wiki/RubyExamples.wiki

   1 #summary Ruby examples
   2
   3 = Introduction =
   4
   5 Various Ruby examples.
   6
   7 Author: [http://www.cmzmasek.net/ Christian M Zmasek], Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8
   9
  10 Copyright (C) 2011 Christian M Zmasek. All rights reserved.
  11
  12
  13 = Using net/ftp to download all Proteomes from the Ensembl Database =
  14
  15 {{{
  16 require 'net/ftp'
  17
  18 EMAIL           = 'myemail'
  19 PUB_RELEASE_DIR = '/pub/release-64/fasta'
  20 PEP_DIR          = '/pep'
  21
  22 ftp = Net::FTP.new('ftp.ensembl.org', 'anonymous', EMAIL)
  23 ftp.passive = true # To avoid "No route to host" error.
  24 ftp.chdir( PUB_RELEASE_DIR )
  25 files = ftp.list('*_*') # To only look at files with an underscore.
  26 count = 0
  27 files.each do | file |
  28   species = file.split().last
  29   begin
  30     ftp.chdir(species + PEP_DIR)
  31     pepfiles = ftp.list()
  32     pepfiles.each do | pepfile |
  33       pepfile = pepfile.split().last
  34       if pepfile =~ /all.fa./
  35         ftp.getbinaryfile(pepfile)
  36         puts 'downloaded "' + pepfile + '"'
  37         count += 1
  38       end
  39     end
  40   rescue Exception
  41     puts 'ignoring "' + species + '"'
  42   end
  43   ftp.chdir(PUB_RELEASE_DIR) # To go back to the starting directory.
  44 end
  45 ftp.close
  46 puts 'done (downloaded ' + count.to_s + ' files)'
  47 }}}