website/index.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">\r
   2 <html><!-- InstanceBegin template="/Templates/jtemplate.dwt" codeOutsideHTMLIsLocked="false" -->\r
   3 <head>\r
   4 <!-- InstanceBeginEditable name="doctitle" -->\r
   5 <TITLE>JalView - Java alignment editor</TITLE>\r
   6 <!-- InstanceEndEditable --> \r
   7 <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">\r
   8 <!-- InstanceBeginEditable name="head" --><!-- InstanceEndEditable --> \r
   9 <style type="text/css">\r
  10 <!--\r
  11 td {\r
  12         font-family: Geneva, Arial, Helvetica, sans-serif;\r
  13         font-size: 12px;\r
  14 }\r
  15 -->\r
  16 </style>\r
  17 </head>\r
  18 \r
  19 <body>\r
  20 <div align="left">\r
  21   <table border="0">\r
  22     <tr> \r
  23       <td width="700" ><center>\r
  24           <table width="550" border="0">\r
  25             <tr>\r
  26               <td width="45%"><div align="center"><a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/~andrew/JalviewWebsite/index.html"><img src="snap22med.gif" width="291" height="116" border="0"  align="absmiddle"></a></div></td>\r
  27               <td width="55%"><div align="center"><font size="+6"><strong><font face="Geneva, Arial, Helvetica, sans-serif">Jalview \r
  28                   </font></strong></font> </div>\r
  29                 <div align="center"><font size="3" face="Geneva, Arial, Helvetica, sans-serif">a \r
  30                   multiple alignment editor</font> </div></td>\r
  31             </tr>\r
  32           </table>\r
  33           </center></td>\r
  34     </tr>\r
  35   </table>\r
  36  <br>\r
  37   <table border="0">\r
  38     <tr> \r
  39       <td width="197" valign="top" nowrap> <p><strong>Downloads</strong></p>\r
  40         <ul>\r
  41           <li><a href="version2/index.html">Jalview</a></li>\r
  42         </ul>\r
  43         <strong>Examples</strong> <ul>\r
  44           <li><a href="version2/examples/applets.html">Applet</a></li>\r
  45           <li><a href="version2/examples/examples.html">Application</a></li>\r
  46         </ul>\r
  47         <strong>Reference</strong> <ul>\r
  48           <li> <a href="jalview.pdf" target="_blank">&quot;The Jalview Java<br>\r
  49             Alignment Editor,&quot;<br>\r
  50             </a></li>\r
  51           <a href="jalview.pdf"><em>Bioinformatics</em>, 12, 426-7</a> \r
  52         </ul>\r
  53         <strong>Source Code</strong> <ul>\r
  54           <li>Jalview 2</li>\r
  55         </ul>\r
  56         <p><strong>Feedback</strong></p>\r
  57         <p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<img src="help.gif" width="151" height="43"> </p>\r
  58         <p><br>\r
  59           <a href="http://www.bbsrc.ac.uk/"> <img border="0"src="bbsrc.jpg"></a> \r
  60         </p></td>\r
  61       <td width="499" valign="top"><!-- InstanceBeginEditable name="Contents" -->\r
  62         <p>Jalview is a multiple alignment editor written in <a href="http://www.java.com/en/download/" target="_blank">java</a>. \r
  63           It is used widely in a variety of web pages (e.g. the EBI clustalw server \r
  64           and the PFAM protein domain database) but is available as a general \r
  65           purpose alignment editor. <br>\r
  66         </p>\r
  67         <p><a href="version2/index.html">Version 2.0</a> is the latest release \r
  68           version of Jalview. This version has many new features compared to the \r
  69           original version. </p>\r
  70         <p>The original version of Jalview, <a target="NEW" href="version118/Jalview_118.html">version \r
  71           1.18</a>, can still be downloaded. Some features no longer work.</p>\r
  72         <p><br>\r
  73           <em>Jalview Features</em> -- See major new developments by trying Jalview \r
  74           Version 2 -- </p>\r
  75         <ul>\r
  76           <li>Sequence feature retrieval and display on the alignment</li>\r
  77           <li>Reads and writes alignments in a variety of formats </li>\r
  78           <li>Gaps can be inserted/deleted using the mouse. </li>\r
  79           <li>Conservation analysis similar to that of AMAS </li>\r
  80           <li>Group editing (insertion deletion of gaps in groups of sequences). \r
  81           </li>\r
  82           <li>Removal of gapped columns </li>\r
  83           <li>Many different colour schemes </li>\r
  84           <li>Alignment sorting options (by name, tree order, percent identity, \r
  85             group) </li>\r
  86           <li>Linking of group colours between the alignment, tree and PCA windows. \r
  87           </li>\r
  88           <li>UPGMA and NJ trees calculated and drawn based on percent identity \r
  89             distances. </li>\r
  90           <li>Sequence clustering using principal component analysis </li>\r
  91           <li>Removal of redundant sequences </li>\r
  92           <li>Smith Waterman pairwise alignment of selected sequences</li>\r
  93           <li>EPS, PNG files can be generated for inclusion in documents</li>\r
  94         </ul>\r
  95         Authors :<br>\r
  96         Version 1.18 Michele Clamp; James Cuff; Stephen Searle; Geoff Barton<br>\r
  97         V ersion 2.0 &nbsp;Andrew Waterhouse; Jim Procter; Geoff Barton \r
  98         <p>Special thanks go to Alex Bateman and the Pfam team for using Jalview \r
  99           and making many helpful suggestions</p>\r
 100         <p>New JalView development has been funded for three years from 1st October \r
 101           2004 by the <a href="http://www.bbsrc.ac.uk/">BBSRC</a> as part of the \r
 102           &quot;Visualisation and Analysis of Biological Sequences, Alignments \r
 103           and Structures&quot; Project. This project is coordinated by Geoff Barton \r
 104           at the <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk">University of Dundee</a> \r
 105           with partners at <a href="http://www.ebi.ac.uk">EBI</a> and <a href="http://www.bioss.sari.ac.uk">BioSS</a></a> \r
 106           and consultancy (blessing :-) from Michele Clamp; the originator of \r
 107           JalView. </p>\r
 108         <!-- InstanceEndEditable --> \r
 109       </td>\r
 110     </tr>\r
 111   </table>\r
 112 </div>\r
 113 </body>\r
 114 <!-- InstanceEnd --></html>\r