+ DESCENDANT_SORT_PRIORITY pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.TAXONOMY;
+ if ( ( !isShowTaxonomyScientificNames() && !isShowTaxonomyCode() && !isShowTaxonomyCommonNames() ) ) {
+ if ( ( isShowSequenceAcc() || isShowGeneNames() || isShowGeneSymbols() ) ) {
+ pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.SEQUENCE;
+ }
+ else if ( isShowNodeNames() ) {
+ pri = DESCENDANT_SORT_PRIORITY.NODE_NAME;
+ }
+ }
+ PhylogenyMethods.orderAppearance( tp.getPhylogeny().getRoot(), _order_of_appearance, true, pri );