utils/gff2annot.pl

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 my %annotLines;
   7 my %featureids;
   8 my @fields;
   9 while (<>) {
  10     ($_=~/^\#/) and next;
  11     my @fields = split /\s+/, $_;
  12     if (scalar @fields) {
  13         (defined $annotLines{$fields[1]}) or $annotLines{$fields[1]}=[];
  14         # this is the tab-separated set of fields forming a jalview annotation line
  15         # we only use sequence IDs, not numbers
  16         my $line = [$fields[2],$fields[0],"-1", $fields[3], $fields[4], $fields[2]];
  17         $featureids{$fields[2]}="FF0000"; # red is the colour.
  18         my $attribs = {};
  19         if (scalar @fields>5) {
  20             $attribs->{"gff:score"}=$fields[5];
  21             (scalar @fields>6) and $attribs->{"gff:strand"}=$fields[6];
  22             (scalar @fields>7) and $attribs->{"gff:frame"}=$fields[7];
  23             if (scalar @fields>8) {
  24                 for (my $i=7; ($i+1)<(scalar @fields); $i+=2) {
  25                     $attribs->{"gff:".$fields[$i]} = $fields[$i+1];
  26                 }
  27             }
  28         }
  29         push @{$annotLines{$fields[1]}}, [$line, $attribs];
  30     }
  31 }
  32 foreach my $labels (keys %featureids) {
  33     print "$labels\t".$featureids{$labels}."\n";
  34 }
  35 foreach my $labels (keys %annotLines) {
  36     print "STARTGROUP\t".$labels."\n";
  37     foreach my $annot (@{$annotLines{$labels}}) {
  38         # bare minimum is written - no attributes/links yet.
  39         print "".(join "\t",@{$annot->[0]})."\n";
  40     }
  41     print "ENDGROUP\t".$labels."\n";
  42 }
  43
  44 =pod
  45
  46 =head1 NAME
  47
  48 gff2annot.pl
  49
  50 =head2 SYNOPSIS
  51
  52
  53   gff2annot.pl [one or more files containing gff annotation]
  54
  55 Generates a nominally usable Jalview Annotation file on B<STDOUT> from arbitrary GFF annotation lines.
  56
  57 =head2 DESCRIPTION
  58
  59 This script will generate a jalview features file on standard out, from a set of GFF annotation lines input from STDIN and/or any provided filenames.
  60
  61 For a series of GFF annotation lines looking like :
  62
  63 E<lt>seqIdE<gt> E<lt>sourceE<gt> E<lt>nameE<gt> E<lt>startE<gt> E<lt>endE<gt> [E<lt>scoreE<gt> E<lt>strandE<gt> E<lt>frameE<gt> [E<lt>AttributeE<gt> E<lt>Attribute-Value<gt>]]
  64
  65 The script will generate a seuqence features file on B<STDOUT> where annotation with a particular B<source> string will be grouped together under that name.
  66
  67 =head2 Example
  68
  69 Passing some GFF annotation through STDIN:
  70
  71   perl gff2annot.pl
  72   Seq1 blastx significant_hsp 1 5 0.9 + 1 link http://mylink/
  73   # a comment
  74   Seq1 blasty significant_hsp 15 25 0.9 + 1 link http://mylink/
  75   Seq1 blastz significant_hsp 32 43 0.9 + 1 link http://mylink/
  76   Seq2 blastx significant_hsp 1 5 0.9 + 1 link http://mylink/
  77   Seq2 blasty significant_hsp 1 5 0.9 + 1 link http://mylink/
  78   Seq2 blastz significant_hsp 1 5 0.9
  79   Seq3 blastx significant_hsp 50 70
  80   <Control^D/Z>
  81
  82 Produces
  83
  84   significant_hsp       FF0000
  85   STARTGROUP    blasty
  86   significant_hsp       Seq1    -1      15      25      significant_hsp
  87   significant_hsp       Seq2    -1      1       5       significant_hsp
  88   ENDGROUP      blasty
  89   STARTGROUP    blastx
  90   significant_hsp       Seq1    -1      1       5       significant_hsp
  91   significant_hsp       Seq2    -1      1       5       significant_hsp
  92   significant_hsp       Seq3    -1      50      70      significant_hsp
  93   ENDGROUP      blastx
  94   STARTGROUP    blastz
  95   significant_hsp       Seq1    -1      32      43      significant_hsp
  96   significant_hsp       Seq2    -1      1       5       significant_hsp
  97   ENDGROUP      blastz
  98
  99 =cut