- private final void printM() {
- System.out.println( "M:" );
- for( final double[] _m_value : _m_values ) {
- for( int j = 0; j < _m_values.length; j++ ) {
- System.out.print( _m_value[ j ] );
- System.out.print( " " );
- }
- System.out.println();
- }
- System.out.println();
- }
-
- private final void printD() {
- System.out.println( "D:" );
- for( final double[] _d_value : _d_values ) {
- for( int j = 0; j < _d_values.length; j++ ) {
- System.out.print( _d_value[ j ] );
- System.out.print( " " );
- }
- System.out.println();
- }
- System.out.println();
- }
-
- private final void calculateDistancesFromNewNode( final int otu1, final int otu2, final double d ) {
- // final int otu1_m = _mappings[ otu1 ];
- // final int otu2_m = _mappings[ otu2 ];
- // int i_m;
- for( int i = 0; i < _n; ++i ) {
- if ( ( i == otu1 ) || ( i == otu2 ) ) {
- continue;
- }
- if ( otu1 < i ) {
- _d_values[ _mappings[ otu1 ] ][ _mappings[ i ] ] = ( getValueFromD( otu1, i ) + getValueFromD( i, otu2 ) - d ) / 2;
- }
- else {
- _d_values[ _mappings[ i ] ][ _mappings[ otu1 ] ] = ( getValueFromD( otu1, i ) + getValueFromD( i, otu2 ) - d ) / 2;
- }
- //i_m = _mappings[ i ];
- //_d_values[ otu1_m ][ i_m ] = ( ( _d_values[ otu1_m ][ i_m ] + _d_values[ i_m ][ otu2_m ] ) - 2 ) / 2;
- }
- }
-
- private final void calculateNetDivergences() {
- double d;
- // int i_m;
- for( int i = 0; i < _n; ++i ) {
- d = 0;
- //i_m = _mappings[ i ];
- for( int n = 0; n < _n; ++n ) {
- //d += _d_values[ i_m ][ _mappings[ n ] ];
- if ( i != n ) {
- d += getValueFromD( i, n );
- }
- }
- _r[ i ] = d;
- }
- }
-