wiki/GSDI.wiki

   1 #summary generalized speciation duplication inference
   2
   3 = Generalized Speciation Duplication Inference =
   4
   5 == Purpose ==
   6
   7 To infer duplication events on a gene tree given a trusted species tree.
   8
   9 == Usage ==
  10 {{{
  11 java -Xmx1024m -cp
  12 path/to/forester.jar org.forester.application.gsdi [-options] <gene tree in phyloXML format> <species tree> [outfile]
  13 }}}
  14
  15 === Options ===
  16
  17   * -s: to strip the species tree prior to duplication inference
  18   * -b: to use SDI algorithm instead of GSDI algorithm
  19   * -m: use most parimonious duplication model for GSDI: assign nodes as speciations which would otherwise be assiged as unknown because of polytomies in the species tree
  20   * -q: to allow species tree in other formats than phyloXML (Newick, NHX, Nexus)
  21
  22 ==== Species tree ====
  23 In phyloXML format (unless option -q is used), with taxonomy data in appropriate fields. Must be rooted, polytomies are allowed.
  24
  25 ==== Gene tree ====
  26 In phyloXML format, with taxonomy and sequence data in appropriate fields. Must be rooted an binary (no polytomies).
  27
  28
  29 == Description ==
  30
  31 Currently, GSDI strips the gene tree of nodes for which a matching species is not present in the species tree.
  32
  33 == Reference ==
  34
  35 Zmasek CM and Eddy SR "A simple algorithm to infer gene duplication and speciation events on a gene tree" [http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/17/9/821.abstract Bioinformatics, 17, 821-828]
  36
  37
  38
  39 == Download ==
  40
  41 Download forester.jar here: http://code.google.com/p/forester/downloads/list