wiki/PhyloBioRuby.wiki

   1 #summary Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in BioRuby -- under development!
   2
   3 = Introduction =
   4
   5 Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in BioRuby -- under development!
   6
   7
   8 = Multiple Sequence Alignments =
   9
  10 == Reading in a Multiple Sequence Alignment from a File ==
  11
  12 ... to be done
  13
  14 == Calculating a Multiple Sequence Alignment  ==
  15
  16 BioRuby can be used to execute a variety of multiple sequence alignment
  17 programs (such as [http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/ MAFFT], Probcons, ClustalW, Muscle).
  18 In the following, examples for using the MAFFT and Muscle are shown.
  19
  20 === MAFFT ===
  21
  22
  23
  24 {{{
  25 #!/usr/bin/env ruby
  26 require 'bio'
  27
  28 # Calculates the alignment using the MAFFT program on the local
  29 # machine with options '--maxiterate 1000 --localpair'
  30 # and stores the result in 'report'.
  31 options = [ '--maxiterate', '1000', '--localpair' ]
  32 mafft = Bio::MAFFT.new('path/to/mafft', options )
  33 report = mafft.query_align( seqs)
  34
  35 # Accesses the actual alignment
  36 align = report.alignment
  37
  38 # Prints each sequence to the console.
  39 report.align.each { |s| puts s.to_s }
  40 #
  41 }}}
  42
  43 === Muscle ===
  44
  45 {{{
  46 #!/usr/bin/env ruby
  47 require 'bio'
  48
  49 # Calculates the alignment using the Muscle program on the local
  50 # machine with options '-quiet -maxiters 64'
  51 # and stores the result in 'report'.
  52 options = [ '-quiet', '-maxiters', '64' ]
  53 muscle = Bio::Muscle.new('path/to/muscle', options )
  54 report = muscle.query_align( seqs)
  55
  56 # Accesses the actual alignment
  57 align = report.alignment
  58
  59 # Prints each sequence to the console.
  60 report.align.each { |s| puts s.to_s }
  61 #
  62 }}}
  63
  64
  65
  66 Add your content here.  Format your content with:
  67   * Text in *bold* or _italic_
  68   * Headings, paragraphs, and lists
  69   * Automatic links to other wiki pages