wiki/PhyloBioRuby.wiki

   1 #summary Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in BioRuby -- under development!
   2
   3 = Introduction =
   4
   5 Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in BioRuby -- under development!.
   6
   7
   8 = Multiple Sequence Alignments =
   9
  10 == Reading in a Multiple Sequence Alignment from a File ==
  11
  12 ... to be done
  13
  14 == Calculating a Multiple Sequence Alignment  ==
  15
  16 === MAFFT ===
  17
  18 {{{
  19 #!/usr/bin/env ruby
  20 require 'bio'
  21
  22 # Calculates the alignment using the MAFFT program
  23 # on the local machine, and stores the result in 'report'.
  24 options = [ '--maxiterate', '1000', '--localpair' ]
  25 mafft = Bio::MAFFT.new('path/to/mafft', options )
  26 report = mafft.query_align( seqs)
  27
  28 # Accesses the actual alignment
  29 align = report.alignment
  30
  31 # Prints each sequence to the console.
  32 report.align.each { |s| puts s.to_s }
  33 #
  34 }}}
  35
  36
  37
  38 Add your content here.  Format your content with:
  39   * Text in *bold* or _italic_
  40   * Headings, paragraphs, and lists
  41   * Automatic links to other wiki pages