utils/getdown/jalviewc-macos

   1 #!/usr/bin/env bash
   2
   3 ARG1="$1"
   4
   5 # this whole next part is because there's no readlink -f in Darwin
   6 function readlinkf() {
   7   FINDFILE="$1"
   8   FILE="${FINDFILE}"
   9   PREVFILE=""
  10   C=0
  11   MAX=100 # just in case we end up in a loop
  12   FOUND=0
  13   while [ "${C}" -lt "${MAX}" -a "${FILE}" != "${PREVFILE}" -a "${FOUND}" -ne 1 ]; do
  14     PREVFILE="${FILE}"
  15     FILE="$(readlink "${FILE}")"
  16     if [ -z "${FILE}" ]; then
  17       # the readlink is empty means we've arrived at the script, let's canonicalize with pwd
  18       FILE="$(cd "$(dirname "${PREVFILE}")" &> /dev/null && pwd -P)"/"$(basename "${PREVFILE}")"
  19       FOUND=1
  20     elif [ "${FILE#/}" = "${FILE}" ]; then
  21       # FILE is not an absolute path link, we need to add the relative path to the previous dir
  22       FILE="$(dirname "${PREVFILE}")/${FILE}"
  23     fi
  24     C=$((C+1))
  25   done
  26   if [ "${FOUND}" -ne 1 ]; then
  27     echo "Could not determine path to actual file '$(basename "${FINDFILE}")'" >&2
  28     exit 1
  29   fi
  30   echo "${FILE}"
  31 }
  32
  33 DIR="$(dirname "$(readlinkf "$0")")"
  34 APP="${DIR%.app/Contents/*}".app
  35
  36 if [ "${APP}" = "${APP%.app}" ]; then
  37   echo "Could not find Jalview.app dir" >&2
  38   exit 2
  39 fi
  40
  41 # check to see if $1 is set and is not start of other cli set args
  42 OPEN=""
  43 if [ -n "${ARG1}" -a "${ARG1}" = "${ARG1#-}" -a "${ARG1}" != "open" ]; then
  44  # first argument exists and does not start with a "-" and is not "open"
  45  OPEN="-open"
  46 fi
  47
  48 APPDIR="${APP}/Contents/Resources/app"
  49 JAVA="${APPDIR}/jre/Contents/Home/bin/java"
  50 GETDOWNTXT="${APPDIR}/getdown.txt"
  51 CLASSPATH=""
  52 if [ -e "${GETDOWNTXT}" ]; then
  53   # always check grep and sed regexes on macOS -- they're not the same
  54   for JAR in $(grep -e '^code\s*=\s*' "${GETDOWNTXT}" | sed -e 's/^code\s*=\s*//;'); do
  55     [ -n "${CLASSPATH}" ] && CLASSPATH="${CLASSPATH}:"
  56     CLASSPATH="${CLASSPATH}${APPDIR}/${JAR}"
  57   done
  58 else
  59   echo "Cannot find getdown.txt" >&2
  60   exit 3
  61 fi
  62
  63 if [ \! -e "${JAVA}" ]; then
  64   echo "Cannot find bundled java, using system and hoping for the best!" >&2
  65   JAVA=java
  66 fi
  67
  68 # don't quote $OPEN
  69 "${JAVA}" -Xdock:icon="${APPDIR}"/resource/jalview_logo.png -cp "${CLASSPATH}" jalview.bin.Launcher ${OPEN} "$@"