utils/InstallAnywhere/README_IA

   1 Jalview Readme
   2 --------------
   3
   4
   5 ##################
   6
   7 To run application:
   8
   9 java -Djava.ext.dirs=JALVIEW_HOME/lib -jar JALVIEW_HOME/jalview.jar [-help ... ]
  10
  11 Replace JALVIEW_HOME with the full path to Jalview Installation Directory.
  12 Use -help to see the available command line arguments.
  13
  14 For best results use a Sun java run time environment (not the gcj gnu java, sorry!).
  15
  16 If you want to the java runtime bundled with Jalview, then launch jalview like this:
  17
  18 JAVA_HOME=JALVIEW_HOME/jre JALVIEW_HOME/jre/bin/java -Djava.ext.dirs=JALVIEW_HOME/lib -jar JALVIEW_HOME/jalview.jar
  19
  20 Please Note: the -jar jalview.jar option launches the jalview.bin.Jalview class in the jalview.jar
  21 ##################
  22
  23
  24 If you use a proxy server add
  25
  26 -Dhttp.proxyServer=YOUR.SERVER -Dhttp.proxyPort=YOURPORT
  27
  28 If the proxy server requires authentication, add
  29
  30 -Dhttp.proxyUser=USERNAME -Dhttp.proxyPassword=PASSWORD