utils/install4j/auto_file_associations.pl

   1 #!/usr/bin/env perl
   2
   3 use strict;
   4
   5 my $fileformats = $ARGV[0];
   6 $fileformats = "../../src/jalview/io/FileFormat.java" unless $fileformats;
   7
   8 # default mimetype will be text/x-$shortname
   9 # TODO: find an actual extension for mat, see JAL-Xxxxx for outstanding issues too
  10 # TODO: look up standard mime type used for BLASTfmt matrices, etc
  11 my $mimetypes = {
  12   rnaml => "application/rnaml+xml",
  13   biojson => "application/x-jalview-biojson+json",
  14   jnet => "application/x-jalview-jnet+text",
  15   features => "application/x-jalview-features+text",
  16   scorematrix => "application/x-jalview-scorematrix+text",
  17   pdb => "chemical/x-pdb",
  18   mmcif => "chemical/x-cif",
  19   mmcif2 => "chemical/x-mcif",
  20   jalview => "application/x-jalview+xml+zip",
  21   jvl => "application/x-jalview-jvl+text",
  22   annotations => "application/x-jalview-annotations+text",
  23 };
  24
  25 my @dontaddshortname = qw(features json);
  26 my @dontaddextension = qw(html xml json jar mfa fastq);
  27 my $add_associations = {
  28   biojson => {shortname=>"biojson",name=>"BioJSON",extensions=>["biojson"]},
  29   gff2 => {shortname=>"gff2",name=>"Generic Features Format v2",extensions=>["gff2"]},
  30   gff3 => {shortname=>"gff3",name=>"Generic Features Format v3",extensions=>["gff3"]},
  31   features => {shortname=>"features",name=>"Jalview Features",extensions=>["features","jvfeatures"]},
  32   annotations => {shortname=>"annotations",name=>"Jalview Annotations",extensions=>["annotations","jvannotations"]},
  33   mmcif2 => {shortname=>"mmcif2",name=>"mmCIF",extensions=>["mcif","mmcif"]},
  34   jvl => {shortname=>"jvl",name=>"Jalview Version Locator",extensions=>["jvl"],iconfile=>"Jalview-Version-Locator"},
  35   jnet => {shortname=>"jnet",name=>"JnetFile",extensions=>["concise","jnet"]},
  36   scorematrix => {shortname=>"scorematrix",name=>"Substitution Matrix",extensions=>["mat"]},
  37 };
  38 my $add_extensions = {
  39   blc => ["blc"],
  40 };
  41 my @put_first = qw(jalview jvl);
  42
  43 my $mactemplatefile = "file_associations_template-Info_plist.xml";
  44 my $i4jtemplatefile = "file_associations_template-install4j.xml";
  45 my $mactemplate;
  46 my $i4jtemplate;
  47 open(MT,"<$mactemplatefile") or dir("Could not open '$mactemplatefile' for reading");
  48 while(<MT>){
  49   $mactemplate .= $_;
  50 }
  51 close(MT);
  52 open(IT,"<$i4jtemplatefile") or dir("Could not open '$i4jtemplatefile' for reading");
  53 while(<IT>){
  54   $i4jtemplate .= $_;
  55 }
  56 close(IT);
  57 my $macauto;
  58 my $i4jauto;
  59
  60 my $macautofile = $mactemplatefile;
  61 $macautofile =~ s/template/auto$1/;
  62 my $i4jautofile = $i4jtemplatefile;
  63 $i4jautofile =~ s/template/auto$1/;
  64
  65 open(MA,">$macautofile") or die ("Could not open '$macautofile' for writing");
  66 print MA "<key>CFBundleDocumentTypes</key>\n<array>\n\n";
  67 open(IA,">$i4jautofile") or die ("Could not open '$i4jautofile' for writing");
  68
  69 open(IN, "<$fileformats") or die ("Could not open '$fileformats' for reading");
  70 my $id = 10000;
  71 my $file_associations = {};
  72 while(my $line = <IN>) {
  73   $line =~ s/\s+/ /g;
  74   $line =~ s/(^ | $)//g;
  75   if ($line =~ m/^(\w+) ?\( ?"([^"]*)" ?, ?"([^"]*)" ?, ?(true|false) ?, ?(true|false) ?\)$/i) {
  76     my $shortname = lc($1);
  77     next if (grep($_ eq $shortname, @dontaddshortname));
  78     my $name = $2;
  79     my $extensions = $3;
  80     $extensions =~ s/\s+//g;
  81     my @possextensions = split(m/,/,$extensions);
  82     my @extensions;
  83     my $addext = $add_extensions->{$shortname};
  84     if (ref($addext) eq "ARRAY") {
  85       push(@possextensions, @$addext);
  86     }
  87     for my $possext (@possextensions) {
  88       next if grep($_ eq $possext, @extensions);
  89       next if grep($_ eq $possext, @dontaddextension);
  90       push(@extensions,$possext);
  91     }
  92     next unless scalar(@extensions);
  93     $file_associations->{$shortname} = {
  94       shortname => $shortname,
  95       name => $name,
  96       extensions => \@extensions
  97     };
  98     warn("Adding file association for $shortname\n");
  99   }
 100 }
 101 close(IN);
 102
 103 my %all_associations = (%$file_associations, %$add_associations);
 104
 105 for my $shortname (@put_first, sort keys %all_associations) {
 106   my $a = $all_associations{$shortname};
 107   if (ref($a) ne "HASH") {
 108     next;
 109   }
 110
 111   my $name = $a->{name};
 112   my $extensions = $a->{extensions};
 113   my $mimetype = $mimetypes->{$shortname};
 114   $mimetype = "text/x-$shortname" unless $mimetype;
 115
 116   my $iconfile = $a->{iconfile};
 117   $iconfile = "Jalview-File" unless $iconfile;
 118
 119   my @extensions = @$extensions;
 120   #warn("LINE: $line\nFound extensions '".join("', '", @extensions)."' for $name Files ($shortname)'n");
 121
 122   my $macentry = $mactemplate;
 123   my $i4jentry = $i4jtemplate;
 124
 125   $macentry =~ s/\$\$NAME\$\$/$name/g;
 126   $macentry =~ s/\$\$SHORTNAME\$\$/$shortname/g;
 127   $macentry =~ s/\$\$MIMETYPE\$\$/$mimetype/g;
 128   $macentry =~ s/\$\$ICONFILE\$\$/$iconfile/g;
 129
 130   $i4jentry =~ s/\$\$NAME\$\$/$name/g;
 131   $i4jentry =~ s/\$\$SHORTNAME\$\$/$shortname/g;
 132   $i4jentry =~ s/\$\$MIMETYPE\$\$/$mimetype/g;
 133   $i4jentry =~ s/\$\$ICONFILE\$\$/$iconfile/g;
 134
 135   while ($macentry =~ m/\$\$([^\$]*)EXTENSIONS([^\$]*)\$\$/) {
 136     my $pre = $1;
 137     my $post = $2;
 138     my $macextensions;
 139     for my $ext (@extensions) {
 140       $macextensions .= $pre.$ext.$post;
 141     }
 142     $macentry =~ s/\$\$${pre}EXTENSIONS${post}\$\$/$macextensions/g;
 143   }
 144   print MA $macentry;
 145
 146   for my $ext (@extensions) {
 147     my $i4jextentry = $i4jentry;
 148     $i4jextentry =~ s/\$\$EXTENSION\$\$/$ext/g;
 149     $i4jextentry =~ s/\$\$ID\$\$/$id/g;
 150     $id++;
 151
 152     print IA $i4jextentry;
 153   }
 154
 155   delete $all_associations{$shortname};
 156 }
 157
 158 close(IA);
 159 print MA "</array>\n";
 160 close(MA);