utils/install4j/auto_file_associations-i4j8.pl

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 use strict;
   4
   5 my $i4jversion = 8;
   6 if ($ARGV[0] eq "-v") {
   7   shift @ARGV;
   8   $i4jversion = shift @ARGV;
   9   die("-v i4jversion must be an integer [probably 7 or 8]") unless $i4jversion =~ m/^\d+$/;
  10 }
  11
  12 my $fileformats = $ARGV[0];
  13 $fileformats = "../../src/jalview/io/FileFormat.java" unless $fileformats;
  14
  15 # default mimetype will be text/x-$shortname
  16 # TODO: find an actual extension for mat, see JAL-Xxxxx for outstanding issues too
  17 # TODO: look up standard mime type used for BLASTfmt matrices, etc
  18 my $mimetypes = {
  19   rnaml => "application/rnaml+xml",
  20   biojson => "application/x-jalview-biojson+json",
  21   jnet => "application/x-jalview-jnet+text",
  22   features => "application/x-jalview-features+text",
  23   scorematrix => "application/x-jalview-scorematrix+text",
  24   pdb => "chemical/x-pdb",
  25   mmcif => "chemical/x-cif",
  26   mmcif2 => "chemical/x-mcif",
  27   jalview => "application/x-jalview+xml+zip",
  28   jvl => "application/x-jalview-jvl+text",
  29   annotations => "application/x-jalview-annotations+text",
  30 };
  31
  32 my @dontaddshortname = qw(features json);
  33 my @dontaddextension = qw(html xml json jar mfa fastq);
  34 my $add_associations = {
  35   biojson => {shortname=>"biojson",name=>"BioJSON",extensions=>["biojson"]},
  36   gff2 => {shortname=>"gff2",name=>"Generic Features Format v2",extensions=>["gff2"]},
  37   gff3 => {shortname=>"gff3",name=>"Generic Features Format v3",extensions=>["gff3"]},
  38   features => {shortname=>"features",name=>"Jalview Features",extensions=>["features","jvfeatures"]},
  39   annotations => {shortname=>"annotations",name=>"Jalview Annotations",extensions=>["annotations","jvannotations"]},
  40   mmcif2 => {shortname=>"mmcif2",name=>"mmCIF",extensions=>["mcif","mmcif"]},
  41   jvl => {shortname=>"jvl",name=>"Jalview Version Locator",extensions=>["jvl"],iconfile=>"Jalview-Version-Locator"},
  42   jnet => {shortname=>"jnet",name=>"JnetFile",extensions=>["concise","jnet"]},
  43   scorematrix => {shortname=>"scorematrix",name=>"Substitution Matrix",extensions=>["mat"]},
  44 };
  45 my $add_extensions = {
  46   blc => ["blc"],
  47 };
  48 my @put_first = qw(jalview jvl);
  49
  50 my $v = ($i4jversion >= 8)?$i4jversion:"";
  51 my $i4jtemplatefile = "file_associations_template-install4j${v}.xml";
  52 my $i4jtemplate;
  53 open(IT,"<$i4jtemplatefile") or dir("Could not open '$i4jtemplatefile' for reading");
  54 while(<IT>){
  55   $i4jtemplate .= $_;
  56 }
  57 close(IT);
  58 my $i4jauto;
  59
  60 my $i4jautofile = $i4jtemplatefile;
  61 $i4jautofile =~ s/template/auto$1/;
  62
  63 open(IA,">$i4jautofile") or die ("Could not open '$i4jautofile' for writing");
  64
  65 open(IN, "<$fileformats") or die ("Could not open '$fileformats' for reading");
  66 my $id = 10000;
  67 my $file_associations = {};
  68 while(my $line = <IN>) {
  69   $line =~ s/\s+/ /g;
  70   $line =~ s/(^ | $)//g;
  71   if ($line =~ m/^(\w+) ?\( ?"([^"]*)" ?, ?"([^"]*)" ?, ?(true|false) ?, ?(true|false) ?\)$/i) {
  72     my $shortname = lc($1);
  73     next if (grep($_ eq $shortname, @dontaddshortname));
  74     my $name = $2;
  75     my $extensions = $3;
  76     $extensions =~ s/\s+//g;
  77     my @possextensions = split(m/,/,$extensions);
  78     my @extensions;
  79     my $addext = $add_extensions->{$shortname};
  80     if (ref($addext) eq "ARRAY") {
  81       push(@possextensions, @$addext);
  82     }
  83     for my $possext (@possextensions) {
  84       next if grep($_ eq $possext, @extensions);
  85       next if grep($_ eq $possext, @dontaddextension);
  86       push(@extensions,$possext);
  87     }
  88     next unless scalar(@extensions);
  89     $file_associations->{$shortname} = {
  90       shortname => $shortname,
  91       name => $name,
  92       extensions => \@extensions
  93     };
  94     warn("Adding file association for $shortname\n");
  95   }
  96 }
  97 close(IN);
  98
  99 my %all_associations = (%$file_associations, %$add_associations);
 100
 101 for my $shortname (@put_first, sort keys %all_associations) {
 102   my $a = $all_associations{$shortname};
 103   if (ref($a) ne "HASH") {
 104     next;
 105   }
 106
 107   my $name = $a->{name};
 108   my $extensions = $a->{extensions};
 109   my $mimetype = $mimetypes->{$shortname};
 110   $mimetype = "text/x-$shortname" unless $mimetype;
 111
 112   my $iconfile = $a->{iconfile};
 113   $iconfile = "Jalview-File" unless $iconfile;
 114
 115   my @extensions = @$extensions;
 116   #warn("LINE: $line\nFound extensions '".join("', '", @extensions)."' for $name Files ($shortname)'n");
 117
 118   my $i4jentry = $i4jtemplate;
 119
 120   $i4jentry =~ s/\$\$NAME\$\$/$name/g;
 121   $i4jentry =~ s/\$\$SHORTNAME\$\$/$shortname/g;
 122   $i4jentry =~ s/\$\$MIMETYPE\$\$/$mimetype/g;
 123   $i4jentry =~ s/\$\$ICONFILE\$\$/$iconfile/g;
 124
 125   for my $ext (@extensions) {
 126     my $i4jextentry = $i4jentry;
 127     $i4jextentry =~ s/\$\$EXTENSION\$\$/$ext/g;
 128     $i4jextentry =~ s/\$\$ID\$\$/$id/g;
 129     $id++;
 130
 131     print IA $i4jextentry;
 132   }
 133
 134   delete $all_associations{$shortname};
 135 }
 136
 137 close(IA);