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   1 #summary Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in BioRuby -- under development!
   2
   3 = Introduction =
   4
   5 Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in !BioRuby -- under development!
   6
   7
   8 = Multiple Sequence Alignments =
   9
  10 == Reading in a Multiple Sequence Alignments from a File ==
  11
  12 _... to be done_
  13
  14 {{{
  15 #!/usr/bin/env ruby
  16 require 'bio'
  17
  18 }}}
  19
  20
  21 == Writing a Multiple Sequence Alignment to a File ==
  22
  23 _... to be done_
  24
  25 {{{
  26 #!/usr/bin/env ruby
  27 require 'bio'
  28
  29 }}}
  30
  31
  32
  33 == Calculating Multiple Sequence Alignments  ==
  34
  35 !BioRuby can be used to execute a variety of multiple sequence alignment
  36 programs (such as [http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/ MAFFT], [http://probcons.stanford.edu/ Probcons], [http://www.clustal.org/ ClustalW], [http://www.drive5.com/muscle/ Muscle]).
  37 In the following, examples for using the MAFFT and Muscle are shown.
  38
  39
  40 === MAFFT ===
  41
  42 {{{
  43 #!/usr/bin/env ruby
  44 require 'bio'
  45
  46 # Calculates the alignment using the MAFFT program on the local
  47 # machine with options '--maxiterate 1000 --localpair'
  48 # and stores the result in 'report'.
  49 options = ['--maxiterate', '1000', '--localpair']
  50 mafft = Bio::MAFFT.new('path/to/mafft', options)
  51 report = mafft.query_align( seqs)
  52
  53 # Accesses the actual alignment
  54 align = report.alignment
  55
  56 # Prints each sequence to the console.
  57 report.align.each { |s| puts s.to_s }
  58 #
  59 }}}
  60
  61
  62 === Muscle ===
  63
  64 {{{
  65 #!/usr/bin/env ruby
  66 require 'bio'
  67
  68 # Calculates the alignment using the Muscle program on the local
  69 # machine with options '-quiet -maxiters 64'
  70 # and stores the result in 'report'.
  71 options = ['-quiet', '-maxiters', '64']
  72 muscle = Bio::Muscle.new('path/to/muscle', options)
  73 report = muscle.query_align( seqs)
  74
  75 # Accesses the actual alignment
  76 align = report.alignment
  77
  78 # Prints each sequence to the console.
  79 report.align.each { |s| puts s.to_s }
  80 #
  81 }}}
  82
  83
  84 == Manipulating Multiple Sequence Alignments ==
  85
  86 It is probably a good idea to 'clean up' multiple sequence to be used
  87 for phylogenetic inference. For instance, columns with more than 50% gaps can be deleted, like so:
  88
  89
  90 _... to be done_
  91
  92 {{{
  93 #!/usr/bin/env ruby
  94 require 'bio'
  95
  96 }}}
  97
  98
  99 = Phylogenetic Trees =
 100
 101 == Reading and Writing of Phylogenetic Trees ==
 102
 103 _... to be done_
 104
 105 {{{
 106 #!/usr/bin/env ruby
 107 require 'bio'
 108
 109 }}}
 110
 111 Also, see: https://www.nescent.org/wg_phyloinformatics/BioRuby_PhyloXML_HowTo_documentation
 112
 113
 114 == Phylogenetic Inference ==
 115
 116 *Currently !BioRuby does not contain any wrappers for phylogenetic inference, I am progress of writing a RAxML wrapper followed by a wrapper for FastMA.*
 117
 118 == Maximum Likelihood ==
 119
 120 === RAxML ===
 121
 122 _... to be done_
 123
 124 {{{
 125 #!/usr/bin/env ruby
 126 require 'bio'
 127
 128 }}}
 129
 130
 131 == Pairwise Distance Based Methods ==
 132
 133 === FastME ===
 134
 135 _... to be done_
 136
 137 {{{
 138 #!/usr/bin/env ruby
 139 require 'bio'
 140
 141 }}}
 142
 143
 144 = Analyzing Phylogenetic Trees =
 145
 146 == Gene Duplication Inference ==
 147
 148 _need to further test and then import GSoC 'SDI' work..._
 149
 150
 151 == Others? ==