar" jalview.bin.Jalview
  26
  27 Note: ensure the -classpath argument is quoted and only use a terminating wildcard (e.g. 'DIR/*') to refer to all jar files in a directory, don't use e.g. 'DIR/*.jar'
  28
  29 ##################
  30
  31
  32 If you use a proxy server add
  33
  34 -Dhttp.proxyServer=YOUR.SERVER -Dhttp.proxyPort=YOURPORT
  35
  36 If the proxy server requires authentication, add
  37
  38 -Dhttp.proxyUser=USERNAME -Dhttp.proxyPassword=PASSWORD