wiki/PhyloBioRuby.wiki

   1 #summary Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in BioRuby -- under development!
   2
   3 = Introduction =
   4
   5 Tutorial for multiple sequence alignments and phylogenetic methods in BioRuby -- under development!.
   6
   7
   8 = Multiple Sequence Alignments =
   9
  10 == Reading in a Multiple Sequence Alignment from a File ==
  11
  12 ... to be done
  13
  14 == Calculating a Multiple Sequence Alignment  ==
  15
  16 === MAFFT ===
  17
  18 {{{
  19 #!/usr/bin/env ruby
  20 require 'bio'
  21 options = [ '--maxiterate', '1000', '--localpair' ]
  22 mafft = Bio::MAFFT.new('/home/zma/SOFTWARE/mafft-6.847-without-extensions/scripts/mafft', options )
  23 report = mafft.query_align( seqs)
  24 }}}
  25
  26
  27
  28 Add your content here.  Format your content with:
  29   * Text in *bold* or _italic_
  30   * Headings, paragraphs, and lists
  31   * Automatic links to other wiki pages