utils/getdown/bin/jalview.sh

   1 #!/usr/bin/env bash
   2
   3 declare -a ARGS=("${@}")
   4 ARG1=$1
   5
   6 # this whole next part is because there's no readlink -f in Darwin
   7 function readlinkf() {
   8   FINDFILE="$1"
   9   FILE="${FINDFILE}"
  10   PREVFILE=""
  11   C=0
  12   MAX=100 # just in case we end up in a loop
  13   FOUND=0
  14   while [ "${C}" -lt "${MAX}" -a "${FILE}" != "${PREVFILE}" -a "${FOUND}" -ne 1 ]; do
  15     PREVFILE="${FILE}"
  16     FILE="$(readlink "${FILE}")"
  17     if [ -z "${FILE}" ]; then
  18       # the readlink is empty means we've arrived at the script, let's canonicalize with pwd
  19       FILE="$(cd "$(dirname "${PREVFILE}")" &> /dev/null && pwd -P)"/"$(basename "${PREVFILE}")"
  20       FOUND=1
  21     elif [ "${FILE#/}" = "${FILE}" ]; then
  22       # FILE is not an absolute path link, we need to add the relative path to the previous dir
  23       FILE="$(dirname "${PREVFILE}")/${FILE}"
  24     fi
  25     C=$((C+1))
  26   done
  27   if [ "${FOUND}" -ne 1 ]; then
  28     echo "Could not determine path to actual file '$(basename "${FINDFILE}")'" >&2
  29     exit 1
  30   fi
  31   echo "${FILE}"
  32 }
  33
  34 ISMACOS=0
  35 if [ "$( uname -s )" = "Darwin" ]; then
  36   ISMACOS=1
  37 fi
  38
  39 # check for headless mode
  40 HEADLESS=0
  41 for ARG in ARGS; do
  42   if [ "${ARG}" = "--headless" ]; then
  43     HEADLESS=1
  44     break
  45   fi
  46 done
  47
  48 declare -a JVMARGS=()
  49
  50 # set vars for being inside the macos App Bundle
  51 if [ "${ISMACOS}" = 1 ]; then
  52 # MACOS ONLY
  53   DIR="$(dirname "$(readlinkf "$0")")"
  54   APP="${DIR%.app/Contents/*}".app
  55   if [ "${APP}" = "${APP%.app}" ]; then
  56     echo "Could not find Jalview.app" >&2
  57     exit 2
  58   fi
  59   APPDIR="${APP}/Contents/Resources/app"
  60   JAVA="${APPDIR}/jre/Contents/Home/bin/java"
  61   JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Xdock:icon=${APPDIR}/resource/jalview_logo.png" )
  62 else
  63 # NOT MACOS
  64   DIR="$(dirname "$(readlink -f "$0")")"
  65   APPDIR="${DIR%/bin}"
  66   JAVA="${APPDIR}/jre/bin/java"
  67 fi
  68
  69 if [ "${HEADLESS}" = 1 ]; then
  70   # this suppresses the Java icon appearing in the macOS Dock and maybe other things in other OSes
  71   JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Djava.awt.headless=true" )
  72 fi
  73
  74 SYSJAVA=java
  75 GETDOWNTXT="${APPDIR}/getdown.txt"
  76
  77 CLASSPATH=""
  78 # save an array of JAR paths in case we're in WSL (see later)
  79 declare -a JARPATHS=()
  80 if [ -e "${GETDOWNTXT}" ]; then
  81   # always check grep and sed regexes on macos -- they're not the same
  82 for JAR in $(grep -e '^code[[:space:]]*=[[:space:]]*' "${GETDOWNTXT}" | while read -r line; do echo $line | sed -E -e 's/code[[:space:]]*=[[:space:]]*//;'; done);
  83   do
  84     [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH}:"
  85     CLASSPATH="${CLASSPATH}${APPDIR}/${JAR}"
  86     JARPATHS=( "${JARPATHS[@]}" "${APPDIR}/${JAR}" )
  87   done
  88 else
  89   echo "Cannot find getdown.txt" >&2
  90   exit 3
  91 fi
  92
  93 # WINDOWS ONLY (Cygwin or WSL)
  94 # change paths for Cygwin or Windows Subsystem for Linux (WSL)
  95 if [ "${ISMACOS}" != 1 ]; then # older macos doesn't like uname -o, best to avoid
  96   if [ "$(uname -o)" = "Cygwin" ]; then
  97   # CYGWIN
  98     CLASSPATH=$(cygpath -pw "${CLASSPATH}")
  99     # now for some arg paths fun. only translating paths starting with './', '../', '/' or '~'
 100     ARGS=()
 101     for ARG in "${@}"; do
 102       if [ "${ARG}" != "${ARG#@(/|./|../|~)}" ]; then
 103         ARGS=( "${ARGS[@]}" "$(cygpath -aw "${ARG}")" )
 104       else
 105         ARGS=( "${ARGS[@]}" "${ARG}" )
 106       fi
 107     done
 108   elif uname -r | grep -i microsoft | grep -i wsl >/dev/null; then
 109   # WSL
 110     CLASSPATH=""
 111     for JARPATH in "${JARPATHS[@]}"; do
 112       [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH};"
 113       CLASSPATH="${CLASSPATH}$(wslpath -aw "${JARPATH}")"
 114     done
 115     ARGS=()
 116     for ARG in "${@}"; do
 117       if [ "${ARG}" != "${ARG#@(/|./|../|~)}" ]; then
 118         # annoyingly wslpath does not work if the file doesn't exist!
 119         ARGBASENAME="$(basename "${ARG}")"
 120         ARGDIRNAME="$(dirname "${ARG}")"
 121         ARGS=( "${ARGS[@]}" "$(wslpath -aw "${ARGDIRNAME}")\\${ARGBASENAME}" )
 122       else
 123         ARGS=( "${ARGS[@]}" "${ARG}" )
 124       fi
 125     done
 126     JAVA="${JAVA}.exe"
 127     SYSJAVA="java.exe"
 128   fi
 129 fi
 130
 131 # get console width -- three ways to try, just in case
 132 if command -v tput 2>&1 >/dev/null; then
 133   COLUMNS=$(tput cols) 2>/dev/null
 134 elif command -v stty 2>&1 >/dev/null; then
 135   COLUMNS=$(stty size | cut -d" " -f2) 2>/dev/null
 136 elif command -v resize 2>&1 >/dev/null; then
 137   COLUMNS=$(resize -u | grep COLUMNS= | sed -e 's/.*=//;s/;//') 2>/dev/null
 138 fi
 139 JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-DCONSOLEWIDTH=${COLUMNS}" )
 140 JVMARGS=( "${JVMARGS[@]}" "-Dgetdownappdir=${APPDIR}" )
 141
 142 # Is there a bundled Java?  If not just try one in the PATH (do need .exe in WSL)
 143 if [ \! -e "${JAVA}" ]; then
 144   JAVA=$SYSJAVA
 145   echo "Cannot find bundled java, using system ${JAVA} and hoping for the best!" >&2
 146 fi
 147
 148 "${JAVA}" "${JVMARGS[@]}" -cp "${CLASSPATH}" jalview.bin.Launcher "${ARGS[@]}"