wiki/forester.wiki

   1 = Introduction =
   2
   3 Under development!
   4
   5 Documentation, tutorial, and examples for [http://www.phylosoft.org/forester/ forester].
   6
   7 Author: [http://www.cmzmasek.net/ Christian M Zmasek], Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8
   9
  10 Copyright (C) 2011 Christian M Zmasek. All rights reserved.
  11
  12
  13 = Reading in Trees and Displaying them with Archaeopteryx =
  14
  15 This needs file "forester.jar" to be in the class-path.
  16
  17 {{{
  18
  19 package my.examples;
  20
  21 import java.io.File;
  22 import java.io.IOException;
  23
  24 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  25 import org.forester.archaeopteryx.Util;
  26 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  27 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  28 import org.forester.util.ForesterUtil;
  29
  30 public class Example1 {
  31
  32     public static void main( final String[] args ) {
  33         // Reads in (a) tree(s) from a file.
  34         final File treefile = new File( "/home/czmasek/tol_117_TEST.xml" );
  35         PhylogenyParser parser = null;
  36         try {
  37             parser = ForesterUtil.createParserDependingOnFileType( treefile, true );
  38         }
  39         catch ( final IOException e ) {
  40             e.printStackTrace();
  41         }
  42         Phylogeny[] phys = null;
  43         try {
  44             phys = Util.readPhylogenies( parser, treefile );
  45         }
  46         catch ( final IOException e ) {
  47             e.printStackTrace();
  48         }
  49         // Display of the tree(s) with Archaeopteryx.
  50         Archaeopteryx.createApplication( phys );
  51     }
  52 }
  53
  54 }}}