JAL-1233 JAL-1066 fix for JAL-1397 test: allow per group colour by annotation to...
[jalview.git] / utils / InstallAnywhere / README_IA
1 Jalview Readme
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7 To run application:
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9 java -Djava.ext.dirs=JALVIEW_HOME/lib -jar JALVIEW_HOME/jalview.jar [-help ... ]
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11 Replace JALVIEW_HOME with the full path to Jalview Installation Directory.
12 Use -help to see the available command line arguments.
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14 For best results use a Sun java run time environment (not the gcj gnu java, sorry!). 
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16 If you want to the java runtime bundled with Jalview, then launch jalview like this:
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18 JAVA_HOME=JALVIEW_HOME/jre JALVIEW_HOME/jre/bin/java -Djava.ext.dirs=JALVIEW_HOME/lib -jar JALVIEW_HOME/jalview.jar 
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20 Please Note: the -jar jalview.jar option launches the jalview.bin.Jalview class in the jalview.jar
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24 If you use a proxy server add 
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26 -Dhttp.proxyServer=YOUR.SERVER -Dhttp.proxyPort=YOURPORT
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28 If the proxy server requires authentication, add
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30 -Dhttp.proxyUser=USERNAME -Dhttp.proxyPassword=PASSWORD