JAL-4090 JAL-4165 known issue
[jalview.git] / utils / InstallAnywhere / README_IA
1 Jalview Readme
2 --------------
3
4
5 ##################
6
7 To run application:
8
9 java -classpath "JALVIEW_HOME/lib/*" -jar JALVIEW_HOME/jalview.jar [-help ... ]
10
11 Replace JALVIEW_HOME with the full path to Jalview Installation Directory.
12 Use -help to see the available command line arguments.
13
14 For best results use a Sun java run time environment (not the gcj gnu java, sorry!). 
15
16 If you want to use the java runtime bundled with Jalview, then launch jalview like this:
17
18 in Windows:
19 JAVA_HOME=JALVIEW_HOME/jre JALVIEW_HOME/jre/bin/java -classpath "JALVIEW_HOME/lib/*;JALVIEW_HOME/jalview.jar" jalview.bin.Jalview
20
21 in Linux:
22 JAVA_HOME=JALVIEW_HOME/jre JALVIEW_HOME/jre/bin/java -classpath "JALVIEW_HOME/lib/*:JALVIEW_HOME/jalview.jar" jalview.bin.Jalview
23
24 in macOS:
25 JAVA_HOME=JALVIEW_HOME/jre/Contents/Home JALVIEW_HOME/jre/Contents/Home/bin/java -classpath "JALVIEW_HOME/lib/*:JALVIEW_HOME/jalview.jar" jalview.bin.Jalview
26
27 Note: ensure the -classpath argument is quoted and only use a terminating wildcard (e.g. 'DIR/*') to refer to all jar files in a directory, don't use e.g. 'DIR/*.jar'
28
29 ##################
30
31
32 If you use a proxy server add 
33
34 -Dhttp.proxyServer=YOUR.SERVER -Dhttp.proxyPort=YOURPORT
35
36 If the proxy server requires authentication, add
37
38 -Dhttp.proxyUser=USERNAME -Dhttp.proxyPassword=PASSWORD