wiki/RIO.wiki

   1 #summary resampled inference of orthologs
   2
   3 = RIO: Resampled Inference of Orthologs =
   4
   5 == Purpose ==
   6
   7 RIO (Resampled Inference of Orthologs) is a method for automated phylogenomics based on explicit phylogenetic inference. RIO analyses are performed over resampled phylogenetic trees to estimate the reliability of orthology assignments.
   8
   9 == Usage ==
  10 {{{
  11 java -Xmx2048m -cp forester.jar org.forester.application.rio [options] <gene trees file> <species tree file> [outfile]
  12 }}}
  13 === Options ===
  14
  15   * -co: cutoff for ortholog output (default: 50)
  16
  17   * -t : file-name for output table of all vs. all ortholgy support
  18
  19   * -q : name for query (sequence/node), if this is used, `[`outfile`]` is required as well
  20
  21   * -s : sort (default: 2)
  22
  23   * -u : to output ultra-paralogs (species specific expansions/paralogs)
  24
  25   * -cu: cutoff for ultra-paralog output (default: 50)
  26
  27 ==== Note ====
  28
  29 Either output of all vs. all ortholgy support with -t=`<`output table`>` and/or output for one query sequence with -q=`<`query name`>` and a  `[`outfile`]` are required.
  30
  31 ==== Sort ====
  32
  33   * 0: orthologies
  34   * 1: orthologies > super orthologies
  35   * 2: super orthologies > orthologies
  36
  37 ==== Gene trees ====
  38 The gene trees ideally are in [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/356/ phyloXML] format, with taxonomy and sequence data in appropriate fields; but can also be in New Hamphshire (Newick) or Nexus format, as long as species information can be extracted from the gene names (e.g. "HUMAN" from "BCL2_HUMAN") ([http://forester.googlecode.com/files/gene_trees_rio.nh example]).
  39
  40 ==== Species tree ====
  41 Must be in [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/356/ phyloXML] format ([http://forester.googlecode.com/files/species_tree_rio.xml example]).
  42
  43
  44 === Examples ===
  45 `rio gene_trees_rio.nh species_tree_rio.xml outfile -q=D_HUMAN -t=outtable -u -cu=10 -co=10`
  46
  47 `rio gene_trees.nh species.xml outfile -q=BCL2_HUMAN -t=outtable -u -cu=60 -co=60`
  48
  49 `rio gene_trees.nh species.xml -t=outtable`
  50
  51
  52 === Example files ===
  53   * [http://forester.googlecode.com/files/gene_trees_rio.nh gene trees file]
  54   * [http://forester.googlecode.com/files/species_tree_rio.xml species tree file]
  55   * [http://forester.googlecode.com/files/rio_outfile.txt output] (for query "D_HUMAN")
  56
  57
  58 == References ==
  59
  60 Zmasek CM and Eddy SR "RIO: Analyzing proteomes by automated phylogenomics using resampled inference of orthologs" [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/3/14/ BMC Bioinformatics 2002, 3:14]
  61
  62 Zmasek CM and Eddy SR "A simple algorithm to infer gene duplication and speciation events on a gene tree" [http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/17/9/821.abstract Bioinformatics, 17, 821-828]
  63
  64 Han M and Zmasek CM "phyloXML: XML for evolutionary biology and comparative genomics" [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/356/ BMC Bioinformatics 2009, 10:356]
  65
  66
  67 == Download ==
  68
  69 Download forester.jar here: http://code.google.com/p/forester/downloads/list