wiki/PhyloBioRuby.wiki

   1 #summary Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in BioRuby -- under development!
   2
   3 = Introduction =
   4
   5 Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in BioRuby -- under development!
   6
   7
   8 = Multiple Sequence Alignments =
   9
  10 == Reading in a Multiple Sequence Alignment from a File ==
  11
  12 ... to be done
  13
  14 {{{
  15 #!/usr/bin/env ruby
  16 require 'bio'
  17
  18 }}}
  19
  20
  21 == Calculating a Multiple Sequence Alignment  ==
  22
  23 BioRuby! can be used to execute a variety of multiple sequence alignment
  24 programs (such as [http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/ MAFFT], [http://probcons.stanford.edu/ Probcons], [http://www.clustal.org/ ClustalW], [http://www.drive5.com/muscle/ Muscle]).
  25 In the following, examples for using the MAFFT and Muscle are shown.
  26
  27 === MAFFT ===
  28
  29
  30
  31 {{{
  32 #!/usr/bin/env ruby
  33 require 'bio'
  34
  35 # Calculates the alignment using the MAFFT program on the local
  36 # machine with options '--maxiterate 1000 --localpair'
  37 # and stores the result in 'report'.
  38 options = [ '--maxiterate', '1000', '--localpair' ]
  39 mafft = Bio::MAFFT.new('path/to/mafft', options )
  40 report = mafft.query_align( seqs)
  41
  42 # Accesses the actual alignment
  43 align = report.alignment
  44
  45 # Prints each sequence to the console.
  46 report.align.each { |s| puts s.to_s }
  47 #
  48 }}}
  49
  50 === Muscle ===
  51
  52 {{{
  53 #!/usr/bin/env ruby
  54 require 'bio'
  55
  56 # Calculates the alignment using the Muscle program on the local
  57 # machine with options '-quiet -maxiters 64'
  58 # and stores the result in 'report'.
  59 options = [ '-quiet', '-maxiters', '64' ]
  60 muscle = Bio::Muscle.new('path/to/muscle', options )
  61 report = muscle.query_align( seqs)
  62
  63 # Accesses the actual alignment
  64 align = report.alignment
  65
  66 # Prints each sequence to the console.
  67 report.align.each { |s| puts s.to_s }
  68 #
  69 }}}
  70
  71
  72 == Manipulating Multiple Sequence Alignment  ==
  73
  74 It is probably a good idea to 'clean up' multiple sequence to be used
  75 for phylogenetic inference. For instance, columns with more than 50% gaps can be deleted, like so:
  76
  77
  78 ... to be done
  79
  80 {{{
  81 #!/usr/bin/env ruby
  82 require 'bio'
  83
  84 }}}
  85
  86
  87 = Phylogenetic Inference =
  88
  89 == Maximum Likelihood ==
  90
  91 === RAxML ===
  92
  93 ... to be done
  94
  95 {{{
  96 #!/usr/bin/env ruby
  97 require 'bio'
  98
  99 }}}
 100
 101
 102 == Pairwise Distance Based Methods ==
 103
 104 === FastME ===
 105
 106 ... to be done
 107
 108 {{{
 109 #!/usr/bin/env ruby
 110 require 'bio'
 111
 112 }}}