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   1 #summary generalized speciation duplication inference
   2
   3 = Generalized Speciation Duplication Inference
   4
   5 == Purpose ==
   6
   7 To infer duplication events on a gene tree given a trusted species tree.
   8
   9 == Usage ==
  10 {{{
  11 java -Xmx1024m -cp
  12 path/to/forester.jar org.forester.application.gsdi [-options] <gene tree in phyloXML format> <species tree> [outfile]
  13 }}}
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  15 === Options ===
  16
  17   *s : to strip the species tree prior to duplication inference
  18  *  -b: to use SDI algorithm instead of GSDI algorithm
  19  * -m: use most parimonious duplication model for GSDI:
  20      assign nodes as speciations which would otherwise be assiged
  21      as unknown because of polytomies in the species tree
  22  * -q: to allow species tree in other formats than
  23      phyloXML (Newick, NHX, Nexus)
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  27 == Details ==
  28
  29 Output consists of three files:
  30   * input-name_preprocessed_gene_tree.phylo.xml
  31   * input-name_species_present.txt
  32   * input-name_removed_nodes.txt
  33
  34
  35 == Download ==
  36
  37 Download forester.jar here: http://code.google.com/p/forester/downloads/list