utils/jalviewjs/site-resources/jalview_embedded_example1.html

   1 <!DOCTYPE html>
   2 <html>
   3 <head>
   4 <title>Embedded JalviewJS Example 1</title><meta charset="utf-8" />
   5 <script src="swingjs/swingjs2.js"></script>
   6 <script>
   7
   8 // NOTE: The applet on this page is "Jalview".
   9
  10 // BH 2019.10.06 adds Tree and Pca functionality
  11 // BH see issue JAL-3451
  12
  13 if (!self.SwingJS)alert('swingjs2.js was not found. It needs to be in swingjs folder in the same directory as ' + document.location.href)
  14 Info = {
  15   code: null,
  16   main: "jalview.bin.JalviewJS2",
  17 //  core: "NONE",
  18         core:"_jalview",
  19   readyFunction: null,
  20         serverURL: 'https://chemapps.stolaf.edu/jmol/jsmol/php/jsmol.php',
  21         j2sPath: 'swingjs/j2s',
  22         console:'none',
  23         allowjavascript: true
  24 }
  25
  26 jvGet = function(what) {
  27         switch(what) {
  28         case "tree":
  29                 Jalview.app.openTreePanel$jalview_gui_AlignFrame$S$S(null, "NJ","BLOSUM62")
  30                 break;
  31         case "pca":
  32                 Jalview.app.openPcaPanel$jalview_gui_AlignFrame$S(null, "BLOSUM62")
  33                 break;
  34         case "3D":
  35                 break;
  36         }
  37
  38 }
  39
  40 $(document).ready(function() {
  41
  42   SwingJS.getApplet('Jalview', Info);
  43
  44 });
  45
  46 </script>
  47 </head>
  48 <body style="background-image: url(images/coolVeryLightBG.png);">
  49 <table style="width:1400px;border:2px solid lightblue;border-spacing:0;font-size:16pt;" padding="10" valign="top">
  50 <tr>
  51 <td style="font-size:24;font-weight:bold;background-color:lightblue" colspan=2><center>Demonstration of embedded JalviewJS components</center>
  52 </td>
  53
  54
  55 </tr><tr>
  56
  57
  58 <td valign=top style="padding:20px;background-color:lightgray">
  59 <div style="padding:20px;width:600px;height:400px;overflow-y:auto;background-color:white">
  60 This simple page illustrates how one can embed the JalviewJS desktop into a web page.
  61 The basic idea is that we have something interesting to say &mdash; some sort of scientific context &mdash; something we want to get
  62 across to our visitors with more than just text and images. The idea is to have a <b>dynamic</b> page that will involve <b>user interaction</b>.
  63 <br><br>
  64 We start with a Jalview desktop. You can't see it, because I have placed it in a <code>div</code> tag with style <i>width:0px;height:0px</i> just after the period that ends this sentence.
  65 <div id="Jalview-desktop-div" style="width:0px;height:0px;"></div>
  66 <br>
  67 The idea is NOT to teach visitors how to use Jalview. The idea is to seamlessly integrate components of Jalview that can be used to enrich a discussion.
  68 Like JSmol in <a target="_blank" href="http://proteopedia.org/wiki/index.php/Main_Page"><img src=https://pbs.twimg.com/profile_images/818051034/proteopedia_135x200_small_logo_for_Twitter_400x400.png width=16 height=16/>Proteopedia</a>.
  69 For example, in the space to the right, after a few seconds, you will see an alignment frame. This alignment is for 15 genes that code for one of the domains in the ferredoxin family (<a href=https://pfam.xfam.org/family/NIR_SIR_ferr target=_blank>NIR_SIR_ferr (PF03460)</a>).
  70 <br><br>
  71 What you see initially is just the first few residues. Doesn't look like much of an alignment, does it? But <b>scroll to the right</b>.
  72 See the big block of red color? That's the <i>Ferredoxin fold</i>domain.
  73
  74 </div>
  75 </td><td style="background-color:lightgray;padding:20px">
  76 <div id="Jalview-alignment-div" style="padding:20px;position:relative;top:0px;left:0px;width:680px;height:400px">
  77 <br><br>
  78 The alignment frame will appear here momentarily. When it does, you can go ahead and manipulate the alignment with your mouse.
  79 </div>
  80 </td>
  81
  82
  83 </tr><tr>
  84
  85
  86 <td colspan=2 valign=top style="padding:0px 0px 0px 0px">
  87 <table style="background-color:lightgray"><tr><td  style="padding:0px 0px 0px 20px">
  88 <b>Select a few alignments</b> by left-dragging across a few rows of the alignment to make a selection box.
  89 Then click one of the buttons below to see more information about your selected subset of the alignment.
  90 <ul>
  91 <li><button onclick='jvGet("tree")'>similarity tree</button></li>
  92 <li><button onclick='jvGet("pca")'>principal component analysis</button></li>
  93 </ul>
  94
  95
  96
  97
  98 </td><td style="padding:0px 0px 0px 0px">
  99 <table style="border-spacing:0"><tr><td style="background-color:lightgray;padding:10px 0px 10px 20px">
 100 <div id="Jalview-tree-div" style="position:relative;top:0px;left:0px;width:500px;height:500px">
 101 <br><br><br><br>
 102 Jalview-tree-div
 103 </div>
 104 </td><td style="background-color:lightgray;padding:10px 20px 10px 0px">
 105 <div id="Jalview-pca-div" style="position:relative;top:0px;left:0px;width:500px;height:500px">
 106 <br><br><br><br>
 107 Jalview-pca-div
 108 </div>
 109 </td></tr></table>
 110
 111 </td></tr></table>
 112
 113
 114 </td></tr>
 115
 116 <tr>
 117
 118 <td valign=top style="padding:20px;height:650px" >
 119
 120 <div id="Jalview-structureviewer-div" style="position:relative;top:0px;left:0px;width:600px;height:600px">
 121 Jalview-strucddtureviewer-div
 122 </div>
 123 </td>
 124 <td valign=top style="padding:20px;background-color:white" >
 125 One more thing. Let's take a look at the 3D structure of one these proteins. Ferredoxins are important, because they have
 126 iron-sulfur clusters that can accept and deliver electrons in metabolic processes. Let's see if we can find it.
 127 <br><center><button onclick='jvGet("3D")'>add the 3D structure</button>
 128 </td></tr></table>
 129
 130
 131 <!-- debugging (hidden) -->
 132 <script>getClassList = function(){J2S._saveFile('_j2sclasslist.txt', Clazz.ClassFilesLoaded.sort().join('\n'))}</script>
 133 <div style="display:none;position:absolute;left:900px;top:30px;width:600px;height:300px;">
 134 <div id="sysoutdiv" style="border:1px solid green;width:100%;height:95%;overflow:auto"></div>
 135 This is System.out. <a href="javascript:testApplet._clearConsole()">clear it</a> <br>Add ?j2snocore to URL to see full class list; ?j2sdebug to use uncompressed j2s/core files <br><a href="javascript:getClassList()">get _j2sClassList.txt</a>
 136 </div>
 137
 138 </body>
 139 </html>