utils/splitstockholm.pl

   1 #!/usr/bin/perl
   2 ##
   3 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4 # Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5 #
   6 # This file is part of Jalview.
   7 #
   8 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9 # modify it under the terms of the GNU General Public License
  10 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11 #
  12 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16 #
  17 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 # The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 ##
  20
  21 # Splits a concatenated set of Stockholm Files into several individual files.
  22
  23 use strict;
  24 use FileHandle;
  25 my $ac;
  26 my $lns="";
  27 my $fh;
  28 while (<>) {
  29     if ($_=~m!^//!) {
  30         $fh->print("//\n");
  31         $fh->close();
  32         $ac = undef;
  33         $lns = "";
  34     } else {
  35         if ($_=~/GF\s+AC\s+([0-9.RPF]+)/) {
  36             $ac=$1;
  37             ($fh=new FileHandle)->open(">$ac.stk") or die("Couldn't open file '$ac.stk'");
  38             $lns=~/^. STOCKHOLM 1.0/ or $fh->print("# STOCKHOLM 1.0\n");
  39         };
  40         if (defined($fh)) {
  41             if (defined $lns) {
  42                 $fh->print($lns); $lns=undef; }
  43
  44             $fh->print($_);
  45         } else {
  46             $lns .= $_;
  47         }
  48     }
  49 }