utils/gff2annot.pl

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5
   6 my %annotLines;
   7
   8 my @fields;
   9 while (<>) {
  10     my @fields = split /\s+/, $_;
  11     if (scalar @fields) {
  12         (defined $annotLines{$fields[1]}) or $annotLines{$fields[1]}=[];
  13         my $line = [$fields[2],$fields[0], "ID_NOT_SPECIFIED", $fields[3], $fields[4], $fields[2]];
  14         my $attribs = {};
  15         if (scalar @fields>5) {
  16             $attribs->{"gff:score"}=$fields[5];
  17             (scalar @fields>6) and $attribs->{"gff:strand"}=$fields[6];
  18             (scalar @fields>7) and $attribs->{"gff:frame"}=$fields[7];
  19             if (scalar @fields>8) {
  20                 for (my $i=7; ($i+1)<(scalar @fields); $i+=2) {
  21                     $attribs->{"gff:".$fields[$i]} = $fields[$i+1];
  22                 }
  23             }
  24         }
  25         push @{$annotLines{$fields[1]}}, [$line, $attribs];
  26     }
  27 }
  28
  29 foreach my $labels (keys %annotLines) {
  30     print "startgroup\t".$labels."\n";
  31     foreach my $annot (@{$annotLines{$labels}}) {
  32         print "".(join "\t",@{$annot->[0]})."\n";
  33     }
  34     print "endgroup\t".$labels."\n";
  35 }