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   1 #summary Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in BioRuby -- under development!
   2
   3 = Introduction =
   4
   5 Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in !BioRuby -- under development!
   6
   7
   8 = Multiple Sequence Alignments =
   9
  10 == Multiple Sequence Alignment Input and Output ==
  11
  12 === Reading in a Multiple Sequence Alignments from a File ===
  13
  14 _... to be done_
  15
  16 {{{
  17 #!/usr/bin/env ruby
  18 require 'bio'
  19
  20 }}}
  21
  22
  23 === Writing a Multiple Sequence Alignment to a File ===
  24
  25 _... to be done_
  26
  27 {{{
  28 #!/usr/bin/env ruby
  29 require 'bio'
  30
  31 }}}
  32
  33
  34
  35 == Calculating Multiple Sequence Alignments  ==
  36
  37 !BioRuby can be used to execute a variety of multiple sequence alignment
  38 programs (such as [http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/ MAFFT], [http://probcons.stanford.edu/ Probcons], [http://www.clustal.org/ ClustalW], [http://www.drive5.com/muscle/ Muscle]).
  39 In the following, examples for using the MAFFT and Muscle are shown.
  40
  41
  42 === MAFFT ===
  43
  44 {{{
  45 #!/usr/bin/env ruby
  46 require 'bio'
  47
  48 # Calculates the alignment using the MAFFT program on the local
  49 # machine with options '--maxiterate 1000 --localpair'
  50 # and stores the result in 'report'.
  51 options = ['--maxiterate', '1000', '--localpair']
  52 mafft = Bio::MAFFT.new('path/to/mafft', options)
  53 report = mafft.query_align( seqs)
  54
  55 # Accesses the actual alignment
  56 align = report.alignment
  57
  58 # Prints each sequence to the console.
  59 report.align.each { |s| puts s.to_s }
  60 #
  61 }}}
  62
  63
  64 === Muscle ===
  65
  66 {{{
  67 #!/usr/bin/env ruby
  68 require 'bio'
  69
  70 # Calculates the alignment using the Muscle program on the local
  71 # machine with options '-quiet -maxiters 64'
  72 # and stores the result in 'report'.
  73 options = ['-quiet', '-maxiters', '64']
  74 muscle = Bio::Muscle.new('path/to/muscle', options)
  75 report = muscle.query_align( seqs)
  76
  77 # Accesses the actual alignment
  78 align = report.alignment
  79
  80 # Prints each sequence to the console.
  81 report.align.each { |s| puts s.to_s }
  82 #
  83 }}}
  84
  85
  86 == Manipulating Multiple Sequence Alignments ==
  87
  88 It is probably a good idea to 'clean up' multiple sequence to be used
  89 for phylogenetic inference. For instance, columns with more than 50% gaps can be deleted, like so:
  90
  91
  92 _... to be done_
  93
  94 {{{
  95 #!/usr/bin/env ruby
  96 require 'bio'
  97
  98 }}}
  99
 100
 101 = Phylogenetic Trees =
 102
 103 == Phylogenetic Tree Input and Output ==
 104
 105 === Reading in of Phylogenetic Trees ===
 106
 107 _... to be done_
 108
 109 {{{
 110 #!/usr/bin/env ruby
 111 require 'bio'
 112
 113 }}}
 114
 115 Also, see: https://www.nescent.org/wg_phyloinformatics/BioRuby_PhyloXML_HowTo_documentation
 116
 117 === Writing of Phylogenetic Trees ===
 118
 119 _... to be done_
 120
 121 {{{
 122 #!/usr/bin/env ruby
 123 require 'bio'
 124
 125 }}}
 126
 127 Also, see: https://www.nescent.org/wg_phyloinformatics/BioRuby_PhyloXML_HowTo_documentation
 128
 129
 130 == Phylogenetic Inference ==
 131
 132 _Currently !BioRuby does not contain wrappers for phylogenetic inference programs, thus I am progress of writing a RAxML wrapper followed by a wrapper for FastMA..._
 133
 134 == Maximum Likelihood ==
 135
 136 === RAxML ===
 137
 138 _... to be done_
 139
 140 {{{
 141 #!/usr/bin/env ruby
 142 require 'bio'
 143
 144 }}}
 145
 146
 147 == Pairwise Distance Based Methods ==
 148
 149 === FastME ===
 150
 151 _... to be done_
 152
 153 {{{
 154 #!/usr/bin/env ruby
 155 require 'bio'
 156
 157 }}}
 158
 159
 160 = Analyzing Phylogenetic Trees =
 161
 162 == Gene Duplication Inference ==
 163
 164 _need to further test and then import GSoC 'SDI' work..._
 165
 166
 167 == Others? ==