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   1 #summary generalized speciation duplication inference
   2
   3 = Generalized Speciation Duplication Inference =
   4
   5 == Purpose ==
   6
   7 To infer duplication events on a gene tree given a trusted species tree.
   8
   9 == Usage ==
  10 {{{
  11 java -Xmx1024m -cp
  12 path/to/forester.jar org.forester.application.gsdi [-options] <gene tree in phyloXML format> <species tree> <outfile>
  13 }}}
  14
  15 === Options ===
  16
  17   * -g: to allow stripping of gene tree nodes without a matching species in the species tree
  18
  19   * -m: use most parimonious duplication model for GSDI:
  20      assign nodes as speciations which would otherwise be assiged
  21      as potential duplications due tp polytomies in the species tree
  22   * -q: to allow species tree in other formats than phyloXML (i.e. Newick, NHX, Nexus)
  23   * -b: to use SDIse algorithm instead of GSDI algorithm (for binary species trees)
  24
  25 ==== Gene tree ====
  26 Must be in phyloXM format, with taxonomy and sequence data in appropriate fields.
  27
  28 ==== Species tree ====
  29 Must be in phyloXML format unless option -q is used.
  30
  31 === Options ===
  32 gsdi -g gene_tree.xml tree_of_life.xml out.xml
  33
  34 == Description ==
  35
  36 Currently, GSDI strips the gene tree of nodes for which a matching species is not present in the species tree.
  37
  38 == Reference ==
  39
  40 Zmasek CM and Eddy SR "A simple algorithm to infer gene duplication and speciation events on a gene tree" [http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/17/9/821.abstract Bioinformatics, 17, 821-828]
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  43
  44 == Download ==
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  46 Download forester.jar here: http://code.google.com/p/forester/downloads/list