wiki/GSDI.wiki

   1 #summary generalized speciation duplication inference
   2
   3 = Generalized Speciation Duplication Inference =
   4
   5 == Purpose ==
   6
   7 To infer duplication events on a gene tree given a trusted species tree.
   8
   9 == Usage ==
  10 {{{
  11 java -Xmx1024m -cp
  12 path/to/forester.jar org.forester.application.gsdi [-options] <gene tree in phyloXML format> <species tree> <outfile>
  13 }}}
  14
  15 === Options ===
  16
  17   * -g: to allow stripping of gene tree nodes without a matching species in the species tree
  18
  19   * -m: use most parimonious duplication model for GSDI: assign nodes as speciations which would otherwise be assiged as potential duplications due tp polytomies in the species tree
  20   * -q: to allow species tree in other formats than phyloXML (i.e. Newick, NHX, Nexus)
  21   * -b: to use SDIse algorithm instead of GSDI algorithm (for binary species trees)
  22
  23 ==== Gene tree ====
  24 Must be in phyloXM format, with taxonomy and sequence data in appropriate fields.
  25
  26 ==== Species tree ====
  27 Must be in phyloXML format unless option -q is used.
  28
  29 === Output ===
  30
  31 Besides the main output of a gene tree with duplications and speciations assigned to all of its internal nodes, this program also produces the following:
  32   * a log file, ending in `"_gsdi_log.txt"`
  33   * a species tree file which only contains external nodes with were needed for the reconciliation, ending in `_species_tree_used.xml`
  34   * if the gene tree contains species with scientific species names such as "Pyrococcus horikoshii strain ATCC 700860" and if a mapping cannot be establish bases on these, GSDI will attempt to map by removing the "strain" (or "subspecies") information, these will be listed in a file ending in '_gsdi_remapped.txt'.
  35
  36 === Example ===
  37 gsdi -g gene_tree.xml tree_of_life.xml out.xml
  38
  39
  40
  41 == Reference ==
  42
  43 Zmasek CM and Eddy SR "A simple algorithm to infer gene duplication and speciation events on a gene tree" [http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/17/9/821.abstract Bioinformatics, 17, 821-828]
  44
  45
  46
  47 == Download ==
  48
  49 Download forester.jar here: http://code.google.com/p/forester/downloads/list