wiki/Archaeopteryx.wiki

   1 = forester Tutorial and Examples =
   2 <wiki:toc max_depth="3" />
   3
   4 = Introduction =
   5
   6 Under development!
   7
   8 Documentation, tutorial, and examples for [http://www.phylosoft.org/forester/ forester].
   9
  10 *All examples require jar-file "forester.jar" to be in the class-path.*
  11
  12 Download: http://code.google.com/p/forester/downloads/list
  13
  14 Author: [http://www.cmzmasek.net/ Christian M Zmasek], Sanford-Burnham Medical Research Institute
  15
  16
  17 Copyright (C) 2012 Christian M Zmasek. All rights reserved.
  18
  19
  20
  21 = Reading and writing of phylogenetic trees =
  22
  23
  24
  25 {{{
  26
  27 package examples;
  28
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.IOException;
  31
  32 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  33 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  34 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  35 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  36 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  37 import org.forester.util.ForesterUtil;
  38
  39 public class Example {
  40
  41     public static void main( final String[] args ) {
  42         // Reading-in of (a) tree(s) from a file.
  43         final File treefile = new File( "/path/to/tree.xml" );
  44         PhylogenyParser parser = null;
  45         try {
  46             parser = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( treefile, true );
  47         }
  48         catch ( final IOException e ) {
  49             e.printStackTrace();
  50         }
  51         Phylogeny[] phys = null;
  52         try {
  53             phys = PhylogenyMethods.readPhylogenies( parser, treefile );
  54         }
  55         catch ( final IOException e ) {
  56             e.printStackTrace();
  57         }
  58         // Writing trees to a file.
  59         final File outfile = new File( "/path/to/out_tree.xml" );
  60         try {
  61             final PhylogenyWriter writer = new PhylogenyWriter();
  62             writer.toPhyloXML( phys, 0, outfile, ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  63         }
  64         catch ( final Exception e ) {
  65             e.printStackTrace();
  66         }
  67     }
  68 }
  69
  70 }}}
  71
  72
  73
  74 = Reading of phylogenetic trees and displaying them with Archaeopteryx =
  75
  76
  77 {{{
  78
  79 package examples;
  80
  81 import java.io.File;
  82 import java.io.IOException;
  83
  84 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  85 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  86 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  87 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  88 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  89
  90 public class Example {
  91
  92     public static void main( final String[] args ) {
  93         // Reading-in of (a) tree(s) from a file.
  94         final File treefile = new File( "/path/to/tree.xml" );
  95         PhylogenyParser parser = null;
  96         try {
  97             parser = ParserUtils.createParserDependingOnFileType( treefile, true );
  98         }
  99         catch ( final IOException e ) {
 100             e.printStackTrace();
 101         }
 102         Phylogeny[] phys = null;
 103         try {
 104             phys = PhylogenyMethods.readPhylogenies( parser, treefile );
 105         }
 106         catch ( final IOException e ) {
 107             e.printStackTrace();
 108         }
 109         // Display of the tree(s) with Archaeopteryx.
 110         Archaeopteryx.createApplication( phys );
 111     }
 112 }
 113
 114 }}}