wiki/Archaeopteryx.wiki

   1 = Archaeopteryx Documentation =
   2 <wiki:toc max_depth="3" />
   3
   4 = Introduction =
   5
   6 Under development!
   7
   8 Documentation, tutorial, and examples for visualization, analysis, and editing of phylogenetic trees with [http://www.phylosoft.org/archaeopteryx/ Archaeopteryx].
   9
  10 For developers: Information on the underlying [http://www.phylosoft.org/forester/ forester] framework is available [forester here].
  11
  12 Author: [http://www.cmzmasek.net/ Christian M Zmasek], Sanford-Burnham Medical Research Institute
  13
  14
  15
  16 Copyright (C) 2012 Christian M Zmasek. All rights reserved.
  17
  18
  19
  20 = Frequently Asked Questions =
  21
  22 == How to read and display vector or expression data ==
  23
  24 Aptx can be used to display vector or expression data associated with tree nodes:
  25
  26   # Ensure the configuration file contains this line: "show_vector_data:               display yes"
  27   # Start Aptx and read in a tree ([http://forester.googlecode.com/files/apaf.xml example tree])
  28   # Open "Tools" menu and select "read Vector/Expression Values" to read in a matrix (of, for example, expression values) ([http://forester.googlecode.com/files/apaf_expression.tab example expression values])
  29
  30 It is also possible to store vector data in phyloXML formatted files ([http://forester.googlecode.com/files/apaf_with_vector_data.xml example]).