utils/install4j/auto_file_associations-i4j8.pl

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 use strict;
   4
   5 my $i4jversion = 8;
   6 if ($ARGV[0] eq "-v") {
   7   shift @ARGV;
   8   $i4jversion = shift @ARGV;
   9   die("-v i4jversion must be an integer [probably 7 or 8]") unless $i4jversion =~ m/^\d+$/;
  10 }
  11
  12 my $fileformats = $ARGV[0];
  13 $fileformats = "../../src/jalview/io/FileFormat.java" unless $fileformats;
  14
  15 # default mimetype will be text/x-$shortname
  16 # TODO: find an actual extension for mat, see JAL-Xxxxx for outstanding issues too
  17 # TODO: look up standard mime type used for BLASTfmt matrices, etc
  18 my $mimetypes = {
  19   rnaml => "application/rnaml+xml",
  20   biojson => "application/x-jalview-biojson+json",
  21   jnet => "application/x-jalview-jnet+text",
  22   features => "application/x-jalview-features+text",
  23   scorematrix => "application/x-jalview-scorematrix+text",
  24   pdb => "chemical/x-pdb",
  25   mmcif => "chemical/x-cif",
  26   mmcif2 => "chemical/x-mcif",
  27   jalview => "application/x-jalview+xml+zip",
  28   jvl => "application/x-jalview-jvl+text",
  29   annotations => "application/x-jalview-annotations+text",
  30 };
  31
  32 my @dontaddshortname = qw(features json);
  33 my @dontaddextension = qw(html xml json jar mfa fastq);
  34 my $add_associations = {
  35   biojson => {shortname=>"biojson",name=>"BioJSON",extensions=>["biojson"]},
  36   gff2 => {shortname=>"gff2",name=>"Generic Features Format v2",extensions=>["gff2"]},
  37   gff3 => {shortname=>"gff3",name=>"Generic Features Format v3",extensions=>["gff3"]},
  38   features => {shortname=>"features",name=>"Jalview Features",extensions=>["features","jvfeatures"]},
  39   annotations => {shortname=>"annotations",name=>"Jalview Annotations",extensions=>["annotations","jvannotations"]},
  40   mmcif2 => {shortname=>"mmcif2",name=>"mmCIF",extensions=>["mcif","mmcif"]},
  41   jvl => {shortname=>"jvl",name=>"Jalview Launch",extensions=>["jvl"],iconfile=>"Jalview-Launch"},
  42   jnet => {shortname=>"jnet",name=>"JnetFile",extensions=>["concise","jnet"]},
  43   scorematrix => {shortname=>"scorematrix",name=>"Substitution Matrix",extensions=>["mat"]},
  44 };
  45 my $add_extensions = {
  46   blc => ["blc"],
  47 };
  48 my @put_first = qw(jalview jvl);
  49
  50 my $v = ($i4jversion >= 8)?$i4jversion:"";
  51 my $i4jtemplatefile = "file_associations_template-install4j${v}.xml";
  52 my $i4jtemplate;
  53 my $mactemplatefile = "file_associations_template-Info_plist.xml";
  54 my $mactemplate;
  55
  56 open(MT,"<$mactemplatefile") or die("Could not open '$mactemplatefile' for reading");
  57 while(<MT>){
  58   $mactemplate .= $_;
  59 }
  60 close(MT);
  61 open(IT,"<$i4jtemplatefile") or die("Could not open '$i4jtemplatefile' for reading");
  62 while(<IT>){
  63   $i4jtemplate .= $_;
  64 }
  65 close(IT);
  66 my $macauto;
  67 my $i4jauto;
  68
  69 my $macautofile = $mactemplatefile;
  70 $macautofile =~ s/template/auto$1/;
  71
  72 my $i4jautofile = $i4jtemplatefile;
  73 $i4jautofile =~ s/template/auto$1/;
  74
  75 open(MA,">$macautofile") or die ("Could not open '$macautofile' for writing");
  76 print MA "<key>CFBundleDocumentTypes</key>\n<array>\n\n";
  77
  78 open(IA,">$i4jautofile") or die ("Could not open '$i4jautofile' for writing");
  79
  80 open(IN, "<$fileformats") or die ("Could not open '$fileformats' for reading");
  81 my $id = 10000;
  82 my $file_associations = {};
  83 while(my $line = <IN>) {
  84   $line =~ s/\s+/ /g;
  85   $line =~ s/(^ | $)//g;
  86   if ($line =~ m/^(\w+) ?\( ?"([^"]*)" ?, ?"([^"]*)" ?, ?(true|false) ?, ?(true|false) ?\)$/i) {
  87     my $shortname = lc($1);
  88     next if (grep($_ eq $shortname, @dontaddshortname));
  89     my $name = $2;
  90     my $extensions = $3;
  91     $extensions =~ s/\s+//g;
  92     my @possextensions = map(lc($_),split(m/,/,$extensions));
  93     my @extensions;
  94     my $addext = $add_extensions->{$shortname};
  95     if (ref($addext) eq "ARRAY") {
  96       push(@possextensions, @$addext);
  97     }
  98     for my $possext (@possextensions) {
  99       next if grep($_ eq $possext, @extensions);
 100       next if grep($_ eq $possext, @dontaddextension);
 101       push(@extensions,$possext);
 102     }
 103     next unless scalar(@extensions);
 104     $file_associations->{$shortname} = {
 105       shortname => $shortname,
 106       name => $name,
 107       extensions => \@extensions
 108     };
 109     warn("Adding file association for $shortname\n");
 110   }
 111 }
 112 close(IN);
 113
 114 my %all_associations = (%$file_associations, %$add_associations);
 115
 116 my $num = 0;
 117 my $i4jcount = 0;
 118 my @ordered = @put_first;
 119 for my $key (sort keys %all_associations) {
 120   next if grep($_ eq $key, @ordered);
 121   push(@ordered, $key);
 122 }
 123 for my $key (@ordered) {
 124   my $a = $all_associations{$key};
 125   next if (ref($a) ne "HASH");
 126
 127   my $extensions = $a->{extensions};
 128   my @extensions = @$extensions;
 129   for my $ext (@extensions) {
 130     $num++;
 131   }
 132   #delete $all_associations{$shortname};
 133   #print "NUM: $num\n";
 134 }
 135
 136
 137 for my $shortname (@ordered) {
 138   my $a = $all_associations{$shortname};
 139   next if (ref($a) ne "HASH");
 140
 141   my $name = $a->{name};
 142   my $extensions = $a->{extensions};
 143   my $mimetype = $mimetypes->{$shortname};
 144   $mimetype = "application/x-$shortname+txt" unless $mimetype;
 145   #$mimetype = "application/x-$shortname" unless $mimetype;
 146
 147   my $iconfile = $a->{iconfile};
 148   $iconfile = "Jalview-File" unless $iconfile;
 149
 150   my @extensions = @$extensions;
 151   #warn("LINE: $line\nFound extensions '".join("', '", @extensions)."' for $name Files ($shortname)'n");
 152
 153   my $xname = xml_escape($name);
 154   my $xmimetype = xml_escape($mimetype);
 155   my $xshortname = xml_escape($shortname);
 156   my $xiconfile = xml_escape($iconfile);
 157
 158   my $macentry = $mactemplate;
 159   $macentry =~ s/\$\$NAME\$\$/$xname/g;
 160   $macentry =~ s/\$\$SHORTNAME\$\$/$xshortname/g;
 161   $macentry =~ s/\$\$MIMETYPE\$\$/$xmimetype/g;
 162   $macentry =~ s/\$\$ICONFILE\$\$/$xiconfile/g;
 163   while ($macentry =~ m/\$\$([^\$]*)EXTENSIONS([^\$]*)\$\$/) {
 164     my $pre = $1;
 165     my $post = $2;
 166     my $macextensions;
 167     for my $ext (@extensions) {
 168       my $xext = xml_escape($ext);
 169       $macextensions .= $pre.$xext.$post;
 170     }
 171     $macentry =~ s/\$\$${pre}EXTENSIONS${post}\$\$/$macextensions/g;
 172   }
 173   print MA $macentry;
 174
 175   my $i4jentry = $i4jtemplate;
 176   $i4jentry =~ s/\$\$NAME\$\$/$xname/g;
 177   $i4jentry =~ s/\$\$SHORTNAME\$\$/$xshortname/g;
 178   $i4jentry =~ s/\$\$MIMETYPE\$\$/$xmimetype/g;
 179   $i4jentry =~ s/\$\$ICONFILE\$\$/$xiconfile/g;
 180
 181   my $unixext;
 182   for my $ext (sort @extensions) {
 183     if (not defined($unixext)) {
 184       $unixext = $ext;
 185       next;
 186     }
 187     if (length($ext) < length($unixext)) {
 188       $unixext = $ext;
 189       next;
 190     }
 191   }
 192
 193   for my $ext (@extensions) {
 194     $i4jcount++;
 195     #print "COUNT: $i4jcount\n";
 196     my $progresspercent = int(($i4jcount/$num)*100);
 197     #print "PC: $progresspercent\n";
 198     $progresspercent = 100 if $progresspercent > 100;
 199     my $xext = xml_escape($ext);
 200     my $addunixextension = ($ext eq $unixext)?"true":"false";
 201
 202     my $i4jextentry = $i4jentry;
 203     $i4jextentry =~ s/\$\$ADDUNIXEXTENSION\$\$/$addunixextension/g;
 204     $i4jextentry =~ s/\$\$EXTENSION\$\$/$xext/g;
 205     $i4jextentry =~ s/\$\$PROGRESSPERCENT\$\$/$progresspercent/g;
 206     $i4jextentry =~ s/\$\$ID\$\$/$id/g;
 207     $id++;
 208     $i4jextentry =~ s/\$\$ID1\$\$/$id/g;
 209     $id++;
 210     $i4jextentry =~ s/\$\$ID2\$\$/$id/g;
 211     $id++;
 212
 213     print IA $i4jextentry;
 214   }
 215
 216   delete $all_associations{$shortname};
 217 }
 218
 219 close(IA);
 220 print MA "</array>\n";
 221 close(MA);
 222
 223 sub xml_escape {
 224   my $x = shift;
 225   # stolen from Pod::Simple::XMLOutStream in base distro
 226   $x =~ s/([^-\n\t !\#\$\%\(\)\*\+,\.\~\/\:\;=\?\@\[\\\]\^_\`\{\|\}abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ0123456789])/'&#'.(ord($1)).';'/eg;
 227   return $x;
 228 }