wiki/RubyExamples.wiki

   1 #summary Ruby examples
   2
   3 = Ruby Examples =
   4
   5 Various simple Ruby examples.
   6
   7 Author: [https://sites.google.com/site/cmzmasek/ Christian Zmasek], Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8
   9
  10 Copyright (C) 2011 Christian M Zmasek. All rights reserved.
  11
  12
  13 = Using net/ftp to download all Proteomes from the Ensembl Database =
  14
  15 This, or something like it, can be used to download from Ensembl all "pep.all.fa.gz" files.
  16
  17 {{{
  18 require 'net/ftp'
  19
  20 EMAIL           = 'myemail'
  21 PUB_RELEASE_DIR = '/pub/release-64/fasta'
  22 PEP_DIR         = '/pep'
  23
  24 ftp = Net::FTP.new('ftp.ensembl.org', 'anonymous', EMAIL)
  25 ftp.passive = true # To avoid "No route to host" error.
  26 ftp.chdir( PUB_RELEASE_DIR )
  27 files = ftp.list('*_*') # To only look at files with an underscore.
  28 count = 0
  29 files.each do | file |
  30   species = file.split().last
  31   begin
  32     ftp.chdir(species + PEP_DIR)
  33     pepfiles = ftp.list()
  34     pepfiles.each do | pepfile |
  35       pepfile = pepfile.split().last
  36       if pepfile =~ /all.fa.gz/ # Only want the "all.fa.gz" files (and not the
  37                                 # "abinitio" files).
  38         ftp.getbinaryfile(pepfile)
  39         puts 'downloaded "' + pepfile + '"'
  40         count += 1
  41       end
  42     end
  43   rescue Exception
  44     puts 'ignoring "' + species + '"'
  45   end
  46   ftp.chdir(PUB_RELEASE_DIR) # To go back to the starting directory.
  47 end
  48 ftp.close
  49 puts 'done (downloaded ' + count.to_s + ' files)'
  50 }}}