- private static void performSpecialProcessing( final Phylogeny phy ) {
- // Can place some kind of custom processing here.
- // final List<PhylogenyNode> remove_us = new ArrayList<PhylogenyNode>();
- // int counter = 0;
- // for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
- // final PhylogenyNode node = it.next();
- // final String name = node.getNodeName().toLowerCase();
- // if ( name.startsWith( "environmental_samples" ) || name.startsWith( "unclassified" )
- // || name.startsWith( "bacteria" ) || name.startsWith( "other" )
- // || name.startsWith( "viroids" ) || name.startsWith( "viruses" ) ) {
- // remove_us.add( node );
- // System.out.println( counter++ );
- // }
- // }
- // phy.hashIDs();
- // for( final PhylogenyNode node : remove_us ) {
- // if ( phy.getNode( node.getNodeId() ) != null ) {
- // phy.deleteSubtree( node );
- // System.out.println( "deleted: " + node );
- // }
- // }
- // phy.hashIDs();
- //
- // for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
- // final PhylogenyNode node = it.next();
- // node.getNodeData().setTaxonomy( null );
- // }
- // phy.reRoot( phy.getFirstExternalNode() );
- // PhylogenyMethods.midpointRoot( phy );
- // phy.orderAppearance( true );
- for( final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
- final PhylogenyNode node = it.next();
- final String name = node.getName();
- if ( !ForesterUtil.isEmpty( name ) ) {
- // final Taxonomy taxo = new Taxonomy();
- // if ( node.isExternal() ) {
- // taxo.setTaxonomyCode( name );
- // node.getNodeData().setTaxonomy( taxo );
- // }
- // else if ( name.indexOf( '_' ) == -1 || name.length() > 6 ) {
- // taxo.setScientificName( name );
- // node.getNodeData().setTaxonomy( taxo );
- // }
- // node.setName( "" );
- // if ( name.indexOf( "BF" ) >= 0 ) {
- // taxo.setTaxonomyCode( "BACFR" );
- // }
- // else if ( name.indexOf( "BT" ) >= 0 ) {
- // taxo.setTaxonomyCode( "BACTN" );
- // }
- // else if ( name.indexOf( "MXAN" ) >= 0 ) {
- // taxo.setTaxonomyCode( "MYXXD" );
- // }
- // else if ( name.indexOf( "STIAU" ) >= 0 ) {
- // taxo.setTaxonomyCode( "STIAU" );
- // }
- // else if ( name.indexOf( "BOVA" ) >= 0 ) {
- // taxo.setTaxonomyCode( "BACOV" );
- // }
- // else if ( name.indexOf( "BUNI" ) >= 0 ) {
- // taxo.setTaxonomyCode( "BACUN" );
- // }
- // else if ( name.indexOf( "Pgin" ) >= 0 ) {
- // taxo.setTaxonomyCode( "PORGI" );
- // }
- // else if ( name.equals( "3CGH" ) || name.equals( "3CK7" ) ) {
- // taxo.setTaxonomyCode( "BACTN" );
- // }
- // node.getNodeData().setTaxonomy( taxo );
- }
- }
- }
-