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   1 #summary resampled inference of orthologs
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   3 = RIO: Resampled Inference of Orthologs =
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   5 == Purpose ==
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   7 RIO (Resampled Inference of Orthologs) is a method for automated phylogenomics based on explicit phylogenetic inference. RIO analyses are performed over resampled phylogenetic trees to estimate the reliability of orthology assignments.
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   9 == Usage ==
  10 {{{
  11 java -Xmx1024m -cp
  12 path/to/forester.jar org.forester.application.rio [options] <gene trees file> <species tree file> [outfile]
  13 }}}
  14 === Options ===
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  16   * -co: cutoff for ortholog output (default: 50)
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  18   * -t : file-name for output table
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  20   * -q : name for query (sequence/node)
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  22   * -s : sort (default: 2)
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  24   * -u : to output ultra-paralogs (species specific expansions/paralogs)
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  26   * -cu: cutoff for ultra-paralog output (default: 50)
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  28 ==== Sort ====
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  30   * 0: orthologies
  31   * 1: orthologies > super orthologies
  32   * 2: super orthologies > orthologies
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  34 ==== Gene trees ====
  35 The gene trees ideally are in phyloXML,with taxonomy and sequence data in appropriate fields; but can also be in New Hamphshire (Newick) or Nexus format as long as species information can be extracted from the gene names (e.g. "HUMAN" from "BCL2_HUMAN").
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  37 ==== Species tree ====
  38 Must be in phyloXML format  ([http://forester.googlecode.com/files/species.xml example]).
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  41 === Example ===
  42 `rio gene_trees.nh species.xml outfile -q=BCL2_HUMAN -t=outtable -u -cu=60 -co=60`
  43 `rio gene_trees.nh species.xml -t=outtable`
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  46 <wiki:comment>
  47 === Example files ===
  48   * [http://forester.googlecode.com/files/wnt_gene_tree.xml gene tree]
  49   * [http://forester.googlecode.com/files/species.xml species tree]
  50   * [http://forester.googlecode.com/files/wnt_gsdi_log.txt log file (output)]
  51 </wiki:comment>
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  53 == References ==
  54
  55 Zmasek CM and Eddy SR "RIO: Analyzing proteomes by automated phylogenomics using resampled inference of orthologs" [http://www.biomedcentral.com/1471-2105/3/14/ BMC Bioinformatics 2002, 3:14]
  56
  57 Zmasek CM and Eddy SR "A simple algorithm to infer gene duplication and speciation events on a gene tree" [http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/17/9/821.abstract Bioinformatics, 17, 821-828]
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  60 == Download ==
  61
  62 Download forester.jar here: http://code.google.com/p/forester/downloads/list