utils/getdown/bin/jalview.ps1

   1 #!/usr/bin/env pwsh
   2
   3 # save args and first parameter
   4 $myArgs = $args.Clone()
   5
   6 # setup for powershell version < 6.0
   7 [bool] $myIsWindows = 0
   8 [bool] $myIsMacOS = 0
   9 if ( $IsWindows -eq $null ) {
  10   # for powershell version < 6.0 let's assume Windows
  11   $myIsWindows = 1
  12   $myIsMacOS = 0
  13 } else {
  14   $myIsWindows = $IsWindows
  15   $myIsMacOS = $IsMacOS
  16 }
  17
  18 [bool] $headless = 0
  19 [bool] $gui = 0
  20 [bool] $help = 0
  21 [bool] $debug = 0
  22 Switch -Regex ($args) {
  23   "--help|--help-|--version|-h" {
  24     $help = 1
  25     $headless = 1
  26     Continue
  27   }
  28   "--gui" {
  29     $gui = 1
  30     Continue
  31   }
  32   "--headless" {
  33     $headless = 1
  34     Continue
  35   }
  36   "--debug" {
  37     $debug = 1
  38     Continue
  39   }
  40 }
  41 if ( $help ) {
  42   # --help takes precedence
  43   $gui = 0
  44 } elseif ( $gui ) {
  45   # --gui takes precedence over --headless
  46   $headless = 0
  47 }
  48
  49 # actual path of this script (which should be the getdown appdir/bin). Follow all symlinks.  Like GNU readlink -f
  50 function Readlink-f {
  51   Param(
  52     [Parameter(mandatory=$true, ValueFromPipeline=$true)]$Link,
  53     [Parameter()]$iteration_count = 1
  54   )
  55   if ( $iteration_count -ge 100 ) {
  56     Write-Error "Readlink-f iterated 100 times"
  57     return $Link
  58   }
  59   if ( $Link -eq "" -or $Link -eq $null ) {
  60     return $null
  61   }
  62   $path_components = @()
  63   $dir = Get-Item $Link
  64   while ( $dir -ne $null ) {
  65     while ( $dir.Target -ne $null ) {
  66       # [System.IO.Path]::Combine caters for a multitude of sins that it's almost impossible to deal with with Join-Path
  67       $dir = Get-Item ([System.IO.Path]::GetFullPath( [System.IO.Path]::Combine( (Split-Path $dir -Parent), $dir.Target )))
  68     }
  69     $parent = Split-Path -Path $dir -Parent
  70     $path_components = @( (Split-Path -Path $dir -Leaf) ) + $path_components
  71     $dir = Readlink-f $parent ($iteration_count + 1)
  72   }
  73   $real = Get-Item "/"
  74   foreach ( $component in $path_components) {
  75     # [System.IO.Path]::Combine caters for a multitude of sins that it's almost impossible to deal with with Join-Path
  76     $real = Get-Item ([System.IO.Path]::GetFullPath( [System.IO.Path]::Combine( $real, $component )))
  77   }
  78   $real
  79 }
  80
  81 # Avert problem with unix version of powershell and tell user the reason (Windows must always have .ps1 extension)
  82 if ( $MyInvocation.MyCommand.Path -eq $null ) {
  83   throw "Script or link to script must have extension .ps1"
  84 }
  85
  86 # args for the JVM
  87 $JVMARGS = @()
  88
  89 $CMDPATH = ( Get-Item $MyInvocation.MyCommand.Path )
  90 $SCRIPTPATH = Readlink-f -Link $CMDPATH
  91 $SCRIPT = $SCRIPTPATH
  92 $DIR = Split-Path -Path $SCRIPTPATH -Parent
  93 $APPDIR = If ( ( Split-Path -Path $DIR -Leaf ) -eq "bin" ) { Split-Path -Path $DIR -Parent } Else { $DIR }
  94 $JAVAEXE = If ( $myIsWindows ) { "java.exe" } Else { "java" }
  95 $JAVA = Join-Path -Path $APPDIR -ChildPath ( "jre/" + $( If ( $myIsMacOS ) { "Contents/Home/" } Else { "" } ) + "bin/${JAVAEXE}" )
  96
  97 if ( $headless ) {
  98   # not setting java.awt.headless in java invocation of running jalview due to problem with Jmol
  99   if ( $help ) {
 100     $JVMARGS += "-Djava.awt.headless=true"
 101   }
 102   # this suppresses the Java icon appearing in the macOS Dock
 103   if ( $myIsMacOS ) {
 104     $JVMARGS += "-Dapple.awt.UIElement=true"
 105   }
 106 }
 107
 108 $GETDOWNTXT = Join-Path -Path $APPDIR -ChildPath "getdown.txt"
 109
 110 # look for getdown.txt -- needed to create classpath
 111 if ( -not ( Test-Path -Path "${GETDOWNTXT}" ) ) {
 112   throw "Cannot find ${GETDOWNTXT}"
 113 }
 114
 115 # launching Jalview with jalview.bin.Launcher instead of getdown-launcher.jar
 116 $CLASS = "jalview.bin.Launcher"
 117
 118 # get CLASSPATH from the code= entries in getdown.txt
 119 $CLASSPATH = ( Select-String -Path "${GETDOWNTXT}" -AllMatches -Pattern "code\s*=\s*(.*)$" | foreach { Join-Path -Path $APPDIR -ChildPath $($_.Matches.Groups[1].Value ) } ) -join $( If ( $myIsWindows ) { ";" } Else { ":" } )
 120
 121 # get console width
 122 $COLUMNS = $Host.UI.RawUI.WindowSize.Width
 123 $JVMARGS += "-DCONSOLEWIDTH=${COLUMNS}"
 124 $JVMARGS += "-Dgetdownappdir=${APPDIR}"
 125 $JVMARGS += "-Dinstaller.appdir=${APPDIR}"
 126 $JVMARGS += "-Dlauncher.script=${SCRIPT}"
 127
 128 # look for bundled JRE. Might not be there if unix installer used in which case just invoke "java"
 129 if ( -not ( Test-Path -Path "${JAVA}" ) ) {
 130   Write-Host "Cannot find bundled ${JAVA}. Using system ${JAVAEXE} and hoping for the best!"
 131   $JAVA = $JAVAEXE
 132 }
 133
 134 # we should always have at least one JVMARGS so this is okay
 135 $myJvmArgsString = '"' + $($JVMARGS -join '" "') + '"'
 136
 137 # quote the args and the command (in case of spaces) with escape chars (`) and precede with & to indicate a command not string
 138 if ( $myArgs.count -eq 0 ) {
 139   $COMMAND = "& `"${JAVA}`" ${myJvmArgsString} -cp `"${CLASSPATH}`" $CLASS"
 140 } else {
 141   $myArgsString = '"' + $($myArgs -join '" "') + '"'
 142   $COMMAND = "& `"${JAVA}`" ${myJvmArgsString} -cp `"${CLASSPATH}`" $CLASS ${myArgsString}"
 143 }
 144
 145 if ( $debug -or $help ) {
 146   Write-Error -Message "Shell running: ${COMMAND}"
 147 }
 148
 149 Invoke-Expression -Command ${COMMAND}
 150