utils/install4j/auto_file_associations.pl

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 use strict;
   4
   5 my $i4jversion = 7;
   6 if ($ARGV[0] eq "-v") {
   7   shift @ARGV;
   8   $i4jversion = shift @ARGV;
   9   die("-v i4jversion must be an integer [probably 7 or 8]") unless $i4jversion =~ m/^\d+$/;
  10 }
  11 # backwards compatibility
  12 $i4jversion = "" if $i4jversion < 8;
  13
  14 my $fileformats = $ARGV[0];
  15 $fileformats = "../../src/jalview/io/FileFormat.java" unless $fileformats;
  16
  17 # default mimetype will be text/x-$shortname
  18 # TODO: find an actual extension for mat, see JAL-Xxxxx for outstanding issues too
  19 # TODO: look up standard mime type used for BLASTfmt matrices, etc
  20 my $mimetypes = {
  21   rnaml => "application/rnaml+xml",
  22   biojson => "application/x-jalview-biojson+json",
  23   jnet => "application/x-jalview-jnet+text",
  24   features => "application/x-jalview-features+text",
  25   scorematrix => "application/x-jalview-scorematrix+text",
  26   pdb => "chemical/x-pdb",
  27   mmcif => "chemical/x-cif",
  28   mmcif2 => "chemical/x-mcif",
  29   jalview => "application/x-jalview+xml+zip",
  30   jvl => "application/x-jalview-jvl+text",
  31   annotations => "application/x-jalview-annotations+text",
  32 };
  33
  34 my @dontaddshortname = qw(features json);
  35 my @dontaddextension = qw(html xml json jar mfa fastq);
  36 my $add_associations = {
  37   biojson => {shortname=>"biojson",name=>"BioJSON",extensions=>["biojson"]},
  38   gff2 => {shortname=>"gff2",name=>"Generic Features Format v2",extensions=>["gff2"]},
  39   gff3 => {shortname=>"gff3",name=>"Generic Features Format v3",extensions=>["gff3"]},
  40   features => {shortname=>"features",name=>"Jalview Features",extensions=>["features","jvfeatures"]},
  41   annotations => {shortname=>"annotations",name=>"Jalview Annotations",extensions=>["annotations","jvannotations"]},
  42   mmcif2 => {shortname=>"mmcif2",name=>"mmCIF",extensions=>["mcif","mmcif"]},
  43   jvl => {shortname=>"jvl",name=>"Jalview Version Locator",extensions=>["jvl"],iconfile=>"Jalview-Version-Locator"},
  44   jnet => {shortname=>"jnet",name=>"JnetFile",extensions=>["concise","jnet"]},
  45   scorematrix => {shortname=>"scorematrix",name=>"Substitution Matrix",extensions=>["mat"]},
  46 };
  47 my $add_extensions = {
  48   blc => ["blc"],
  49 };
  50 my @put_first = qw(jalview jvl);
  51
  52 my $mactemplatefile = "file_associations_template-Info_plist.xml";
  53 my $i4jtemplatefile = ($i4jversion >= 8)?"file_associations_template-install4j${i4jversion}.xml";
  54 my $mactemplate;
  55 my $i4jtemplate;
  56 open(MT,"<$mactemplatefile") or dir("Could not open '$mactemplatefile' for reading");
  57 while(<MT>){
  58   $mactemplate .= $_;
  59 }
  60 close(MT);
  61 open(IT,"<$i4jtemplatefile") or dir("Could not open '$i4jtemplatefile' for reading");
  62 while(<IT>){
  63   $i4jtemplate .= $_;
  64 }
  65 close(IT);
  66 my $macauto;
  67 my $i4jauto;
  68
  69 my $macautofile = $mactemplatefile;
  70 $macautofile =~ s/template/auto$1/;
  71 my $i4jautofile = $i4jtemplatefile;
  72 $i4jautofile =~ s/template/auto$1/;
  73
  74 open(MA,">$macautofile") or die ("Could not open '$macautofile' for writing");
  75 print MA "<key>CFBundleDocumentTypes</key>\n<array>\n\n";
  76 open(IA,">$i4jautofile") or die ("Could not open '$i4jautofile' for writing");
  77
  78 open(IN, "<$fileformats") or die ("Could not open '$fileformats' for reading");
  79 my $id = 10000;
  80 my $file_associations = {};
  81 while(my $line = <IN>) {
  82   $line =~ s/\s+/ /g;
  83   $line =~ s/(^ | $)//g;
  84   if ($line =~ m/^(\w+) ?\( ?"([^"]*)" ?, ?"([^"]*)" ?, ?(true|false) ?, ?(true|false) ?\)$/i) {
  85     my $shortname = lc($1);
  86     next if (grep($_ eq $shortname, @dontaddshortname));
  87     my $name = $2;
  88     my $extensions = $3;
  89     $extensions =~ s/\s+//g;
  90     my @possextensions = split(m/,/,$extensions);
  91     my @extensions;
  92     my $addext = $add_extensions->{$shortname};
  93     if (ref($addext) eq "ARRAY") {
  94       push(@possextensions, @$addext);
  95     }
  96     for my $possext (@possextensions) {
  97       next if grep($_ eq $possext, @extensions);
  98       next if grep($_ eq $possext, @dontaddextension);
  99       push(@extensions,$possext);
 100     }
 101     next unless scalar(@extensions);
 102     $file_associations->{$shortname} = {
 103       shortname => $shortname,
 104       name => $name,
 105       extensions => \@extensions
 106     };
 107     warn("Adding file association for $shortname\n");
 108   }
 109 }
 110 close(IN);
 111
 112 my %all_associations = (%$file_associations, %$add_associations);
 113
 114 for my $shortname (@put_first, sort keys %all_associations) {
 115   my $a = $all_associations{$shortname};
 116   if (ref($a) ne "HASH") {
 117     next;
 118   }
 119
 120   my $name = $a->{name};
 121   my $extensions = $a->{extensions};
 122   my $mimetype = $mimetypes->{$shortname};
 123   $mimetype = "text/x-$shortname" unless $mimetype;
 124
 125   my $iconfile = $a->{iconfile};
 126   $iconfile = "Jalview-File" unless $iconfile;
 127
 128   my @extensions = @$extensions;
 129   #warn("LINE: $line\nFound extensions '".join("', '", @extensions)."' for $name Files ($shortname)'n");
 130
 131   my $macentry = $mactemplate;
 132   my $i4jentry = $i4jtemplate;
 133
 134   $macentry =~ s/\$\$NAME\$\$/$name/g;
 135   $macentry =~ s/\$\$SHORTNAME\$\$/$shortname/g;
 136   $macentry =~ s/\$\$MIMETYPE\$\$/$mimetype/g;
 137   $macentry =~ s/\$\$ICONFILE\$\$/$iconfile/g;
 138
 139   $i4jentry =~ s/\$\$NAME\$\$/$name/g;
 140   $i4jentry =~ s/\$\$SHORTNAME\$\$/$shortname/g;
 141   $i4jentry =~ s/\$\$MIMETYPE\$\$/$mimetype/g;
 142   $i4jentry =~ s/\$\$ICONFILE\$\$/$iconfile/g;
 143
 144   while ($macentry =~ m/\$\$([^\$]*)EXTENSIONS([^\$]*)\$\$/) {
 145     my $pre = $1;
 146     my $post = $2;
 147     my $macextensions;
 148     for my $ext (@extensions) {
 149       $macextensions .= $pre.$ext.$post;
 150     }
 151     $macentry =~ s/\$\$${pre}EXTENSIONS${post}\$\$/$macextensions/g;
 152   }
 153   print MA $macentry;
 154
 155   for my $ext (@extensions) {
 156     my $i4jextentry = $i4jentry;
 157     $i4jextentry =~ s/\$\$EXTENSION\$\$/$ext/g;
 158     $i4jextentry =~ s/\$\$ID\$\$/$id/g;
 159     $id++;
 160
 161     print IA $i4jextentry;
 162   }
 163
 164   delete $all_associations{$shortname};
 165 }
 166
 167 close(IA);
 168 print MA "</array>\n";
 169 close(MA);