- private static void processNode( final PhylogenyNode node, final int i ) {
- node.setDistanceToParent( PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT );
- if ( !node.isExternal() ) {
- if ( ( node.getName() == null ) || node.getName().isEmpty() ) {
- node.setName( BASE + i );
+ // private static void processNode( final PhylogenyNode node, final int i ) {
+ // node.setDistanceToParent( PhylogenyNode.DISTANCE_DEFAULT );
+ // if ( !node.isExternal() ) {
+ // if ( ( node.getName() == null ) || node.getName().isEmpty() ) {
+ // node.setName( BASE + i );
+ // }
+ // }
+ // }
+ private static void processNode( final PhylogenyNode node, final int i, final String label ) {
+ //if ( node.isExternal() ) {
+ // final String c = "" + node.getNodeData().getBinaryCharacters().getPresentCount();
+ // final String s = node.getNodeData().getTaxonomy().getScientificName();
+ // System.out.println( s + "\t" + c );
+ //}
+ // if ( !node.isExternal() ) {
+ // if ( !node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
+ // if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
+ // if ( ( node.getName().indexOf( "_" ) < 0 ) && ( node.getName().indexOf( "&" ) < 0 )
+ // && ( node.getName().indexOf( " " ) < 0 ) ) {
+ // Taxonomy t = new Taxonomy();
+ // t.setScientificName( node.getName() );
+ // node.getNodeData().addTaxonomy( t );
+ // node.setName( "" );
+ // }
+ // }
+ // }
+ // }
+ if ( node.isExternal() ) {
+ if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
+ // final Taxonomy t = node.getNodeData().getTaxonomy();
+ // t.setIdentifier( null );
+ //if ( !ForesterUtil.isEmpty( t.getTaxonomyCode() ) && t.getTaxonomyCode().length() == 5 ) {
+ // if ( node.getName().equalsIgnoreCase( t.getTaxonomyCode() ) ) {
+ // node.setName( "" );
+ // }
+ //}
+ // node.setName( "" );
+ final Taxonomy t = node.getNodeData().getTaxonomy();
+ System.out.println( t.getTaxonomyCode() + "\t" + t.getScientificName() + "\t" + t.getCommonName()
+ + "\t" + label );
+ }
+ else {
+ //System.out.println( "node " + node + " has not tax" );