+ void setVisibilityOfX() {
+ try {
+ if ( ( getCurrentTreePanel() != null ) && ( getCurrentTreePanel().getPhylogeny() != null ) ) {
+ if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneBranchWithSupportSD( getCurrentTreePanel().getPhylogeny() ) ) {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._show_confidence_stddev_cbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._show_confidence_stddev_cbmi.setVisible( true );
+ }
+ }
+ else {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._show_confidence_stddev_cbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._show_confidence_stddev_cbmi.setVisible( false );
+ }
+ }
+ if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneNodeWithScientificName( getCurrentTreePanel().getPhylogeny() ) ) {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._abbreviate_scientific_names != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._abbreviate_scientific_names.setVisible( true );
+ }
+ }
+ else {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._abbreviate_scientific_names != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._abbreviate_scientific_names.setVisible( false );
+ }
+ }
+ if ( AptxUtil.isHasAtLeastOneNodeWithSequenceAnnotation( getCurrentTreePanel().getPhylogeny() ) ) {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._show_annotation_ref_source != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._show_annotation_ref_source.setVisible( true );
+ }
+ }
+ else {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._show_annotation_ref_source != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._show_annotation_ref_source.setVisible( false );
+ }
+ }
+ }
+ if ( isDrawPhylogram()
+ || ( ( getCurrentTreePanel() != null ) && ( ( getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( getCurrentTreePanel()
+ .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) ) {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._non_lined_up_cladograms_rbmi.setVisible( false );
+ }
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._uniform_cladograms_rbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._uniform_cladograms_rbmi.setVisible( false );
+ }
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._ext_node_dependent_cladogram_rbmi.setVisible( false );
+ }
+ }
+ else {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._non_lined_up_cladograms_rbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._non_lined_up_cladograms_rbmi.setVisible( true );
+ }
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._uniform_cladograms_rbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._uniform_cladograms_rbmi.setVisible( true );
+ }
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._ext_node_dependent_cladogram_rbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._ext_node_dependent_cladogram_rbmi.setVisible( true );
+ }
+ }
+ if ( isDrawPhylogram() ) {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._show_scale_cbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._show_scale_cbmi.setVisible( true );
+ }
+ }
+ else {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._show_scale_cbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._show_scale_cbmi.setVisible( false );
+ }
+ }
+ if ( getCurrentTreePanel() != null ) {
+ if ( ( getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR )
+ || ( getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._label_direction_cbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._label_direction_cbmi.setVisible( true );
+ }
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._show_branch_length_values_cbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._show_branch_length_values_cbmi.setVisible( false );
+ }
+ }
+ else {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._label_direction_cbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._label_direction_cbmi.setVisible( false );
+ }
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._show_branch_length_values_cbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._show_branch_length_values_cbmi.setVisible( true );
+ }
+ }
+ }
+ }
+ catch ( final Exception ignore ) {
+ //not important...
+ }
+ }
+
+ void setVisibilityOfDomainStrucureCB() {
+ try {
+ if ( ( getCurrentTreePanel() != null )
+ && ( ( getCurrentTreePanel().getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.CIRCULAR ) || ( getCurrentTreePanel()
+ .getPhylogenyGraphicsType() == PHYLOGENY_GRAPHICS_TYPE.UNROOTED ) ) ) {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._right_line_up_domains_cbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._right_line_up_domains_cbmi.setVisible( false );
+ }
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._show_domain_labels != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._show_domain_labels.setVisible( false );
+ }
+ }
+ else if ( isShowDomainArchitectures() ) {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._right_line_up_domains_cbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._right_line_up_domains_cbmi.setVisible( true );
+ }
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._show_domain_labels != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._show_domain_labels.setVisible( true );
+ }
+ }
+ else {
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._right_line_up_domains_cbmi != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._right_line_up_domains_cbmi.setVisible( false );
+ }
+ if ( getMainPanel().getMainFrame()._show_domain_labels != null ) {
+ getMainPanel().getMainFrame()._show_domain_labels.setVisible( false );
+ }
+ }
+ }
+ catch ( final Exception ignore ) {
+ //not important...
+ }
+ }
+