wiki/forester.wiki

   1 = Introduction =
   2
   3 Under development!
   4
   5 Documentation, tutorial, and examples for [http://www.phylosoft.org/forester/ forester].
   6
   7 Author: [http://www.cmzmasek.net/ Christian M Zmasek], Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8
   9
  10 Copyright (C) 2011 Christian M Zmasek. All rights reserved.
  11
  12
  13 = Parsing of Phylogenetic Trees and Displaying them with Archaeopteryx =
  14
  15 This needs file "forester.jar" to be in the class-path.
  16
  17 {{{
  18
  19 package examples;
  20
  21 import java.io.File;
  22 import java.io.IOException;
  23
  24 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  25 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  26 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  27 import org.forester.util.ForesterUtil;
  28
  29 public class Example1 {
  30
  31     public static void main( final String[] args ) {
  32         // Reads in (a) tree(s) from a file.
  33         final File treefile = new File( "/path/to/tree.xml" );
  34         PhylogenyParser parser = null;
  35         try {
  36             parser = ForesterUtil.createParserDependingOnFileType( treefile, true );
  37         }
  38         catch ( final IOException e ) {
  39             e.printStackTrace();
  40         }
  41         Phylogeny[] phys = null;
  42         try {
  43             phys = ForesterUtil.readPhylogenies( parser, treefile );
  44         }
  45         catch ( final IOException e ) {
  46             e.printStackTrace();
  47         }
  48         // Display of the tree(s) with Archaeopteryx.
  49         Archaeopteryx.createApplication( phys );
  50     }
  51 }
  52
  53 }}}